GBIF France, ces 365 derniers jours

En tant que membre du Système mondial d’information sur la biodiversité (GBIF) depuis sa création en 2001, la France s’engage à promouvoir l’accès libre et ouvert aux données sur la biodiversité, via Internet.



mercredi 25 octobre 2023

  • SiB Colombie et NLBIF brillent lors de la première édition des GBIF Node Awards

    Les prix récompensent les réalisations d'excellence et d'innovation au sein de la communauté mondiale des nœuds du GBIF

     

    Les nœuds GBIF de Colombie et des Pays-Bas sont les premiers récipiendaires des nouveaux GBIF Node Awards. Le programme de prix honorera les réalisations collectives des équipes qui coordonnent les activités liées au GBIF pour les pays et organisations participants du réseau.

    SiB Colombie a reçu le prix d'excellence, célébrant ses progrès dans une gamme de domaines de services critiques pour les nœuds du GBIF, tels que le soutien scientifique et politique, l'engagement communautaire et l'aide technique pour la gestion des données sur la biodiversité.

    NLBIF a remporté le « Global Impact Award », qui reconnaît la valeur de son initiative sur le rapport de développement durable des entreprises de l'UE pour contribuer à la fois à la mise en œuvre du cadre stratégique du GBIF et à ses avantages potentiels et son applicabilité pour l'ensemble du réseau GBIF.

    Les GBIF Node Awards auront lieu tous les deux ans dans le but de mettre en lumière des approches exemplaires pouvant inspirer d'autres nœuds à entreprendre des actions similaires. La première année du programme a reçu des nominations de haute qualité dans les deux catégories. Le personnel du Secrétariat réutilisera les exemples inclus dans les candidatures en tant qu'exemples directeurs reproductibles pour faire progresser davantage l'accès et l'utilisation des données gratuites et ouvertes sur la biodiversité.

     

    « Ces prix mettent en lumière le dévouement et l'ingéniosité exceptionnels de notre communauté de nœuds, et SiB Colombie et NLBIF sont des avant-gardistes qui inspirent d'autres à emboîter le pas », a déclaré Mélianie Raymond, responsable de la communauté et des capacités au Secrétariat du GBIF. « Nous sommes impatients de voir comment leurs réalisations, ainsi que celles partagées dans toutes les autres nominations exceptionnelles, peuvent catalyser de nouvelles innovations à travers le réseau. »

     

    Prix d'excellence : SiB Colombie

    Pour son dévouement inébranlable à la mobilisation de données sur la biodiversité et ses contributions constantes à l'avancement des objectifs stratégiques globaux du GBIF, tant au niveau national que dans la région Amérique latine et Caraïbes, le jury a décerné le premier Prix d'excellence des nœuds GBIF à SiB Colombie. . La sélection reconnaît plusieurs des réalisations de l'équipe, notamment :

    • Une application inspirée du service de portail hébergé du GBIF, qui exploite les capacités de la plateforme pour intégrer une gamme diversifiée d'outils et de produits sur biodiversidad.co
    • Les avancées du réseau Biodiversidad y Desarrollo, une collaboration avec des partenaires clés du secteur des affaires du pays qui intègre un corpus croissant de données ouvertes sur la biodiversité provenant d'évaluations d'impact environnemental (actuellement plus de trois millions d'enregistrements d'occurrences )
    • Une stratégie de formation qui a assuré une transmission efficace des connaissances, à la fois pour les programmes virtuels et en personne, tout en améliorant l'accessibilité et en favorisant l'inclusion au sein des communautés hispanophones en dirigeant la traduction de supports techniques en espagnol
    • Un programme de stages qui a permis de publier plus de 300 000 enregistrements marins, d'améliorer la qualité de jeux de données historiques et de créer une cohorte nouvellement formée à l'aide des licences DataCamp acquises via le Data Use Club du GBIF

     

    « Les efforts collectifs de l'équipe et leur dévouement à répondre aux besoins et aux défis de notre communauté ont encouragé notre réseau à reconnaître les avantages de progresser vers la démocratisation des connaissances sur notre biodiversité », a déclaré Ricardo Ortiz, gestionnaire de nœud pour SiB Colombie, qui est hébergé à l'Institut Humboldt (Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt) à Bogotá. « C'est également une reconnaissance des efforts du réseau SiB Colombie de plus de 200 éditeurs, dont l'engagement en faveur des données ouvertes est la pierre angulaire pour contribuer de manière significative à la réalisation des objectifs nationaux et mondiaux. »

     

    Équipe du nœud SiB Colombia

    • Dairo Escobar : Gestionnaire de nœud (janvier 2020-juin 2023) ; Chef de délégation (mai 2015-janvier 2020) ; Personnel du nœud (avril 2012-juin 2023)
    • Camila Plata : Personnel du nœud (2013-2015, 2018-février 2023)
    • Ricardo Ortiz : Gestionnaire de nœud (juin 2023-présent); Personnel du nœud (2018-juin 2023)
    • Esteban Marentes : Personnel du nœud (2020-présent)
    • Jeimmy Diaz : Personnel du nœud (2018-mars 2023)
    • Andres Duarte : Personnel du nœud (2021-)

     

    Prix de l'impact mondial : NLBIF

    Avec l'entrée en vigueur de la Directive sur les rapports de développement durable des entreprises (CSRD) en janvier 2023 dans le cadre du Pacte vert pour l'Europe, les entreprises européennes ont un besoin urgent de comprendre comment préparer et publier de nouveaux rapports environnementaux à partir de 2025. En reconnaissance d'un projet pilote pionnier avec le cabinet comptable Big Four KPMG pour aider à développer un flux d'analyse afin d'évaluer les dépendances des entreprises et leurs impacts sur la biodiversité, le jury a sélectionné NLBIF, le nœud national GBIF pour les Pays-Bas, comme le récipiendaire du premier Prix des noeuds GBIF pour l'innovation.

    Les entreprises sont confrontées à des demandes croissantes de divulgation de leurs dépendances, impacts, risques et opportunités liés à la nature, non seulement en Europe, mais dans le monde entier. La capacité unique du GBIF à fournir des données à l'échelle mondiale et spécifiques à un emplacement sur les modèles et les caractéristiques de la biodiversité a suscité un intérêt croissant des entreprises, notamment la participation du Secrétariat à une récente étude exploratoire sur les besoins en données sur la biodiversité du secteur des entreprises menée par le Taskforce for Nature-based Financial Disclosures (TNFD). En initiant un échange de connaissances plus approfondi entre les entreprises et les experts en biodiversité, le partenariat du NLBIF avec KPMG a fait progresser de nouvelles opportunités politiques pour l'utilisation des données médiatisées par le GBIF qui peuvent instruire et bénéficier à tous les nœuds du GBIF.

     

    « Aider les entreprises à rendre compte de leurs impacts et de leur dépendance à l'égard de la nature et de la biodiversité dans le cadre du CSRD en utilisant des informations géospatiales et temporelles sur la biodiversité dérivées des données médiatisées par le GBIF présente un potentiel important pour accroître notre impact », a déclaré Niels Raes, gestionnaire de nœud NLBIF et responsable de programme au Naturalis Biodiversity Center, l'institution hôte du NLBIF. « Avec une grande partie de la couverture terrestre mondiale sous contrôle privé, nous devons garantir une mise en œuvre efficace du CSRD et du TNFD pour guider le développement durable vers les objectifs du Cadre Mondial pour la Biodiversité. »

     

    Équipe du nœud NLBIF

    • Niels Raes : Gestionnaire de nœud
    • Jeroen Creuwels : Gestionnaire de données
    • Amy van Nobelen : Chargée de communication
    • Sijmen Cozijnsen : Soutien technique

     

    Équipe du SiB Colombia, mars 2022 : Dairo Escobar, Esteban Marentes, Ricardo Ortiz, Camila Plata, Jeimmy Díaz et Andrés Duarte. Photo par Dario Escobar

     

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  • Le système GBIF Alert construit en Belgique remporte le Défi Ebbe Nielsen 2023

     

    Le système de notification des occurrences d'espèces ouvre la voie, avec des améliorations Frictionless Data vers Bionomia gagnant la deuxième place et la troisième place partagées par Library Identification Resources et Open Data Biodiversity Mapper

    GBIF Alert, un système open-source flexible pour informer les utilisateurs de la disponibilité d'enregistrements de nouvelles occurrences via GBIF, a gagné la sélection en tant que premier lauréat du Défit GBIF Ebbe Nielsen 2023.

    Les membres de l'équipe belge responsable de GBIF Alert, dirigée par Nicolas Noé de The Binary Forest, ne sont pas étrangers à la communauté GBIF ou au podium des vainqueurs du Défi. Noé faisait partie d'une équipe à trois personnes qui a gagné le prix inaugural du Défi en 2015 avec Peter Desmet de l' Institut de recherchepour la nature et la forêt (INBO), qui l'a rejoint à nouveau ici. Lien Reyserhove et Damiano Oldoni d'INBO ont également collaboré avec Desmet sur leur entrée commune en première place en 2018. Les collègues d’INBO Tim Adriaens et Bram D’Hondt complètent les membres de l’équipe gagnante de cette année.

    Frictionless Data from Bionomia, soumis par David Shorthouse, a remporté le deuxième prix pour une nouvelle fonctionnalité d'exportation qui prend en charge l'amélioration continue de la qualité des données pour les enregistrements de spécimens issus de collections scientifiques. Deux candidatures qui se partageront la troisième place complètent la liste des gagnants de 2023 :

     

    Le jury, présidé par Birgitte Gemeinholzer, professeur de botanique à l'Université de Kassel et actuelle présidente du Comité scientifique du GBIF, a sélectionné les gagnants du Challenge de cette année parmi un groupe de 12 candidatures qualifiées. Ce prix incitatif annuel honore la mémoire du Dr Ebbe Schmidt Nielsen, un entomologiste dano-australien qui fut l'un des principaux fondateurs du GBIF et un leader inspirant dans la communauté de la biosystématique et de l'informatique de la biodiversité.

    Les allocations de la cagnotte annuelle de 20 000 € permettent d'attribuer 8 000 € à l'équipe à la première place, 6 000 € pour la deuxième place et 3 000 € pour chacune des équipes gagnantes à la troisième place.

     


     

    Gagnants du GBIF Ebbe Nielsen Challenge 2023

    Premier prix
    GBIF Alert : un système d'alerte open source pour les occurrences basé sur le GBIF

    Cet outil open source réutilisable montre comment utiliser GBIF.org comme système pour informer les utilisateurs des enregistrements d'occurrence nouvellement disponibles pour toute espèce ou lieu d'intérêt. Bien qu'il puisse être déployé et configuré pour générer des alertes pour toute combinaison de taxons, de zones ou d'ensembles de données sources spécifiques, le cas d'utilisation le plus probable du système se concentre sur la gestion des espèces exotiques envahissantes (EEE).

    Les gestionnaires de terrain et les décideurs politiques chargés de surveiller la propagation des EEE ont besoin d'un accès rapide aux informations sur l'apparition de nouvelles occurrences d'espèces préoccupantes, que ce soit dans des zones d'introduction connues ou dans de nouvelles zones. GBIF Alert peut les tenir informés des nouveaux enregistrements (ou nouveaux pour le GBIF) de leurs espèces d'intérêt, déclenchant l'envoi de notifications à une adresse courriel sélectionnée via une interface utilisateur simple et intuitive. La démo soumise pour le défi est configurée pour surveiller l'index d'occurrence du GBIF pour les nouveaux enregistrements d'espèces envahissantes en Amérique du Nord.

     

    « GBIF Alert est né directement de l'expérience du développement de Life RIPARIAS, un système d'alerte précoce open source basé sur le GBIF ciblant certaines plantes riveraines et les écrevisses envahissantes dans certaines régions de Belgique. Une fois que nous avons réalisé qu’une configuration plus flexible et moins codée en dur la rendrait utile à de nombreuses autres équipes à travers le monde, il nous a semblé mal de la garder pour nous et nous avons donc poussé notre effort un peu plus loin. » dit Noé. « Notre bonheur et notre surprise d'avoir remporté le premier prix nous ont donné l'impulsion nécessaire pour investir dans d'autres outils en informatique sur la biodiversité dans le même esprit open source, et nous aimerions voir la fonctionnalité de GBIF Alert intégrée directement dans GBIF.org. »

     

    vidéo | GitHub | Démo GBIF Alert pour les espèces invasives aux États-Unis

     

    Deuxième prix
    Frictionless Data from Bionomia

    Cette participation préparée par l'informaticien canadien de la biodiversité David Shorthouse est la seule gagnante du deuxième prix du Défi 2023. Bionomie, la plate-forme qu'il a publiée pour la première fois il y a cinq ans, tire parti des identifiants persistants d'ORCID et de Wikidata pour permettre aux « scribes » volontaires d'annoter les enregistrements de spécimens partagés sur le GBIF.org, clarifiant les crédits qu'ils donnent aux collecteurs de spécimens individuels et aux identifiants. Au cours du processus, cela a suscité des discussions plus larges sur une meilleure reconnaissance et récompense de l'expertise nécessaire à l'assemblage, la maintenance, la numérisation et la conservation des connaissances sur les collections scientifiques du monde.

    La participation au Défi 2023 de Shorthouse a décrit une nouvelle fonctionnalité qui prépare automatiquement lesFrictionless Data Packages de collecteurs et d'attributions d'identifiants dans Bionomia pour chaque jeu de données. En s'appuyant sur cette simplicité d'un format pratique cela permet à un gestionnaire de collections d'importer plus facilement des attributions Bionomia dans un système de gestion de collections local et de partager des enregistrements récemment mis à jour et améliorés, créant ainsi un cycle vertueux d'"aller-retour" d'améliorations de la qualité des données.

    La sélection de Bionomia par le jury met en lumière la valeur de la création de nouvelles fonctionnalités dans les outils existants. En attendant, le gestrionnaires de données, qui améliorent actuellement la qualité des données de leurs collections avecnles attributions de Bionomia vont partager les pointeurs et les leçons apprises le 6 décembre 2023 lors d'un atelier en ligne en allez-retour, pour lequel les inscriptions sont à présent ouvertes.

     

    "Ces nouveaux résultats aident à démontrer la valeur institutionnelle de Bionomia et offrent un retour sur investissements positif pour la numérisation et la transcription de spécimens, a dit Shorthouse. "Des identifiants uniques persistants pour les personnes peuvent sembler légers à hériter, mais ils servent de passeports à la provenance, des microhistoires et des fils émotifs qui relient les personnes qui ont jeté les bases de nos collections d'histoire naturelle à leurs réseaux de soutien. ce qu'ils ont collecté, où ils étaient, et notre planète partagée. J'espère que toutes les collections qui partagent des données sur le GBIF pourront utiliser le service aller-retour de Bionomia pour aider à renforcer leurs propres réseaux locaux. »

     

    vidéo | GitHub

     

    Troisième prix
    Bibliothèque des ressources d'identification

    Cette plateforme Web développée par le biologiste et programmeur Lars Willighagen combine deux services Web qui guident les scientifiques amateurs vers des clés taxonomiques appropriées pour les aider à identifier les organismes qu'ils observent eux-mêmes. Willighagen est actuellement inscrit en tant qu'étudiant en maîtrise à l'Institut Radboud pour les sciences biologiques et environnementales (RIBES) de l'Université Radboud à Nimègue, aux Pays-Bas.

    Un catalogue de références taxonomiques du domaine public lisible par des machines allant des simples guides picturaux aux publications en série complètes fournit le premier service sous-jacent. Ce référentiel bibliographique contient des métadonnées sur les ouvrages de référence et des informations sur leur portée et leur exhaustivité taxonomique et géographique. Dans la mesure du possible, la liste complète des noms apparaissant dans les œuvres est extraite et mappée à l'ossature taxonomique du GBIF à l’aide de l’API GBIF.

    Les utilisateurs utilisent le deuxième service plus visible en entrant l'emplacement et le nom scientifique d'une observation qui a besoin d'être identifiée. Les résultats de la recherche renvoient des publications de référence potentiellement pertinentes dans le catalogue et des estimations de leur utilité dans la vérification de l'identification de l'observation. Les estimations d'admissibilité reposent sur l'API GBIF pour établir une liste de contrôle de toutes les espèces trouvées à l'emplacement de la recherche géographique, qui peuvent être comparées aux listes de taxons des publications. L'utilisation des données disponibles tient compte des changements dans la répartition des espèces au fil du temps, étant donné que les clés plus anciennes centrées sur des taxons spécifiques provenant des régions cibles peuvent devenir inadaptées tandis que d'autres se limitant à différentes régions sont devenues appropriées.

    vidéo | Trouver des ressources d'identification | Catalogue | GitHub : Recherche de ressources | GitHub : Catalogue

     

    Troisième prix
    Open Data Biodiversity Mapper

    Le prototype basé sur R Shiny webapp construit par Sam Perrin, Philip Stanley Mostert et Ron Togunov de NTNU exécute un flux de données open-source qui prétraite différents types de jeux de données, permettant aux utilisateurs de produire plus facilement des modèles intégrés de distribution d'espèces (MIS).

    Cette approche reconnaît que, malgré les avantages de la standardisation, les observations opportunistes de la part de scientifiques citoyens, par exemple, diffèrent considérablement des enregistrements recueillis en utilisant un protocole complexe pour l'échantillonnage de l'abondance. En préservant certaines des poiints forts et caractéristiques uniques des méthodes contrastantes de collecte dans les jeux de données sous-jacents et en les intégrant dans un seul cadre statistique – plutôt que de simplement regrouper les enregistrements et aplanir leurs différences – le Mapper Open Data Biodiversity améliore les visualisations ISDM qui en résultent.

    L'outil génère actuellement des cartes d'intensité des espèces pour quatre groupes taxinomiques différents dans le comté de Trøndelag en Norvège centrale, mais l'équipe met actuellement à l'échelle l'outil pour produire des cartes pour toute la Norvège. Bien qu'il soit prévu de rendre l'approche ISDM accessible aux groupes sans les compétences nécessaires à la lutte des données l'accès aux scripts et les instructions étape par étape pour les utiliser devraient permettre aux utilisateurs ayant une certaine connaissance de GitHub, GBIF et R pour créer des versions localisées de l'outil pour d'autres taxons cibles.

    video | GitHub

     


     

    Jury du Challenge Ebbe Nielsen 2023

     

    Illustration d'une limule japonaise Tachypleus tridentatus(Leach, 1819) from Fauna japonica v.1 Crustacea (1823-1830) via Biodiversity Heritage Library, sous licence domaine public CC0.

     

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mercredi 11 octobre 2023

mardi 10 octobre 2023

  • Le GBIF renforce son soutien à l'obtention d'informations nécessaires à la lutte contre les espèces exotiques envahissantes

    Un nouveau groupe de travail du GBIF répondra au besoin urgent d'un meilleur accès à de meilleures données et informations sur les espèces exotiques envahissantes en réponse à l'évaluation historique des espèces exotiques envahissantes approuvée par la Plateforme intergouvernementale sur la biodiversité et les services écosystémiques (IPBES) ce mois-ci.

    Parmi ses conclusions, l'évaluation thématique de l'IPBES sur les espèces exotiques envahissantes et leur contrôle a conclu que le soutien aux systèmes d'information, aux infrastructures et au partage de données était l'une des sept actions stratégiques complémentaires qui pourraient permettre de réaliser des progrès ambitieux en matière de gestion, de prévention et de contrôle des invasions biologiques.

     

    Les mesures stratégiques visant à prévenir l'introduction et l'impact des espèces exotiques envahissantes comprennent : Soutenir les systèmes d'information, les infrastructures et le partage de données. (§D25)

     

    Le rapport identifie également le rôle essentiel que des systèmes d'information ouverts et interopérables peuvent jouer dans la compréhension des invasions biologiques, soutenus par la coopération internationale et la mise en réseau des gouvernements et des parties prenantes.

     

    Le renforcement des systèmes d’information ouverts existants peut faciliter la gestion des invasions biologiques, y compris la priorisation des actions, la détection précoce et la réponse rapide, et améliorer l’efficacité des réglementations. Les systèmes d’information ouverts peuvent réduire considérablement les coûts de gestion en garantissant des réponses ciblées et appropriées, en évitant la duplication des efforts et en facilitant l’évaluation de l’efficacité des instruments politiques au moyen d’indicateurs... Ils peuvent également améliorer la disponibilité des données et des connaissances dans les régions géographiques et les habitats. et groupes taxonomiques et réduire la grande variation de la capacité de réponse. Grâce à la science citoyenne, les systèmes d’information ont le potentiel d’impliquer les gens, de les sensibiliser et d’accroître la disponibilité des données. (§D31)

     

    L'évaluation a également identifié les lacunes de données les plus importantes relatives aux espèces exotiques envahissantes, « qui, si elles étaient comblées, renforceraient la compréhension des invasions biologiques& » dans les écosystèmes marins, tropicaux et polaires ; parmi les micro-organismes et les invertébrés ; ainsi que des lacunes en matière de données régionales, en particulier en Afrique et en Asie centrale. (Table SPM.A1)

     

    Le groupe de travail recommandé par le Comité scientifique du GBIF, et approuvé par le Comité exécutif du GBIF examinera les développements récents dans l'interface science-politique relative aux espèces exotiques envahissantes et recommandera des actions pour le GBIF qui répondront au mieux aux besoins des utilisateurs de données. Ces développements incluent non seulement l'évaluation de l'IPBES, mais également la nécessité pour les gouvernements de suivre les progrès vers l'objectif 6 du Cadre mondial pour la biodiversité Kunming-Montréal (GBF), relatif à la prévention ou à la réduction de l'introduction et de l'établissement d'espèces exotiques envahissantes.

     

    Panneau d'avertissement de biosécurité agricole à la porte d'une ferme dans le comté de Kerry, en Irlande. Photo de Gabriel12/Shutterstock, gracieuseté de l'équipe média de l'IPBES.

     

    « L’évaluation de l’IPBES a souligné la nécessité essentielle de systèmes de données robustes et durables en libre accès pour soutenir les actions nécessaires à la réduction des énormes impacts des invasions biologiques sur la biodiversité, les personnes et les économies. Le GBIF est idéalement placé pour répondre à ce besoin, en travaillant en partenariat avec les communautés d'experts concernées tout en s'appuyant sur son éventail inégalé d'institutions de partage de données, y compris des groupes scientifiques citoyens », a déclaré le Dr Melodie McGeoch, professeur de sciences de la vie à l'Université de La Trobe, vice-président du comité scientifique du GBIF et auteur principal coordonnateur de l'évaluation IPBES. « Ce nouveau groupe de travail aidera à identifier les mesures pragmatiques qui peuvent être prises rapidement pour garantir que le GBIF réalise tout son potentiel en tant que ressource d'information dans ce domaine, notamment en comblant les lacunes en matière de données identifiées dans l'évaluation de l'IPBES. »

     

    « Le comité scientifique du GBIF a considéré les espèces envahissantes comme un domaine qui justifiait déjà une attention prioritaire dans la période à venir, et l'évaluation de l'IPBES a encore renforcé ce point de vue », a déclaré le DR Birgit Gemeinholzer, présidente du comité et professeur de botanique à l'Université de Kassel. « Nous sommes convaincus que le nouveau groupe de travail s’appuiera efficacement sur le travail déjà réalisé pour ancrer le GBIF en tant que point de référence majeur pour la recherche et la politique dans le domaine de la biologie des invasions. »

     

    « Il est clair que la question des espèces exotiques envahissantes fait partie des priorités stratégiques du GBIF, car elle démontre l'importance de notre réseau et de nos infrastructures pour relever les grands défis mondiaux », a déclaré le Dr Liam Lysaght, directeur du Centre national irlandais de données sur la biodiversité président du Conseil d'administration du GBIF : « Nous savons que les données circulant via le GBIF fournissent déjà un ensemble irremplaçable de preuves sur les espèces exotiques envahissantes, mais nous savons également que nous pouvons faire encore mieux – et c'est là que le groupe de travail peut aider. »

     

    Le sujet des espèces exotiques envahissantes représente près de 14 pour cent des utilisations publiées des données du réseau GBIF, évaluées par des pairs, avec près de 1 300 articles relatifs aux espèces envahissantes enregistrés dans les archives de recherche activées par le GBIF compilées grâce à son programme de suivi des publications.

     

    Le nouveau groupe de travail s'appuiera sur les travaux d'un précédent groupe d'experts responsable du rapport de 2016, Data fitness for use in research on alien and invasive species. En plus de synthétiser les développements récents et leur pertinence pour le GBIF, le nouveau groupe appliquera un cas d'utilisation sur les espèces exotiques envahissantes dans le cadre du nouveau modèle de données du GBIF et examinera l'avenir du partenariat entre le GBIF et le Registre mondial des espèces introduites et envahissantes. GRIIS, un projet du Groupe de spécialistes des espèces envahissantes de la Commission pour la sauvegarde des espèces de l'UICN.

    Le GRIIS publie plus de 380 listes de contrôle d'espèces introduites et envahissantes relatives aux pays, aux îles et aux zones protégées au GBIF, et leur intégration dans l'infrastructure du GBIF permet l'inclusion d'informations sur les aires de répartition introduites et le statut envahissant sur les pages d'espèces du GBIF.org. Ces informations alimentent également les profils de pays pour le Mécanisme d'échange d'informations de la Convention des Nations Unies sur la diversité biologique (CBD).

    Les listes de contrôle GRIIS, combinées aux enregistrements d'occurrences du réseau du GBIF composé de plus de 2 100 institutions publiant des données, ont fourni aux auteurs de l'évaluation de l'IPBES un cadre pour analyser l'état et les tendances des espèces exotiques envahissantes, démontrant l'un des rôles essentiels que joue le GBIF dans la réalisation des objectifs sous-jacents. preuves qui informent le GBIF.


     

    En savoir plus

    IPBES (2023) Résumé à l'intention des décideurs politiques du rapport d'évaluation thématique sur les espèces exotiques envahissantes et leur contrôle de la plateforme intergouvernementale scientifique et politique sur la biodiversité et les services écosystémiques. Roy HE, Pauchard A, Stoett P, Renard Truong T, Bacher S, Galil BS, Hulme PE, Ikeda T, Sankaran KV, McGeoch MA, Meyerson LA, Nuñez MA, Ordonez A, Rahlao SJ, Schwindt E, Seebens H, Sheppard AW et Vandvik V, éd. Bonn, Allemagne : Secrétariat de l'IPBES. https://doi.org/10.5281/zenodo.7430692

     

    Poisson-lion (Pterois volitans), observé aux Bahamas, où il est enregistré comme envahissant dans le Registre mondial des espèces introduites et envahissantes. Photo 2023 Paige Winter via iNaturalist Research-grade Observations , sous licence CC BY-NC 4.0.

     

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  • L'étudiante ougandaise Dorothy Akoth remporte le Prix des chercheurs diplômés du GBIF 2023

    Étudiante en maitrise de l'université de Makarere, elle devient le premier récipiendaire de l'Ouganda - et la deuxième en Afrique - à obtenir une sélection pour améliorer la connaissance et la compréhension des espèces de poissons indigènes du pays

    Dorothy Akoth, une étudiante en Maîtrise au Collège des sciences naturelles à l'Université de Makarere en Ouganda, a été nommée l'une des deux lauréats du Prix des chercheurs diplômés du GBIF.

    Un jury d'experts a sélectionné Akoth, qui a été nommée par le Conseil national ougandais pour la science et la technologie en collaboration avec l'Institut national de recherche sur les ressources halieutiques (NaFIRRI), pour le rôle déterminant de ses recherches dans l'amélioration des connaissances sur la répartition et le statut de péril de 110 espèces de poissons indigènes en dehors de la tribu emblématique des Haplochromines faisant partie des cichlidés d'Afrique de l'Est.

    Alors qu'Akoth terminait son programme de premier cycle au Département de zoologie, d'entomologie et des sciences halieutiques de Makarere, elle a été initiée au GBIF grâce à un projet dirigé par NaFIRRI soutenu par le programme Information sur la biodiversité pour le développement (BID) financé par l'Union européenne. Son intérêt pour le projet a motivé sa sélection pour un programme de mentorat financé par la Fondation JRS pour la Biodiversité, ce qui a permis de perfectionner ses compétences en gestion de données.

    Ces expériences ont préparé le terrain pour les recherches d'Akoth, qui se sont appuyées sur une utilisation intensive des données médiatisées par le GBIF. Suite à la publication d'un article scientifique mettant à jour les cartes de répartition nationales et examinant les lacunes dans les données sur les poissons autres que Haplochromis, elle a finalisé l'application des critères de la Liste rouge de l'UICN au groupe (actuellement en préimpression).

     

    « Mes recherches se sont principalement appuyées sur les données du GBIF pour mettre à jour les répartitions et évaluer les risques d'extinction, produisant ainsi la toute première Liste rouge nationale des poissons du pays », a déclaré Akoth. « Je suis honorée de recevoir ce prix pour sa reconnaissance de l'importance de mon travail. C'est aussi une excellente opportunité d'évolution de carrière et une motivation pour moi de travailler plus dur et de contribuer à la conservation de la biodiversité. »

     

    « Dorothy est enthousiaste et très motivée et ses réalisations en tant qu'étudiante à la maîtrise sont extraordinaires : son article en tant que premier auteur fournit la mise à jour la plus complète sur la répartition des poissons en Ouganda depuis les travaux fondateurs de P.H. Greenwood dans les années 1960 », a déclaré Vianny Natugonza, auparavant chargé de recherche au NaFIRRI et aujourd'hui chef du Département des sciences biophysiques et de géoinformation à l'Université de Busitema. « Entre-temps, son travail sur la Liste rouge nationale contribuera à éclairer la conservation, à façonner les zones protégées, à stimuler la collecte de données et à contribuer aux évaluations régionales et mondiales de la Liste rouge de l'UICN. »

     

    « Les cartes produites par Dorothy sont d'une importance cruciale pour la prise de décision en matière de conservation en eau douce en Ouganda", a déclaré Laban Muzinguzi, chercheur en biologie et écologie des poissons au NaFIRRI, éditeur du Portail sur la biodiversité en eau douce pour l'Ouganda et membre de l'équipe de soutien régionale du GBIF pour l'Afrique. « Ses recherches démontrent clairement la valeur des données ouvertes sur la biodiversité, ce qui, je l'espère, incitera davantage d'étudiants, en Ouganda et ailleurs, à publier et à utiliser des données via le GBIF. »

     

    Akoth est la deuxième étudiante africaine à remporter ce prix et la première depuis 2015, lorsque Fatima-Parker Allie d'Afrique du Sud a remporté cet honneur. Le Dr Parker-Allie est désormais directrice adjointe du "Biodiversity Informatics Partnerships and Cooperation" et responsable du nœud national du GBIF au Centre sud-africain d'information sur la biodiversité (SANBI).

    Akoth partage le prix 2023 avec André Vicente Liz de CIBIO au Portugal, les deux gagnants recevant un prix de 5 000 €.

     


     

    À propos du Prix

    Depuis sa création en 2010, le prix annuel GBIF Graduate Researchers Award (précédemment le Young Researchers Award) a cherché à promouvoir et à encourager l'innovation en recherche lié à la biodiversité utilisant des données partagées via le href="r">https://www.gbif.org/fr/the-gbif-network">réseau GBIF.

     

    À propos de l'université de Makarere

    Créée en 1922 en tant qu’humble école technique, l’Université Makerere est l’une des universités les plus anciennes et les plus prestigieuses d’Afrique. En 1970, Makerere est devenue une université nationale indépendante de la République d'Ouganda, proposant des cours de premier cycle et cycles supérieurs menant à ses propres diplômes. Aujourd'hui, Mak est un centre de recherche actif qui propose des programmes d'études de jour, de soir et externes à un corps étudiant d'environ 35 000 étudiants de premier cycle et 3 000 étudiants de cycles supérieurs provenant d'Ouganda et de l'étranger.
    En savoir plus.

     

    À propos de l'Institut national de recherche sur les ressources halieutiques

    NaFIRRI est l'un des sept instituts nationaux publics de recherche agricole (NARI) en Ouganda, sous la direction politique et la coordination de l'Organisation nationale de recherche agricole (NARO). Son mandat est de mener des recherches fondamentales et appliquées d'importance nationale et stratégique dans les domaines de l'aquaculture, des pêches de capture, de l'environnement aquatique, de la socioéconomie et du marketing, ainsi que de la gestion de l'information et de la communication, ainsi que des questions émergentes dans le secteur de la pêche.
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    À propos du GBIF Ouganda et de l’UNCST

    Le nœud national du GBIF pour l'Ouganda est hébergé au sein du Conseil national ougandais pour la science et la technologie (UNCST), créé en 1990 en tant qu'agence gouvernementale semi-autonome chargée de conseiller, de développer et de mettre en œuvre des politiques et des stratégies d'intégration de la science, de la technologie et du développement de la recherche en Ouganda. Le GBIF Ouganda soutient la mission de l'UNCST consistant à fournir un leadership efficace et innovant dans le développement, la promotion et l'application de la science et de la technologie et leur intégration dans le développement national durable.
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    Jury pour le Prix des Chercheurs diplômés 2023

     

    Dorothy Akoth, étudiante en master à l'université de Makarere et lauréate du prix GBIF Graduate Researchers Award 2023.
    Photo par Christine Elong / Institut national de recherche sur les ressources halieutiques.

     

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  • L'étudiant portugais André Vicente Liz gagne le Prix des chercheurs diplômés du GBIF 2023

    Un jury d'experts a sélectionné Liz, qui avait été nommé par la délégation portugaise du GBIF, reconnaissant son analyse génétique intégrée et ses schémas de distribution spatiale de 107 espèces de vertébrés qui vivent dans le désert du Sahara-Sahel.

    La diversité intraspécifique (DIS) reflète la variation génétique qui se situe au sein d'une espèce individuelle. Bien qu’historiquement non appréciée, la DIS a été inscrite à l’ordre du jour duKunming-Montreal Global Biodiversity Framework. Son importance en tant que mesure de la biodiversité peut être égale à celle de la variation entre les espèces, surtout compte tenu de son statut comme variable clé de la résilience de l'espèce face au changement climatique.

    Les vertébrés terrestres sur lesquels se concentre l'étude de Liz ont vécu et évolué à travers les nombreux cycles humides et secs du Sahara-Sahel au cours des dix derniers millions d'années accumulant des niveaux remarquables de DIS. Le vaste et relativement inaccessible paysage de la région a entravé une meilleure compréhension de la structure et des mécanismes qui sous-tendent cette diversité.

    La recherche de Liz tire parti de plus de 21 000 observations du GBIF, les utilisant à la fois pour aider à déduire la distribution de 325 lignées génétiques confirmées et pour modéliser les distributions actuelles et historiques de l'espèce. Combiné dans un cadre commun aux scénarios hydrologiques, climatiques et de végétation passés pour la première fois, cette étude intégrée vise à identifier et à corroborer les hot spots de la DIS et à déterminer ses principaux moteurs.

     

    « En intégrant ces approches, la méthodologie nous permet d'évaluer l'impact des fluctuations humides et sèches sur la génération et la structuration de la diversité génétique à travers les biomes du Sahara-Sahel, » a dit Liz. « Si nous pouvons comprendre les relations entre la DIS et la variabilité climatique passée, nous avons une meilleure chance d'adapter les plans de conservation afin d'identifier et de protéger efficacement la biodiversité unique du désert contre les menaces liées au changement climatique. »

     

    « André est un chercheur déterminé, discipliné et plein de ressources dont la recherche associe la biogéographie de la conservation, la phylogéographie, le changement climatique et le calcul Big Data, >> a déclaré Silvia Carvalho, chercheuse chez CIBIO. « Le prix est une reconnaissance bien méritée de son travail remarquable et de son potentiel exceptionnel en tant que chercheur qui n'a pas peur de relever de nouveaux défis. »

     

    « André a magnifiquement travaillé en tant que chercheur et collaborateur depuis qu'il a rejoint notre programme de doctorat en biodiversité, en génétique et en évolution », a dit José Carlos Brito, chercheur principal chez CIBIO-InBIO et superviseur de thèse de Liz. « Ayant déjà publié trois articles dans des revues à fort impact, je m'attends à ce que les deux principaux articles de son doctorat poussés par les données et avec leurs méthodologies à la pointe de la technologie, parviendront à un profil similaire. »

     

    Liz est le premier étudiant nommé par le Portugal à remporter le prix depuis Raquel Gaião Silvaqui a été sélectionnée en 2018. Les recherches pour ses études doctorales ont été développées principalement au CIBIO-InBIO et à l'Institut Leibniz pour l''analyse des changements de la biodiversité (LIB Museum Koenig Bonn), avec des séjours de recherche supplémentaires au Centre d'Écologie Fonctionnelle et Evolutive de Montpellier (CEFE-CNRS) et au King's College London. Liz a été soutenu par une bourse de doctorat de la Fundação para a Ciênçia e a Tecnologia (FCT). Tout en complétant l'écriture de sa dissertation, il travaille comme technicien de recherche à BIOPOLIS Association.

    Liz partage le prix 2023 avec Dorothy Akoth de l'Université de Makarere en Ouganda, les deux gagnants reçoivent un prix de 5 000 €.

     

    À propos du Prix

    Depuis sa création en 2010, le prix annuel GBIF Graduate Researchers Award (précédemment le _ the Young Researchers Award_) a promu et encouragé l'innovation en reserche lié à la biodiversité utilisant des données partagées via le the GBIF network.

     

    À propos de CIBIO-InBIO

    Le Centre de Recherche en Biodiversité et Ressources Génétiques est une unité de recherche reconnue internationalement en sciences biologiques, avec ses sièges sociaux à University of Porto et dans trois autres centres portugais. Le Centre de recherche mène des recherches de base et appliquées sur les trois principales composantes de la biodiversité : les gènes, les espèces et les écosystèmes, et favorise un environnement de recherche international et multiculturel, accueillant des chercheurs de plus de 17 pays, organisés en 34 groupes de recherche.
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    À propos de l'association BIOPOLIS

    CIBIO-InBIO est géré par l'Association BIOPOLIS, une institution privée à but non lucratif qui se concentre sur la biologie environnementale, la recherche sur les écosystèmes et l'agrobiodiversité. L'association reçoit un soutien financier du Programme de recherche et d'innovation Horizon 2020 de l'Union européenne.
    En savoir plus.

     

    À propos du projet BIOPOLIS Teaming

    Le projet Biopolis est le projet européen Teaming #857251 et comprend trois partenaires : CIBIO (PT), Porto Business School (PT) et l'<3 >Université de Montpellier (FR).


     

    Jury pour le Prix des Chercheurs diplômés 2023

     

    André Vicente Liz, doctorant au Centre de recherche sur la biodiversité et les ressources génétiques (CIBIO-InBIO) de l'Université de Porto et lauréat du prix GBIF 2023 pour les jeunes chercheurs. Photo de Xarxa Quiroga Álvarez.

     

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jeudi 14 septembre 2023

  • GBIF Phylogeny Explorer fait ses débuts sur le portail de données sur les légumineuses

    Un outil expérimental soutient la recherche collaborative sur la phylogénétique en permettant l'accès, l'examen, la comparaison et les téléchargements de données révélant les relations évolutives entre les espèces.

    Le GBIF a introduit un nouvel explorateur phylogénétique sur le Legume Data Portal (portail de données sur les légumineuses), un projet du groupe de travail phylogénomique sur les légumineuses. Lancé pour soutenir les discours d'ouverture de la 8e Conférence internationale sur les légumineuses (8ILC), à Pirenópolis, Brazil, le 6 août 2023, cet outil de visualisation offre une nouvelle vue des données d'occurrence des espèces du réseau GBIF, en les organisant conformément aux preuves phylogénétiques actuelles. sur les relations évolutives entre les espèces au sein de la grande famille cosmopolite des légumineuses végétales.

    La vue par défaut de l'outil expérimental présente des données d'occurrence médiées par le GBIF alignées sur une phylogénie récemment publiée d'espèces de légumineuses césalpinioïdes (Ringelberg et al. 2023). Les utilisateurs peuvent parcourir et sélectionner les enregistrements de 1 860 espèces aux extrémités de l'arbre ainsi que de certains taxons d'ordre supérieur aux articulations des branches. Tous les taxons correspondent à la taxonomie de base du GBIF, de sorte que la carte affichée pour chaque espèce individuelle de la phylogénie correspond à la carte des espèces disponible sur gbif.org.

    La nouveauté du visualisateur réside dans sa capacité à cartographier les occurrences d'un clade entier, ou d'un groupe de taxons liés par un ancêtre commun, en un seul clic. Les utilisateurs peuvent également sélectionner et comparer plusieurs clades, y compris des clades frères étroitement apparentés, parcourir l'arbre phylogénétique, modifier les vues et les couleurs de la carte et télécharger les occurrences qu'ils sélectionnent. Cet effort continu de recherche et de développement s'appuie sur les enseignements tirés de deux projets précédents, PhyloJive et PhyloLink.

     

    « L'explorateur phylogénétique présente une grande famille écologiquement importante et distribuée à l'échelle mondiale qui peut servir de test aux systématistes du monde entier », a déclaré Anne Bruneau de l'Université de Montréal. « Notre groupe de travail travaille en communauté depuis 2010 pour faciliter et diffuser la recherche sur la systématique, la taxonomie et la biodiversité des légumineuses. Nous sommes donc ravis de ces avancées. »

     

    Le portail de données sur les légumineuses, pris en charge par Canadensys et GBIF, fonctionne comme une instance du service de portail hébergé du GBIF. Les membres du groupe de travail ont utilisé les premières versions du visualiseur pour soutenir la conservation communautaire, ce qui a conduit à la publication de la première version d'une liste de contrôle mondiale sur les légumineuses approuvée par la communauté qui améliore l'exactitude de l'occurrence, de la biodiversité et des données taxonomiques. D'autres développements et partenariats sont prévus après cette première version publique, les commentaires et retours des utilisateurs sont donc les bienvenus via phylogeny@gbif.org.

     

    « Je suis convaincu que permettre ce changement de perspective vers une classification basée sur l'ADN ouvrira de nouvelles voies de recherche », a déclaré Joe Miller, secrétaire exécutif du GBIF. « Mais la promesse que représente cet effort technique de recherche et développement pour soutenir directement les indicateurs de diversité phylogénétique pertinents pour les politiques est tout aussi passionnante. »

     

     

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  • Webinaire Nouveau modèle de données : Explorer les données d'interactions sur la pollinisation des plantes

    Lieu : Virtuel, en ligne
    Date : 20 septembre 2023 - 15h-16h CEST

     

    Le prochain webinaire communautaire du GBIF explorera un autre exemple de la façon dont le nouveau modèle de données étend les possibilités d'évolution et d'enrichissement de la norme Darwin Core, cette fois tiré du projet WorldFAIR dirigé par CODATA et la Research Data Alliance.

    Le GBIF et Embrapa dirigent des modules de travail adjacents sur la biodiversité et la biodiversité agricole pour ce projet financé par l'UE. Après un aperçu de leurs travaux, les membres de l'équipe discuteront des résultats des efforts de l'Embrapa visant à mapper les données d'interactions sur les pollinisateurs des plantes avec l' extension Extended Measurement or Facts de Darwin Core et de ses implications pour le nouveau modèle de données.

    Inscrivez-vous à l'événement

     

     

    Programme

    Heure Sujet Conférencier
    15h00-15h05 Accueil et présentation Alex Delipalta
    RDA Europe
    15h05-15h20 WorldFAIR WP9: Présentation du modèle de données unifié du GBIF Joe Miller & John Wieczorek
    GBIF
    15h20-15h35 WorldFAIR WP10: Cas d'utilisation des normes de données sur les pollinisateurs liées à l'agriculture Debora Drucker
    Embrapa
    15h35-15h55 Panel et questions-réponses
    Connecter les lots de travaux: Modèle unifié du GBIF et données d'interactions sur la pollinisation des plantes
    Alex Delipalta
    Debora Drucker
    Joe Miller
    Tim Robertson
    José Augusto Salim
    Maarten Treckels
    John Wieczorek

     

    Resources


     


     

    Lieu : Virtuel, en ligne
    Date : 20 septembre 2023 - 15h-16h CEST
    Langue : Anglais, arabe, chinois (simplifié), français, russe et espagnol

     

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  • Une étude exploratoire porte sur un système mondial de données publiques relatives à la nature

    Le GBIF se joint à la Taskforce for Nature-based Financial Disclosures (Groupe de travail pour une information financière basée sur la nature) et à dix autres organisations internationales pour répondre à l'intérêt croissant des entreprises pour les données relatives à la nature et souligner les avantages sociétaux d'un système mondial de données publiques relatives à la nature.

    Une étude exploratoire de haut niveau entreprise par le Groupe de travail sur les informations financières liées à la nature (TNFD) et 11 organisations partenaires (dont le GBIF) a conclu que les données de haute qualité liées à la nature constituent un bien public mondial avec une demande croissante d'un large éventail d'acteurs. acteurs publics, privés et de la société civile du monde entier.

    L'intérêt pour des solutions à l'échelle mondiale aux besoins en données liées à la nature s'est accéléré depuis que les pays sont parvenus à un accord sur le cadre mondial Kunming-Montréal pour la biodiversité lors de la COP-15 de la Convention des Nations Unies sur la diversité biologique à Montrealen décembre dernier. La disponibilité de données précises, comparables et pertinentes sur le plan politique est une condition préalable essentielle pour aider les organisations à devenir plus résilientes face aux risques liés à la nature et pour faciliter le flux de capitaux vers des résultats positifs pour la nature.

    InEn réponse, le TNFD a réuni 11 organisations internationales pour évaluer les arguments en faveur d'un centre mondial de données publiques liées à la nature, en mettant d'abord l'accent sur la nécessité d'améliorer la disponibilité, la qualité et la comparabilité des données sur l'état de la nature. Les conclusions de l'étude ont été publiées le 10 août 2023 en marge du sommet amazonien de Belem, au Brésil, en présence du secrétaire exécutif du GBIF, Joe Miller.

     

    « Le gouvernement, les entreprises, la finance et la société civile ne peuvent pas prendre de mesures efficaces face aux défis naturels et climatiques sans données de haute qualité, comparables et facilement accessibles », a déclaré Tony Goldner, directeur exécutif du TNFD. « De nombreux progrès ont été réalisés depuis l'Accord de Paris pour améliorer la qualité et l'accessibilité des données liées au climat. Nous avons maintenant besoin d'un changement radical d'orientation et de financement pour améliorer une base de référence mondiale de données liées à la nature. et le travail de nombreux organismes et organisations scientifiques nationaux et internationaux sur plusieurs décennies, nous pensons qu'il existe de solides arguments en faveur de la connexion, de la mise à l'échelle et de la maintenance des données liées à la nature via un centre mondial de données publiques. «

     

    Une analyse du paysage des données sur la nature entreprise par le TNFD en mars 2022 a conclu qu'un nombre important de mesures et de données liées à la nature existent déjà et sont utilisées aujourd'hui, mais des défis critiques demeurent :

    • normalisation des méthodes et des définitions
    • la maintenance et la connectivité des jeux de données liées à la nature
    • une accessibilité améliorée pour une communauté croissante d’utilisateurs de données
    • comparabilité pour faciliter l'élaboration des politiques, la stratégie commerciale et les décisions d'allocation de capital par les marchés financiers.

     

    L'examen du paysage du TNFD a également révélé que de nouvelles technologies et solutions de données liées à la nature émergent rapidement, des données satellitaires à l'ADNe, la plupart étant dirigées par de nouvelles collaborations entre les institutions scientifiques et les fournisseurs de données de marché. Ces nouvelles avancées ouvrent de nouvelles possibilités passionnantes pour améliorer et mettre à l’échelle les données d’évaluation de l’état de la nature et soulignent que les acteurs du secteur privé seront de plus en plus d’importants fournisseurs de données liées à la nature, et non seulement des utilisateurs.

    L’une des principales conclusions de l’étude de cadrage est que la croissance rapide de la demande de données liées à la nature pourrait soutenir le développement d’un système mondial de données publiques liées à la nature, offrant ainsi des avantages significatifs aux parties prenantes publiques, privées et de la société civile du monde entier. Dans la mesure du possible, les partenaires recommandent que les données de référence liées à la nature restent ouvertes et accessibles à un large éventail de parties prenantes, plutôt que d'être conservées derrière des barrières payantes ou dans des systèmes propriétaires.

     

    » En tant que réseau axé sur les normes, responsable de la source la plus complète et la plus largement utilisée de données gratuites, ouvertes et interopérables sur la biodiversité, nous soutenons l'appel de l'étude du TNFD en faveur d'une plus grande ambition et d'un plus grand investissement dans les données liées à la nature en tant que bien public mondial «, a déclaré Miller. » Plus de deux décennies après sa création par l'intermédiaire de l'OCDE, le GBIF peut fournir au service public proposé un modèle précieux et des enseignements tirés concernant ses pratiques de conception, de gouvernance et de renforcement des capacités. «

     

    L’étude a exploré trois options possibles pour mieux mettre à l’échelle, connecter et financer l’amélioration des données liées à la nature et a recommandé un centre mondial de données publiques liées à la nature qui connecte et étend les plateformes de données existantes aux niveaux national et infranational. Cette installation doit également intégrer le nombre croissant de sources de données liées à la nature provenant du secteur privé dans une plateforme partagée et ouverte.

     

    « Soutenu par des structures de portée, de gouvernance, de financement et d'incitation appropriées, et rendu possible par des méthodes et des normes cohérentes à l'échelle mondiale pour les données liées à la nature, un centre mondial de données publiques liées à la nature changerait la donne pour une meilleure gestion des risques et permettrait une nouvelle nature. des marchés émergent », a déclaré Simon Zadek,président de Nature Finance.

     

    Les organisations à l'origine de l'étude de cadrage entament maintenant la prochaine phase de travail exploratoire, impliquant des consultations avec un large éventail de parties prenantes en vue d'élaborer un modèle de gouvernance, de financement et d'exploitation préféré pour le centre de données publiques proposé et d'assurer des synergies avec les données climatiques associées, des initiatives telles que le Net Zero Public Data Utility (NZDPU) et d’autres.

    Télécharger le document » Findings of a high-level scoping study exploring the case for a global nature-related public data facility »

     

    Partenaires contributeurs

     

     

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mercredi 13 septembre 2023

  • Invitation à partager des données de métabarcodage ADN pour tester un premier projet pilote d'outil de publication de données

    Le métabarcodage des échantillons d'ADN environnemental ou des échantillons en vrac est l'une des principales sources de nouvelles données sur la biodiversité, et le GBIF étudie les moyens d'étendre son soutien aux communautés intéressées par la publication de données sur la biodiversité dérivées de l'ADN et d'augmenter leur visibilité et leur réutilisation au-delà des référentiels et archives moléculaires.

    À l'occasion de la mise à jour de notre guide sur le partage de ces données via des plateformes de biodiversité – qui comprennent désormais une section spéciale sur la publication de données sur l’ADNe marin – le GBIF invite les personnes qui détiennent des données de métabarcodes ADN à nous aider à piloter un outil expérimental de publication de données qui répond aux récents commentaires de la communauté omics.

    D'ici le 1er novembre 2023, nous invitons les volontaires à nous contacter et à envoyer les données de métabarcoding ADN traitées à l'équipe pilote ADN du GBIF à DNA@gbif.org. Idéalement, ces jeux de données métabarcoding/eDNA proviendront directement de personnes ayant une solide compréhension de la structure et des origines de leurs données (plus d’informations sur les attentes en matière de données ci-dessous). En fonction de la demande, nous pouvons donner la priorité au traitement des jeux de données candidats des pays du réseau GBIF ou celles qui comblent les lacunes en matière de connaissances spatiales et taxonomiques. Nous utiliserons les jeux de données fournis pour tester et affiner l'outil expérimental et élaborer des lignes directrices concernant son utilisation future. De plus, nous travaillerons sur les processus de publication de données du GBIF pour garantir que tous les jeux de données contribués soient publiés sur le GBIF à la suite de ce projet pilote.

     

    Pourquoi partager les données de métabarcoding de l'ADN sur gbif.org

    • Les données seront réutilisées pour la recherche et l'élaboration de politiques, augmentant ainsi l'impact sur les connaissances scientifiques et la compréhension de la biodiversité mondiale.
    • Le système de suivi des citations du GBIF enregistre chaque réutilisation de données dans les publications scientifiques.
    • Le partage de données via GBIF.org offre aux chercheurs et autres utilisateurs de données une voie supplémentaire pour découvrir les travaux et publications scientifiques sous-jacents.
    • Les créateurs de données gèrent les crédits académiques et l'attribution et contrôlent à la fois la fréquence et l'ampleur des modifications et des mises à jour.
    • Le GBIF attribue à chaque ensemble de données un identifiant d'objet numérique (DOI), un identifiant persistant et un lien vers l'ensemble de données.

     

    Que faire si vous êtes intéressé

    Considérez les jeux de données d'ADN de métabarcoding qui pourraient et devraient être accessibles à un public plus large. Envoyez les données à dna@gbif.org, et nous vous contacterons si nous avons besoin de plus d'informations ou de précisions. Une fois que nous aurons traité les jeux de données, nous vous fournirons un aperçu des données afin que vous puissiez les examiner et les ajuster.

     

    Données attendues

    Les jeux de données pilotes de métabarcoding/ADN électronique devraient provenir directement de ceux qui connaissent le mieux et personnellement la structure des données et leurs origines. Idéalement, les éléments de données suivants constituent un point de départ, sous forme de tableaux séparés ou fusionnés, de feuilles de calcul Excel ou de texte délimité par tabulation/csv :

    • Tableau OTU/ASV (obligatoire) : un tableau d'abondance ou une matrice espèces/sites avec le nombre de lectures de séquences de chaque "espèce moléculaire" détectée dans chacun des échantillons (ou sites). Utilisez les identifiants des échantillons comme en-têtes de colonne et les identifiants des OTU comme noms de ligne, ou vice-versa. Les séquences peuvent être utilisées comme identifiants d'OTU.
    • Données sur les échantillons/sites (obligatoire) : un tableau contenant des métadonnées pour chacun des échantillons (ou sites). La position géographique de chaque échantillon est requise (de préférence sous forme de latitude et de longitude décimales), et les identifiants des échantillons doivent correspondre à ceux du tableau des OTU.
    • Tableau de taxonomie (facultatif) : un tableau contenant des informations sur chaque OTU. Au minimum, la séquence de l'OTU est nécessaire si elle n'est pas utilisée en tant qu'identifiant de l'OTU. Si une taxonomie a été attribuée aux OTU, le nom scientifique déduit de chaque OTU peut être fourni.
    • Données de l'étude (recommandé) : des informations sur l'étude / la génération de données OU un lien vers une publication ou une autre source d'où les informations (marqueur/gène, plateforme de séquençage, type d'échantillons, etc...) peuvent être extraites.

     

    Exemples de jeux de données de métabarcoding de l'ADN électronique sur gbif.org

     

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mardi 12 septembre 2023

  • Une nouvelle version de l'IPT bientôt disponible

    Le Secrétariat du GBIF a annoncé la mise en ligne de la prochaine version de l'Integrated Publishing Toolkit (IPT), à tester par les utilisateurs de l'outil.

     

    Développée en parallèle des travaux liés à la diversification du modèle de données GBIF, cette version de test offrira à de nombreux utilisateurs un premier aperçu des changements évolutifs majeurs implémentés dans les futures versions de ce logiciel libre et open-source.

     

    Comme il ne s'agit pour l'instant que d'une version d'essai avant sa mise en ligne définitive, elle ne doit être installée et utilisée qu'en mode "test" et non pas "production" ; les jeux de données testés sur cette version ne pourront être publiés que sur l'environnement de test du GBIF.

    Une description des nouvelles fonctionnalités et de leur utilisation sera prochainement ajoutée au Guide utilisateur de l'IPT. Les retours et suggestions des utilisateurs seront pris en compte via l'interface GitHub de l'IPT.

     

    Cette version conserve les fonctionnalités des versions précédentes, tout en autorisant les tests de partage de données plus complexes via l'abolition des contraintes liées au schéma en étoile du standard Darwin Core. Cette plus grande flexibilité permet d'intégrer de nouveaux formats de données tels que les Frictionless Data Packages, et en particulier :

    Les modifications présentées dans la version 3.0 de l'IPT ne devraient avoir qu'un impact minime sur les utilistauers actuels de l'outil, quand sa version de production sera mise en ligne d'ici la fin de l'année. Les utilisateurs pourront toujours charger des fichiers tabulés ou connecter l'IPT à des bases de données comme ils le font actuellement. L'IPT continuera également à effectuer des vérifications de la validité des données telles que l'existence et l'unicité des identifiants obligatoires, et assurera l'intégrité des relations lors de la génération des archives Darwin Core.

     

    En parallèle, la souplesse introduite pour gérer les nouveaux "data packages" devrait permettre l'ajout rapide de modèles de publication pour d'autres nouveaux formats comme par exemple les données de suivi écologique et environnemental, ou les interactions plantes-pollinisateurs (ces dernières faisant l'objet d'un webinaire à venir).

     

    Plus d'informations sur cette page (en anglais).

     


mercredi 12 juillet 2023

  • Un rapport révèle la rentabilité des investissements du GBIF

    Chaque euro investi dans le Système Mondial d'Information sur la Biodiversité (GBIF) produit 3 € de bénéfices directs aux utilisateurs et jusqu'à 12 € d'avantages sociaux, selon la première évaluation économique du réseau, de l'infrastructure et des services du GBIF. Cette constatation est l'une des nombreuses observations mise en avant dans le rapport, Economic valuation and assessment of the impact of the GBIF network, préparé et publié par Deloitte Access Economics.

     

    L'équipe d'économistes de chez Deloitte a utilisé plusieurs méthodes analytiques afin de produire cette estimation, comparant et combinant les résultats afin de produire une quantification de l'impact économique total créé par les investissements dans le GBIF. Alors que certaines approches utilisent des calculs définis de manière étroite afin de saisir les avantages directs aux utilisateurs provenant de différents services, d'autres mesures ont exploré la valeur que la société en général accumule via les avantages indirects dépendants du réseau, de l'infrastructure et des services du GBIF. Le rapport situe la valeur annuelle du GBIF pour les utilisateurs à 48 millions d'euros sur un investissement total de 15 millions d'euros (environ 5 millions d'euros dans le monde et 10 millions d'euros à l'échelle nationale), alors que les bénéfices indirects pour la société peuvent atteindre 185 millions d'euros par an.

     

    Les autres principales constatations de ce rapport incluent que :

    • le GBIF élargit le champ des possibles. Près de la moitié (47%) de tous les utilisateurs de données interrogés par Deloitte ont rapporté qu'il aurait été impossible pour eux d'effectuer leur recherche en l'absence de GBIF.
    • "L'avantage le plus substantiel et quantifiable de GBIF" est un gain moyen de temps estimé de 64 heures par utilisateur par rapport à la recherche de données par le bias de sources alternatives.
    • Presque tous les utilisateurs (92%) font le lien entre les données mises à disposition via le GBIF et leurs contributions à l'avancement des Objectifs de Développement Durable des Nations Unies.

     

    "Cette étude est essentielle pour permettre aux participants et parties prenantes du GBIF d'exposer notre proposition de valeur et d'exprimer clairement les bénéfices que nous généront non seulement pour les chercheurs et les parties prenantes mais également pour la société en général," a déclaré Liam Lysaght, directeur du National Biodiversity Data Centre en Irlande et président du comité de direction du GBIF. "Ses conclusions révèlent que le réseau GBIF fournit un excellent rapport qualité-prix tout en contribuant aux solutions nécessaires de manière urgente afin de répondre aux problématiques de perte de biodiversité, de changements climatiques et d'autres problématiques environnementales pressantes."

     

    Le rapport final décrit également une méthode que les nœuds GBIF peuvent appliquer pour préparer des estimations de la valeur du temps économisé à l'échelle nationale dans les coûts de recherche grâce à l'accès aux données. Bien que cette mesure soit juste l'un des nombreux éléments contribuant à l'analyse, la capacité de l'utiliser à une échelle nationale répond directement aux commentaires des participants GBIF faisant suite à leur révision de la version préliminaire du rapport présenté à la 29ème réunion du Comité Directeur du GBIF (GB29). Le personnel du secrétariat s'attend à travailler avec les gestionnaires et le personnel des nœuds à mettre en pratique la méthode à Canberra lors de la réunion mondiale des nœuds, juste avant le GB30 en octobre 2023.

     

    Le rapport fait écho à des constatations présentées dans d'autres analyses à grande échelle récentes à propos du GBIF. La "Twenty-Year Review of GBIF" preparée par le Committee on Data of the International Science Council (CODATA) a recommendé de commander "une étude ciblée sur la valeur monétaire du partage de données de biodiversité et de la valeur ajoutée à laquelle contribuent les infrastructures de données." L'année suivante, un examen exhaustif portant sur plus de 4000 études révisées par les pairs s'appuyant sur les données gérées par GBIF a conclu que "les jeux de données de biodiversité mondialement intégrées permettent aux chercheurs de poser des questions à des échelles taxonomiques, temporelles et spatiales qui seraient autrement impossibles."

     

    "Notre analyse confirme que la valeur du réseau GBIF est bien supérieure à la somme de ses composantes", a déclaré Josh Appleton-Miles de chez Deloitte Access Economics. "Agréger et standardiser les données sur la biodiversité au-delà des frontières nationales, et les rendre accessibles de manière ouverte fournit un dividende économique beaucoup plus important."

     

    Le rapport fournit une autre première : un calcul de la valeur monétaire du service de volontaires sur le réseau GBIF. Malgré le fait que seul sont reflétés un nombre limité des rôles dans lesquels les individus peuvent agir en tant que formateurs, traducteurs et réviseurs bénévoles, les estimations fixent la valeur annuelle de leurs efforts à 958 000 €, soit près du quart du budget de base du Secrétariat. Ces contributions volontaires en temps se sont avérées difficiles à saisir, puisque le personnel des nœuds participants du GBIF et des organisations partenaires ne l'ont souvent pas facturé ou enregistré.

     

    Des économies directes sur les coûts vont également dans l'autre direction. Le rapport révèle des exemples d’économies institutionnelles directes des coûts attribuables au GBIF pour ses nœuds et ses fournisseurs de données. Le Natural History Museum (Londres), estime que le GBIF permet des économies de plus de 500 000 € en évitant le coût associé à l'emploi de dix postes redondants. En parallèle, l'accès à l'infrastructure digitale de GBIF diminue à la fois les frais salariaux et les dépenses en capital du U.S. Geological Survey, siège du noeud GBIF des États-Unis, de presque 200 000 € par an.

     

    "En détaillant les nombreuses façons dont le GBIF génère de la valeur, ce rapport encouragera une adoption plus large et renforcera davantage les bénéfices que nous apportons à la science et à la société", mentionne Joe Miller, secrétaire général du GBIF. "Nous savions que nous amplifions l'impact de nos participants, fournisseurs de données et partenaires, mais l'analyse dans l'étude de Deloitte améliore grandement l'argument commercial du GBIF, pas seulement pour les pays membres, mais également pour ceux qui n'ont pas encore adhéré en tant que participants."

     

    À la lumière des limites du rapport actuel et des changements attendus dans l'impact du GBIF au fil du temps, le rapport conclut par des besoins potentiels en données et des approches alternatives pour de nouvelles études sur sa valeur scientifique et sociétale.

     

    • Mesures étendues sur les impacts directs s'appuyant sur les enquêtes réalisées pour ce rapport auprès des nœuds nationaux
    • Analyses thématiques de domaines de recherche à fort impact pour le flux entre les données du GBIF vers le savoir, comme la santé humaine (voir l'analyse récente sur le soutien de GBIF à la recherche sur les organismes sauvages et les maladies humaines)
    • Valeur de déduplication qui quantifie la réaffectation du temps entre la collecte de données provenant d'autres sources et une recherche plus productive
    • Analyse de la valeur de standardisation des données, qui "est difficile à quantifier, mais pourrait être dans l'ordre de milliards d'euros"

     


mardi 16 mai 2023

  • Appel à prestataires de services régionaux pour renforcer la communauté de pratique en Europe et en Asie centrale

    Opportunité ouverte aux personnes basées dans la région ayant une expérience GBIF substantielle dans la mobilisation et la publication de données.
    Date limite : 30 mai 2023

     

    Le secrétariat du GBIF recherche ds prestataires de services régionaux à temps partiel pour renforcer les capacités régionales en Europe et en Asie centrale (ECA). Ils étendront l'approche réussie en cours en Afrique subsaharienne, dans les Caraïbes et en Asie, où des équipes de soutien réparties aident à développer des communautés régionales de pratique engagées dans la mobilisation et l'utilisation des données par le biais du GBIF.

    Ces équipes complètent les efforts continus des gestionnaires de nœuds, des représentants régionaux et des formateurs et mentors bénévoles, pour soutenir les activités de sensibilisation, fournir un service d'assistance distribué et impliquer les individus et les institutions, en particulier dans les pays qui ne participent pas encore au réseau GBIF. Le développement d'équipes de soutien régionales répond aux recommandations de l'examen des vingt ans CODATA du GBIF visant à renforcer les nœuds en stabilisant et en étendant les réseaux régionaux.

    Les postes de l'ECA sont soutenus grâce aux généreuses contributions des participants au GBIF en Norvège et en Finlande à un fonds destiné à la communauté et aux capacités établi dans le cadre stratégique du GBIF 2023-27.

     

     

    Le rôle des prestataires de services régionaux

    Les nœuds GBIF de la ECA ont convenu d'une stratégie ciblant les principales lacunes dans la participation au GBIF, tant au niveau national qu'en termes d'engagement institutionnel et individuel dans la publication de données et l'utilisation des données fournies par le GBIF. L'équipe de soutien régional soutiendra la mise en œuvre continue de cette stratégie en se concentrant sur la sensibilisation et l'engagement au niveau individuel et institutionnel. Cela contribuera à combler les lacunes régionales en matière de données, en particulier en ce qui concerne l'Europe orientale, le Caucase, l'Asie centrale, les Balkans et la Méditerranée orientale. Ils aideront également à entretenir et à développer la communauté de pratique nécessaire pour soutenir la participation nationale au GBIF.

    Le GBIF a soutenu des activités de mobilisation de données dans le nord de l'Eurasie entre 2018 et 2022 avec des contributions et un leadership de la Finlande et de la Norvège, ce qui a jeté les bases pour faire avancer d'autres activités.

    Les prestataires de services d'appui régionaux contribueront à :

    • Disponibilité accrue des données sur la biodiversité régionale pour soutenir la science et la prise de décision<./li>
    • Renforcement des capacités régionales et du développement des compétences en matière de mobilisation et d'utilisation des données sur la biodiversité.
    • Collaboration institutionnelle et engagement régional accrus dans le réseau GBIF.

     

    L'objectif de ces postes est d'établir une autre équipe dédiée d'individus pour améliorer le travail du Secrétariat du GBIF grâce à leur présence et leur connaissance d'une région cible.

    Les prestataires travailleront en collaboration avec les nœuds de participants du GBIF et les représentants régionaux élus afin de renforcer la coordination de la participation régionale au GBIF.

     

     

    Portée des travaux sous contrat

    Les personnes sous contrat auront la responsabilité de fournir :

    1. Réunions de groupe régulières pour développer la communauté de pratique en engageant les nœuds participants et leurs équipes, la communauté de publication de données et les observateurs intéressés.
    2. Assistance technique en tant que principal point de contact technique pour la mobilisation des données régionales et les questions de qualité des données, en coordination avec les nœuds de participants GBIF concernés et l'équipe de production de données du secrétariat GBIF.
    3. Administration technique d'un IPT régional hébergé dans le cloud pour l'Europe et l'Asie centrale
    4. Prise en charge de la publication de données via l'IPT régional hébergé dans le cloud, y compris à partir de pays non membres de la région.
    5. En coordination avec le secrétariat du GBIF et les nœuds des participants au GBIF, soutien à l'engagement régional dans la mise à jour et le maintien des entrées pertinentes dans le Registre mondial des collections scientifiques (GRSciColl).
    6. Mentorat axé sur le soutien technique pour la mise en œuvre de plans de mobilisation de données au niveau institutionnel ou dans le cadre de projets financés dirigés par le GBIF ou des partenaires stratégiques
    7. Appui aux ateliers régionaux de renforcement des capacités et élaboration de supports de formation GBIF.
    8. En coordination avec les représentants régionaux du GBIF et les nœuds participants GBIF concernés, soutien au recrutement et à l'affectation de mentors appropriés et d'ambassadeurs des données ouvertes sur la biodiversité afin de renforcer la communauté de pratique.
    9. Encouragement de l'engagement à long terme des individus et des institutions de la région dans le réseau GBIF.
    10. Soutien au développement et à l'activation de réseaux professionnels autour des nœuds nationaux, promotion de l'interaction entre les nœuds et les acteurs scientifiques et politiques de la région, et soutien à l'engagement dans des activités thématiques dans la région.
    11. Recommandations sur le développement futur de la communauté de pratique, y compris l'identification des principaux besoins en capacités et des opportunités de formation.
    12. Recommandations sur le développement futur de la communauté de pratique, y compris l'identification des principaux besoins en capacités et des opportunités de formation

     

     

    Candidats éligibles

    Les appels seront ouverts aux contractants individuels ressortissants ou résidents à temps plein de l'un des pays éligibles de la région.

    Les candidatures de pays ou d'organisations qui participent déjà au GBIF doivent inclure une déclaration d'approbation du chef de délégation ou du gestionnaire de nœud du GBIF. Les coordonnées des représentants des pays et organisations participants au GBIF se trouvent dans l'onglet Participant des pages des pays ou dans la liste des participants au GBIF.

     

     

    Compétences et expérience requises

    Le contractant idéal aurait déjà une expérience substantielle dans la mobilisation et la publication de données via le GBIF, en particulier à partir de collections biologiques, et une solide connaissance pratique :

     

    Autres compétences requises

    • La maîtrise de l'anglais est requise car c'est la langue de travail du Secrétariat. Des compétences linguistiques supplémentaires seront considérées comme un avantage.
    • Connaissance du réseau GBIF.
    • Solides compétences en communication et capacité à fournir des conseils clairs, par exemple, sur des questions techniques liées à la publication de données.
    • La capacité à travailler de manière autonome et en équipe.

     

    De plus, les compétences suivantes seront considérées comme bénéfiques pour mener à bien le travail défini de manière efficace :

    • Connaissance ou expérience de travail avec au moins une des sous-régions prioritaires ciblant les importantes lacunes restantes dans la participation au GBIF, à savoir : les Balkans et la Méditerranée orientale, l'Europe de l'Est, le Caucase du Sud et l'Asie centrale.
    • Compétences de base en gestion de projet, par exemple avoir livré avec succès des projets financés.
    • Expérience en formation ou en mentorat.
    • Expérience dans la mise en place et/ou la mise à jour d'un IPT.
    • Expérience en traitement de données, travail avec des bases de données relationnelles.
    • Compréhension de base des services Web JSON et de leur utilisation.
    • Connaissance de R ou Python et des API.
    • Mobilisation de données dérivées de l'ADN, par exemple projets de métabarcodage et eDNA.

     

     

    Calendrier et engagements temporels

    Nous nous attendons à ce que le travail sous contrat soit de 50 % équivalent temps plein sur la durée du contrat. La majorité des heures de travail allouées au contrat doivent être comprises dans les heures de travail normales pour la région et le Danemark, où se trouve le secrétariat du GBIF.

    Si le travail doit être effectué parallèlement à un autre rôle, nous exigerons une confirmation écrite de l'autre employeur du candidat qu'il est au courant des heures supplémentaires engagées dans le cadre de ce contrat.

    Le taux ETP pour une période contractuelle de 12 mois sur la base de 40 heures par semaine est de 45 000 EUR pour la durée du contrat.

    La date limite de soumission des propositions est le 30 mai 2023 à 23h59 UTC.

    Les contrats débuteront dès le mois d'août 2023 et s'étaleront sur une période initiale d'un (1) an..

     

     

    Procédure de candidature

    Les candidatures doivent être soumises en anglais via le portail des subventions GBIF avant le 30 mai 2023 à 23h59 UTC.

    Lorsque vous remplissez votre formulaire de candidature sur le portail des subventions GBIF, vous devez télécharger :

    • Un CV complet pour la personne soumettant la candidature
    • FPour les candidatures de pays ou d'organisations qui participent déjà au GBIF, une déclaration d'approbation du chef de délégation ou du gestionnaire de nœud du GBIF. Cela peut prendre la forme d'une lettre indiquant au minimum que le chef de délégation ou le gestionnaire de nœud a connaissance de la candidature et qu'elle semble relever du champ d'application de l'appel.

     

    Si la personne sélectionnée est actuellement employée, une lettre d'appui de votre employeur ou de l'établissement d'accueil sera requise.

    Les questions sur la procédure de candidature peuvent être adressées à ECA_support@gbif.org.

     

     

    À propos du portail des subventions GBIF

    Nous recommandons fortement aux candidats de créer un compte sur le portail des subventions GBIF dès que possible, car le processus de vérification de compte peut prendre jusqu'à deux jours ouvrables.

    Notez que si vous avez déjà un compte sur le portail des subventions GBIF, vous devez utiliser vos informations de connexion existantes. Vous ne devez pas créer un nouveau compte pour postuler à cet appel.

    Si vous devez créer un compte sur le portail des subventions GBIF et que vous n'êtes actuellement affilié à aucune organisation :

    • Allez sur le portail des subventions GBIF et cliquez sur « créer un compte maintenant ».
    • Choisissez « oui » lorsqu'on vous demande si vous représentez ou êtes affilié à une organisation ou à une institution.
    • Remplissez le formulaire en indiquant vos coordonnées principales.
    • Dans la section Informations sur l'organisation, indiquez ce qui suit sous le nom de l'organisation : « Votre prénom-votre nom de famille-Consultant » puis reproduisez les informations fournies dans la section « Coordonnées principales » du formulaire.

     

     

    Processus de sélection

    Un comité de sélection impliquera le personnel du secrétariat du GBIF et le sous-comité régional Europe et Asie centrale du comité des gestionnaires des nœuds participants du GBIF.

    Les demandes seront examinées afin de s'assurer qu'elles répondent aux critères généraux d'admissibilité. Ceux qui réussissent ces tests seront notés selon les critères de sélection suivants :

    • Démonstration des compétences requises
    • Expérience antérieure pertinente
    • Appréciation de la tâche
    • Potentiel d'impact durable sur la capacité au sein de la région

     

    Le comité de sélection évaluera ensuite les notes conceptuelles en fonction de la notation. Le comité peut également tenir compte des critères suivants pour s'assurer que la sélection finale comprend un équilibre entre :

    • Répartition géographique des candidats dans la région
    • Compétences linguistiques dans la région
    • Ensemble de compétences complémentaires dans la région, par exemple équilibre entre compétences techniques et compétences en gestion de projet

     

    Les candidats présélectionnés seront invités à un entretien en juin 2023. Les candidats devront démontrer leurs compétences en mobilisation de données à travers un exercice pratique.

     

     

    Pays et zones éligibles

    • Albanie
    • Allemagne
    • Andorre
    • Armenie
    • Autriche
    • Azerbaïdjan
    • Biélorussie
    • Belgque
    • Bosnie Herzegovine
    • Bulgarie
    • Croatie
    • Chypre
    • Tchéquie
    • Danemark
    • Espagne
    • Estonie
    • Îles Féroé
    • Finlande
    • France
    • Georgie
    • Gibraltar
    • Grèce
    • Guernesey
    • Hongrie
    • Îles Åland
    • Île de Man
    • Irlande
    • Islande
    • Israël
    • Italie
    • Jersey
    • Kazakhstan
    • Kosovo
    • Kirghizistan
    • Lettonie
    • Liechtenstein
    • Lituanie
    • Luxembourg
    • Macédoine du Nord
    • Malte
    • Moldavie
    • Monaco
    • Monténégro
    • Norvège
    • Pays-Bas
    • Pologne
    • Portugal
    • Roumanie
    • Saint-Siège
    • Saint Marin
    • Serbie
    • Slovaquie
    • Slovénie
    • Svalbard et Jan Mayen
    • Suède
    • Suisse
    • Tadjikistan
    • Turquie
    • Turkménistan
    • Ukraine
    • Royaume-Uni
    • Ouzbékistan

     

    Note spéciale sur la Fédération de Russie

    En réponse à la guerre en Ukraine, le Comité exécutif du GBIF a demandé au Secrétariat d'annuler indéfiniment tous les voyages, contrats et nouvelles activités impliquant des transactions financières avec des institutions russes.

    Les candidatures peuvent provenir de ressortissants russes qui ne sont plus situés en Russie et non affiliés à une institution russe..

    Nous n'accepterons pas les candidatures de personnes encore situées en Russie ou/et affiliées à des institutions russes.


     

    Orchidée abeille (Ophrys apifera), observée en Angleterre, Photo par Barbara van Cleve via iNaturalist Research-grade Observations, sous license CC BY-NC 4.0.

     

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lundi 15 mai 2023

  • Prolongation > Deuxième appel à data papers décrivant des ensembles de données sur les vecteurs de maladies humaines

     

    TDR, GigaScience Press et GBIF renouvellent leur partenariat pour un numéro spécial de revue axé sur la publication de nouveaux ensembles de données présentant des données sur la biodiversité pour la recherche sur les vecteurs de maladies humaines.
    Date limite : 30 juin 2023

     

    TDR, le programme spécial de recherche et de formation sur les maladies tropicales hébergé à l'Organisation mondiale de la santé, GigaScience Press et GBIF ont annoncé un deuxième appel aux auteurs pour soumettre des articles de data papers sur les vecteurs de maladies humaines à inclure dans une série thématique publiée dans GigaByte Journal.

    Cet appel s'appuie sur la première partie de la série, qui a mobilisé plus de 500 000 enregistrements d'occurrences et 675 000 événements d'échantillonnage dans plus de 50 pays.

    Les maladies à transmission vectorielle représentent environ un quart de toutes les maladies infectieuses. Bien qu'il y ait eu des progrès significatifs pour le paludisme, avec une diminution récente des taux de morbidité et de mortalité dus au paludisme, ces progrès s'arrêtent actuellement. D'autres maladies, telles que celles causées par les arbovirus comme la dengue, le chikungunya, la fièvre jaune et plus récemment le Zika, se développent, avec un nombre accru de cas et de décès.

    La nécessité de développer de nouvelles stratégies, approches et outils de lutte antivectorielle a été reconnue dans le cadre de la Réponse mondiale à la lutte antivectorielle approuvée par l'Assemblée mondiale de la Santé en 2017.. L'un des objectifs mutuellement convenus entre le GBIF et le TDR est de travailler sur un référentiel de données relatives aux vecteurs et de soutenir la conception et l'identification des sources et des contacts pour les campagnes de mobilisation de données afin d'améliorer la couverture des données pour aider la recherche sur la santé humaine. Dans le cadre de cette collaboration, GigaByte soutiendra un second numéro sur les data papers sur les vecteurs.

    Les data papers soumis doivent décrire les ensembles de données avec les critères suivants :

    L'appel à manuscrits sera ouvert jusqu'au 30 juin 2023.

    Les frais de traitement d'article seront supprimés pour 15 articles, à condition que les publications soient acceptées et répondent aux critères ci-dessus.

    Instructions pour les auteurs

    Nous recommandons aux auteurs de commencer par préparer le jeu de données et de le publier via GBIF.org avant de passer à la rédaction et à l'édition de manuscrits.

    Le manuscrit doit être préparé en anglais et soumis conformément aux instructions de GigaByte aux auteurs.

    Les auteurs peuvent contribuer à plus d'un manuscrit, et les publications de données peuvent soutenir et être publiées parallèlement aux publications d'analyse traditionnelles, mais le travail et la publication de données décrits doivent être autonomes et se justifier en ajoutant de la valeur.

    GigaBytepubliera une deuxième phase de son numéro spécial comprenant les articles sélectionnés en 2023. La revue est actuellement indexée dans Pubmed, PubMed Central, le Directory of Open Access Journals (DOAJ), CNKI et JGate et est finaliste pour les ALPSP Awards 2022 pour l'innovation dans l'édition.

    Les manuscrits et les ensembles de données seront soumis à un processus d'examen par les pairs ouvert et transparent, y compris l'audit et la conservation des données par l'équipe de données de GigaScience Press. Pour en savoir plus sur la publication de données, consultez le Guide rapide pour publier des data papers via GBIF.org, le Guide rapide pour publier des données via GBIF.org et les instructions de soumission GigaByte. Les articles de GigaByte Data Release ont un format simple et facile à écrire, aet les auteurs peuvent faire leurs soumissions en utilisant des fichiers Microsoft Word (DOC, DOCX), PDF et TeX/LaTeX (voir le modèle au verso .) Pour des exemples supplémentaires de ce que le produit final peut ressembler à voir aussi la première série d'articles.

    La nouvelle plate-forme de publication XML de bout en bout de GigaByte signifie que la publication peut être effectuée de manière plus rapide et plus rentable, mieux conçue pour ces objets de recherche plus granulaires qui ne nécessitent pas un véhicule aussi laborieux et détaillé pour le partage. . Cela permet également une interactivité supplémentaire et nous pouvons travailler avec les auteurs pour intégrer des cartes, des plugins de données vidéo et d'imagerie et d'autres outils pertinents pour visualiser les données et les résultats dans les publications finales. Veuillez discuter avec les éditeurs si vous avez un contenu dynamique que vous souhaitez mettre en évidence.

    Pour toute question, veuillez contacter Scott Edmunds, rédacteur en chef de la série thématique chez GigaByte, ou health@gbif.org.

    Définition des termes

    • Jeux de données pertinents pour la recherche sur les vecteurs de maladies humaines à transmission vectorielle
      Cet appel sponsorisé à data papers est axé sur la thématique des vecteurs de maladies humaines à transmission vectorielle. Les auteurs peuvent préparer des data papers décrivant des jeux de données, de listes de contrôle, d'occurrences ou d'échantillonnage ; cet article de blog aidera les auteurs à déterminer quelle classe de jeux de données est la plus appropriée. Les données sur les agents pathogènes (virus, bactéries et parasites) peuvent être publiées en tant qu'attributs des données vectorielles sur le champ associatedOccurrences dans les jeux de données d'occurrences et d'échantillonnage. Aucune donnée humaine ne peut être incluse dans les jeux de données. Voir des exemples de jeux de données de listes de contrôle, d'occurrences, et d'échantillonnages de jeux de données.
    • Jeux de données avec plus de 5 000 enregistrements qui sont nouveaux sur GBIF.org
      Le seuil minimum de 5 000 enregistrements d'occurrences n'est qu'un nombre indicatif, et non l'objectif de publier un jeu de données qui est coupé pour être juste au-dessus de la limite à franchir. Les données doivent être nouvelles sur GBIF.org en 2022-23, fournissant des données et des métadonnées de haute qualité. Les jeux de données de la liste de contrôle et d'échantillonnage inférieurs au seuil seront considérés comme éligibles sur la base de leur valeur exceptionnelle et traités au cas par cas par l'éditeur. Unités minimales publiables, édition salami et les articles sur les versions de jeux de données sont déconseillés : les jeux de données doivent être publiés dans leur état d'origine, non rogné. De nombreux jeux de données sont, par nature, dynamiques, et tandis qu'un data papers promeut et décrit le jeu de données dans son état actuel au moment de la soumission, le lien du jeu de données peut et souvent se résoudra à la ressource en ligne en évolution. Par conséquent, un data papers devrait idéalement être rédigé de manière à servir de citation bibliographique, de vitrine et de « source » durable pour le jeu de données. Tous les jeux de données contenant des données de support supplémentaires non adaptées au GBIF seront conservés et hébergés dans le référentiel GigaScience Press GigaDB ou dans d'autres référentiels spécifiques à un domaine.
    • Jeux de données avec des données et des métadonnées de haute qualité
      Les auteurs doivent commencer par publier un jeu de données comprenant des données et des métadonnées qui répondent auxs exigences de qualité des données du GBIF. Cet effort impliquera de travailler sur une installation du GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT). Si l'archive Darwin Core est construite ailleurs, l'utilisation du validateur de données GBIF est recommandée avant la publication des données.

     

    Moustique domestique commun (Culex pipiens), observé en Suède. Photo © 2022 Carl A. Andersson via Artportalen

     

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mardi 11 avril 2023

  • La France devient le 2e pays contributeur du système mondial d’information sur la biodiversité

    La France transmet au GBIF 140 millions de données sur ses territoires, dont 85% sont issues de l’INPN.

    Le GBIF (Global Biodiversity Information Facility, ou Système mondial d'information sur la biodiversité) est un réseau international dont le but est de mettre à disposition le maximum de données primaires sur la biodiversité via le portail www.gbif.org, de façon libre et gratuite.

    L’INPN (plateforme nationale du Système d’information de l’inventaire du patrimoine naturel (SINP) contribue au GBIF depuis plusieurs années, en partageant au niveau international les données d’occurrences d’espèces rassemblées par les producteurs de données français sur le territoire national, métropole et outre-mer inclus. Ces données d’observation d’espèces, accessibles sur OpenObs, sont transmises par les partenaires (associations naturalistes, bureaux d’études environnementales, services de l'État...), que ce soit au niveau régional grâce au travail des plateformes régionales du SINP et de leurs réseaux, mais également grâce aux réseaux de production nationaux.

    Début 2023, plusieurs envois de données agrégées par l’INPN ont permis à la France d’accéder à la 2e place des pays contributeurs du GBIF ; ces données, diffusées par flux automatisé utilisant les services web GBIF, représentent 85% des 139,9 millions d’occurrences d’espèces partagées sur les territoires français par plusieurs centaines de producteurs.

    Depuis 2022, les contributions de l’INPN vers le GBIF sont marquées par l’ajout des données provenant des études d’impacts environnementaux et des projets d’aménagements concernés par le dispositif DEPOBIO, qui gère le dépôt légal des données brutes de biodiversité issues du secteur privé. Cela représente plusieurs milliers de nouveaux jeux de données sur tous les territoires français, qui viennent enrichir la connaissance des espèces au niveau national et international.

    Toutes ces données sont librement accessibles et contribuent à la production de nouvelles études scientifiques ainsi qu’à l’appui aux politiques publiques : suivi des espèces envahissantes et des zoonoses, identification des zones à protéger en priorité, étude de la répartition et de la migration des espèces, etc. L’utilisation des données mises en ligne sur GBIF.org est compilée chaque année dans la revue scientifique du GBIF.

     

    En savoir plus

     

    Photo : Fritillaire pintade (Fritillaria meleagris)© Éric Sansault (ANEPE Caudalis) / INPN


vendredi 24 février 2023

  • Le groupe de travail renouvelé vise de nouvelles avancées pour les données sur la biodiversité liées aux maladies humaines

    Le rapport final du premier trimestre décrit les améliorations dans la découverte, l'accès et l'utilisation des données sur les hôtes sauvages, les vecteurs et les réservoirs de maladies humaines

     

    Le comité scientifique du GBIF a renouvelé un groupe de travail d'experts chargé d'aider le réseau à améliorer la découverte, l'accès et l'utilisation des données sur la biodiversité liées aux maladies humaines.

     

    Alors que le mandat du groupe de travail sur la mobilisation et l'utilisation des données sur la biodiversité pour la recherche et la politique sur les maladies humaines a gagné en importance à la lumière des origines zoonotiques de la pandémie de COVID-19, il trouve son origine dans le nombre croissant d'utilisations de la recherche évaluée par des pairs de données véhiculées par le GBIF liées à la santé humaine.

    En novembre 2022, la dernière présidente du premier groupe de travail, Paloma Shimabukuro, a soumis un rapport sur les réalisations du groupe qui décrivait des progrès significatifs vers un ensemble de six objectifs. En plus d'affiner les messages pour soutenir les campagnes de mobilisation de données et de promouvoir l'utilisation et la conservation des données médiées par le GBIF, les membres du groupe de travail ont proposé des recommandations d'experts pour clarifier comment et où des données plus nombreuses et de meilleure qualité pourraient améliorer la recherche liée aux zoonoses et aux maladies à transmission vectorielle chez l'homme.

    La réalisation la plus visible du groupe à ce jour est centrée sur la mobilisation d e plus de 500 000 nouvelles occurrences de vecteurs publiées dans une série spéciale de data papers "Data Release" dans la revue GigaByte. Son succès a été tel que le secrétariat du GBIF et le programme spécial de recherche et de formation sur les maladies tropicales de l'Organisation mondiale de la santé (TDR) ont rapidement annoncé un deuxième data papers sur les données liées aux vecteurs, qui est désormais ouvert jusqu'au 30 avril 2023.

    « La première phase de ce groupe de travail a fourni des conseils pratiques pour améliorer l'exhaustivité, la pertinence et l'adéquation à l'utilisation des données sur la biodiversité sauvage partagées via le réseau GBIF qui est lié aux maladies humaines » a déclaré Quentin Groom, chercheur au Meise Botanic Gardenet président du groupe renouvelé. « Nous sommes ravis que le comité scientifique reconnaisse la valeur de ce travail et nous encourage à continuer à en tirer parti. »

    L'une des principales sources d'opportunités pour le réseau GBIF de s'engager dans des domaines liés aux maladies provient du mouvement croissant "One Health", une approche intégrative qui reconnaît les liens intimes entre la santé et le bien-être des humains, des animaux et des écosystèmes. Alors que d'autres infrastructures continueront à fournir un accès aux données épidémiologiques et vétérinaires liées aux maladies humaines, le GBIF vise à soutenir les communautés One Health en garantissant la disponibilité de données à l'échelle mondiale sur les espèces sauvages liées aux risques de maladies humaines et aux menaces pour la santé publique.

    « Les liens fondamentaux entre les humains, les animaux et les écosystèmes dans notre vie quotidienne rendent absolument critique une utilisation plus large des preuves de la biodiversité dans le cadre de l'approche One Health » a déclaré Catherine Machalaba, scientifique principale pour la santé et la politique à EcoHealth Alliance. « Les données du réseau GBIF aident les chercheurs et les praticiens à mieux comprendre, surveiller et prendre des mesures pour réduire le risque de maladie tout en montrant l'utilité pratique d'intégrer le secteur de l'environnement dans des collaborations multisectorielles One Health. »

    En plus d'accueillir le Dr Josiane Etang du Cameroun au sein du groupe de travail, le Secrétariat souhaite exprimer sa gratitude et son appréciation pour les contributions de deux membres sortants, le Dr Luna Kamau du Kenya et le Dr Thomas Orrell et le Dr Carlos Zambrana-Torrelio, tous deux des États-Unis.

    Mandat : Groupe de travail sur les maladies humaines, v2.0


    Membres du groupe de travail

    Nom Organisation Pays
    Quentin Groom, président Jardin botanique de Meise Belgique
    Theeraphap Chareonviriyaphap Département d'entomologie, Faculté d'agriculture, Université de Kasetsart Thaïlande
    Josiane Etang Organisation de Coordination pour la lutte contre les endémies en Afrique centrale (OCEAC) / Faculté de médecine et des sciences pharmaceutiques (FMPS), Université de Douala Cameroun
    Florence Fouque TDR/Organisation mondiale de la santé Suisse
    Sylvie Manguin Institut de recherche pour le développement (IRD) France
    Paloma Helena Fernandes Shimabukuro Instituto René Rachou, Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ) Brésil
    Marianne Sinka Laboratoire d'écologie à long terme d'Oxford, Université d'Oxford Royaume-Uni
    Dmitry Schigel Secrétariat du GBIF Danemark
    Kate Ingenloff Secrétariat du GBIF Danemark

     

    Le moustique Aedes scapularis observé au Brésil. Photo 2022 César Favacho via iNaturalist Research-grade Observations sous licence >CC BY NC

     

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  • Partagez votre terre : Appel à Data papers décrivant des jeux de données sur la biodiversité des sols

    Le GBIF poursuit son partenariat avec FinBIF et Pensoft pour soutenir la publication de nouveaux ensembles de données sur les organismes dont les cycles de vie dépendent du sol
    Date limite : 22 septembre 2023

     

    En collaboration avec le Finnish Biodiversity Information Facility (FinBIF) et Pensoft Publishers, le GBIF a annoncé un nouvel appel aux auteurs pour qu'ils soumettent et publient des data papers sur la biodiversité des sols dans une collection spéciale du Biodiversity Data Journal (BDJ). L'appel s'appuie sur les efforts fructueux des partenaires pour mobiliser des données en 2020-2022.

    Jusqu'au 22 septembre 2023, Pensoft renoncera aux frais de traitement d'article (normalement 650 €) pour les 40 premiers manuscrits de data papers acceptés qui répondent aux critères suivants pour décrire un jeu de données :

    Voir la définition complète de ces termes ci-dessous.

    Instructions détaillées

    Les auteurs doivent préparer le manuscrit en anglais et le soumettre conformément aux instructions de BDJ aux auteurs avant le 22 septembre 2023. Les soumissions tardives ne seront pas éligibles aux dérogations APC.

    Le parrainage est limité aux 40 premières soumissions acceptées répondant à ces critères selon le principe du premier arrivé, premier servi. L'appel à candidatures peut donc se clôturer avant la date limite du 22 septembre 2023. Les auteurs peuvent contribuer à plus d'un manuscrit, mais la division artificielle des données logiquement uniformes et des récits de données, ou « publication salami », n'est pas autorisée.

    BDJ publiera un numéro spécial comprenant les articles sélectionnés. La revue est indexée par Web of Science (Impact Factor 1.54) et Scopus (CiteScore : 1.8).

    Pour les locuteurs non natifs, veuillez vous assurer que votre anglais est vérifié soit par des locuteurs natifs, soit par des éditeurs professionnels de langue anglaise avant la soumission. Vous pouvez créditer ces personnes en tant que « Contributeur » via l'interface ARPHA Writing Tool (AWT). Les contributeurs ne sont pas répertoriés comme co-auteurs mais peuvent vous aider à améliorer vos manuscrits.

     

    En plus de l'instruction BDJ aux auteurs, les data papers doivent faire référence au jeu de données en :
    a) citant le DOI du jeu de données
    b) apparaissant dans la liste de références de l'article
    c) en incluant "Soil Biodiversity 2023" dans le Project Data: Title et "Soil-2023" dans Project Data: Identifier dans les métadonnées du jeu de données.

     

    Les auteurs doivent explorer la section GBIF.org sur les data papers et les stratégies et directives pour la publication scientifique de données sur la biodiversité. Les manuscrits et les jeux de données seront soumis à un processus standard d'examen par les pairs. Lors de la soumission d'un manuscrit à BDJ, les auteurs sont priés d'assigner à leur manuscrit Topical Collection: Soil biodiversity à l'étape 3 du processus de soumission. Pour lancer la soumission du manuscrit, n'oubliez pas d'appuyer sur le bouton Submit to the journal.

    Pour voir un exemple, consultez ce jeu de données sur GBIF.org et le data paper correspondant publié par le BDJ.

    Les questions peuvent être adressées soit à Dmitry Schigel, responsable scientifique du GBIF, soit à Yasen Mutafchiev, rédacteur en chef du BDJ.

     

    Ce projet s'inscrit dans la continuité des data papers réussis en 2020-2022. Les articles sponsorisés seront disponibles dans une collection spéciale du BDJ, et les jeux de données correspondants seront affichés sur la page du projet sur GBIF.org.

     

    Définition des termes

    Jeux de données avec plus de 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org

    Les jeux de données doivent contenir au minimum 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org. Bien que l'accent soit mis sur les enregistrements supplémentaires sur la biodiversité des sols, les enregistrements déjà publiés dans GBIF peuvent répondre aux critères de "nouveaux" s'ils sont substantiellement améliorés, notamment par l'ajout de lieux géoréférencés. La réduction artificielle d'enregistrements provenant de jeux de données par ailleurs uniformes au minimum nécessaire ("publication salami") est déconseillée et peut entraîner le rejet du manuscrit. Les nouvelles soumissions décrivant des mises à jour de jeux de données déjà présentées dans des documents de données publiés antérieurement ne seront pas parrainées. La justification de la publication de jeux de données comportant moins d'enregistrements (par exemple, des jeux de données d'échantillonnage, des données basées sur des séquences, des listes de contrôle avec des espèces endémiques, etc.

    De nombreuses recherches sur la biodiversité des sols sont menées à l'aide de méthodes d'ADN environnemental (eDNA) et de métabarcodage, et nous accueillons les soumissions non seulement basées non seulement sur la morphologie, mais aussi sur les détections et les identifications basées sur l'ADN. Les jeux de données basés sur le métabarcodage eDNA contiennent généralement des millions de lectures de séquences, chaque enregistrement de présence étant souvent représenté par des milliers de lectures. Par conséquent, un jeu de données avec plus de 5 000 lectures de séquences ne rend pas un data paper éligible au parrainage, mais un data paper basé sur un jeu de données avec plus de 5 000 occurrences de présence uniques sur un certain nombre d'échantillons peut être éligible. Dans de telles études, le nombre d'espèces (OTU/ASV), le nombre d'échantillons, le nombre d'événements d'échantillonnage peuvent varier considérablement, et la conception de votre étude dicte la meilleure façon de capturer ces spécificités.

    Dans le même temps, comme mentionné ci-dessus, les auteurs sont censés publier cela dans leur forme la plus complète, avec autant d'échantillons et d'espèces/taxons de la même étude que possible. Notez que si les jeux de données dérivés de l'ADN basés uniquement sur la qPCR (sans séquençage) sont également éligibles, les auteurs sont encouragés à publier les enregistrements de présence et d'absence dans les jeux de données qPCR. Dans de tels cas, seul le nombre de présences sera pris en compte pour l'éligibilité au parrainage, et le même principe s'applique à tous les jeux de données d'événements d'échantillonnage.
    Pour plus de détails sur la préparation des données, voir le guide Publication de données dérivées de l'ADN via des plateformes de données sur la biodiversité.

     

    Jeux de données avec des données et des métadonnées de haute qualité

    Les auteurs doivent commencer par publier un jeu de données composé de données et de métadonnées qui répondent aux exigences de qualité des données énoncées par le GBIF. Cet effort impliquera de travailler sur une installation du GBIF Integrated Publishing Toolkit. BDJ effectuera son audit de données standard et son examen technique. Tous les jeux de données doivent réussir l'audit des données avant qu'un manuscrit ne soit transmis pour examen par les pairs.

    Ce n'est que lorsque le jeu de données est préparé que les auteurs doivent alors se tourner vers le travail sur le texte du manuscrit. Les métadonnées étendues que vous entrez dans l'IPT lors de la description de votre jeu de données peuvent être converties en manuscrit d'un simple clic sur un bouton dans l'AWT (voir également Creation and Publication of Data Papers from Ecological Metadata Language (EML) Metadata. Les auteurs peuvent ensuite compléter, éditer et soumettre les manuscrits au BDJ pour examen.

     

    Jeux de données couvrant la biodiversité des sols

    Conformément aux priorités de financement de cet appel, au moins 80 % des enregistrements d'un jeu de données doivent contenir des enregistrements sur la biodiversité des sols. Ces espèces/taxons sont généralement définis comme passant au moins une étape de leur cycle de vie dans le sol. D'autres associations avec le sol (telles que des liens trophiques, un abri temporaire au lieu d'un habitat permanent) seront examinées par les éditeurs de traitement au cas par cas.

     

    Le collembole Dicyrtomina ornata observé en France. Photo 2022 Alexis Lours via iNaturalist Research-grade Observations sous licence >CC BY 4.0

     

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lundi 6 février 2023

  • Le défi Ebbe Nielsen 2023 recherche des innovations de données ouvertes pour la biodiversité

    Appel à candidatures pour les soumissions en lice pour 20 000 € en prix du concours incitatif annuel.
    Date limite : 22 août 2023

     

    Le Défi Ebbe Nielsen 2023 a ouvert ses portes dans le but de reconnaître les innovations qui exploitent les données et les outils de biodiversité du réseau GBIF pour faire progresser la science ouverte. Un jury d'experts jugera les candidatures en fonction de leur ouverture et de leur répétabilité, de leur pertinence et de leur nouveauté et présentera un groupe de gagnants sélectionnés avec un total allant jusqu'à 20 000 € de prix.

    D'ici le 22 août 2023, les individus et les équipes peuvent préparer des outils et des techniques qui améliorent l'accès, l'utilité et la qualité des données ouvertes sur la biodiversité et les soumettre à ce concours incitatif annuel à composition non limitée.

    Les candidatures au défi peuvent prendre plusieurs formes, car les participants peuvent choisir de développer de nouvelles applications, visualisations, méthodes, flux de travail ou analyses, en utilisant souvent (mais pas toujours) l'API GBIF pour accéder aux données. Les candidatures peuvent également s'appuyer sur ou étendre les capacités des outils et fonctionnalités existants disponibles sur le réseau GBIF. Nous encourageons les participants à examiner les gagnants précédents ainsi que les entrées gagnantes précédentes pour des idées, des problèmes ou des approches que vous pourriez souhaiter poursuivre.

    Les entrées doivent bénéficier à plusieurs groupes de parties prenantes, y compris les utilisateurs de données, les détenteurs de données et les gestionnaires de données. Les participants peuvent également consulter la stratégie de communication du GBIF pour voir comment le GBIF caractérise son public.

    Les gagnants seront annoncés en octobre 2023 lors de la 30e réunion du conseil d'administration du GBIF à Canberra, en Australie.

    Le Challenge honore la mémoire du Dr Ebbe Schmidt Nielsen, un leader inspirant dans les domaines de la biosystématique et de l'informatique de la biodiversité et l'un des principaux fondateurs du GBIF, décédé subitement juste avant sa création.

     

    Règlement officiel : 2023 GBIF Ebbe Nielsen Challenge
    Formulaire d'inscription : 2023 GBIF Ebbe Nielsen Challenge

     

    Le résumé suivant des règles et des exigences ne remplace ni ne remplace les règles officielles.
    Envoyez vos questions ou demandes de clarifications à ENChallenge@gbif.org.

     

    Date limite de soumission

    • 22 août 2023, 2359 heure d'été d'Europe centrale (UTC+2)

     

    Admissibilité

    Le Challenge est ouvert aux individus, aux équipes d'individus, aux entreprises et à leurs employés, ainsi qu'aux agences gouvernementales et à leurs employés.

    Le Challenge n'est pas ouvert aux :

    • Membres actuels du personnel du secrétariat du GBIF
    • Individus sous-traitant actuellement directement avec le Secrétariat du GBIF
    • Membres du comité scientifique du GBIF
    • Chefs de délégation au GBIF

     

    Conditions de candidature

    Les participants doivent remplir le formulaire d'inscription, qui fournit des informations sur l'inscription, notamment :

    • Nom/titre de la candidature
    • Noms et affiliations des membres de l'équipe
    • Résumé et justification
    • Mode d'emploi
    • Lien vers des visuels (prototype, démo, vidéo, copies d'écran, diapositives, etc.)
    • Lien(s) vers les documents de soumission sur tout site Web ou référentiel approprié

     

    Les juges et le personnel du secrétariat du GBIF doivent pouvoir :

    • accéder et exploiter ou réviser la soumission sans frais
    • l'utiliser sur du matériel facilement disponible (si la soumission est une application autonome)
    • répéter tous les processus ou routines, si la soumission est un script ou une autre solution automatisée

     

    Les participants peuvent préparer et documenter leurs contributions sur un référentiel ou une plate-forme de leur choix : GitHub, Jupyter Notebook, <Dryad, FigShare, Open Science Framework ou leur propre site web.

    n encourageant les participants à utiliser des outils avec lesquels ils sont déjà familiers et à l'aise, nous espérons que toute personne intéressée à soumettre pourra se concentrer sur les questions de quoi, pourquoi et comment :

    • quelle est la soumission
    • pourquoi il est important pour les communautés GBIF qu'il est destiné à servir
    • comment ça fonctionne

     

    Que faut-il créer ?

    Le défi Ebbe Nielsen 2023 est délibérément ouvert, de sorte que les participants ont un large mandat pour créer des outils et des techniques qui font progresser la science ouverte et améliorent l'accès, l'utilité ou la qualité des données fournies par le GBIF. Les soumissions de défi peuvent être de nouvelles applications, méthodes de visualisation, flux de travail ou analyses, ou elles s'appuient sur et étendent des outils et fonctionnalités existants.

    On s'attend à ce que les candidatures retenues fournissent des solutions pratiques et pragmatiques pour le réseau GBIF tout en faisant progresser l'informatique de la biodiversité et la gestion des données sur la biodiversité en relation avec le cadre stratégique du GBIF.

     

    Critères

    Un panel de juges experts des domaines scientifiques, informatiques et technologiques pertinents évaluera les soumissions en fonction des critères suivants :

    • Ouverture et répétabilité : les éléments constitutifs de la soumission, comme le code et le contenu, sont-ils librement disponibles et transparents ? Sont-ils dûment autorisés ?
    • Applicabilité : la soumission a-t-elle une pertinence et une portée suffisantes pour que les communautés soutenues par le GBIF puissent l'utiliser ou la construire ?
    • Nouveauté : une partie importante de la soumission a-t-elle été développée spécifiquement pour le défi ? Les soumissions basées en grande partie ou entièrement sur des travaux déjà publiés ne sont pas considérées comme des entrées éligibles.

     

    Gagnants des défis précédents et entrées

         
    2022 Gagnants  
    2021 Gagnants  
    2020 Gagnants  
    2019 Gagnants  
    2018 Gagnants  
    2016 Gagnants Toutes les entrées
    2015 Gagnants Toutes les entrées

     

     

    Illustration d'une limule japonaise Tachypleus tridentatus(Leach, 1819) de Fauna japonica v.1 Crustacea (1823-1830) via Biodiversity Heritage Library, aucun droit réservé sous licence CC0.

     

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  • Sessions pratiques du Club des utilisateurs de données (Data Use Club) : L'API et introduction à rgbif et pygbif

    L'API GBIF (Application Programming Interface) offre aux utilisateurs la possibilité d'effectuer un filtrage de données plus complexe que ce qui est disponible sur le site wWeb.

    Cette session vous donnera un aperçu de l'API GBIF et de la documentation qui l'accompagne. Nous présenterons également les packages clés R et Python et leurs fonctions associées qui permettent d'accéder aux données via l'API. La session s'adresse à ceux qui commencent tout juste à accéder aux données via ces canaux et à ceux qui souhaitent un rappel.

    La séance portera sur les éléments suivants :

    • Présentation de l'API GBIF
    • Présentation de rgbif
    • Présentation de pygbif

    Inscrivez-vous à l'événement

     

    Lieu : En ligne
    Date : 8 février 2023 - 15h-16h

     

    Illustration of Chilomycterus orbicularis (Bloch, 1785) from Venoms; venomous animals and antivenomous serum-therapeutics, London, J. Bale, sons & Danielsson, 1908. Digitization sponsored by Harvard University, Museum of Comparative Zoology, Ernst Mayr Library. Available via the Internet Archive Book Images.

     

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mercredi 25 janvier 2023

  • Appel à candidatures pour le prix GBIF 2023 pour les chercheurs diplômés

    Date limite de réception des candidatures des pays membres du GBIF pour les étudiants diplômés dont la recherche innovante s'appuie sur les données de la biodiversité : 19 juin 2023

     

    Au nom du réseau des participants nationaux, le secrétariat du GBIF est heureux d'inviter les candidatures pour le prix 2023 des chercheurs diplômés. Ce programme annuel vise à favoriser et à reconnaître la recherche et la découverte innovantes en informatique de la biodiversité par des étudiants diplômés dont les études de maîtrise et de doctorat reposent sur des données fournies par le GBIF.

    Le programme 2023 offrira une paire de prix de 5 000 € reconnaissant le travail de deux chercheurs en début de carrière - de préférence, un candidat à la maîtrise et un doctorant - qui reçoivent officiellement des nominations des chefs de délégation ou des gestionnaires de nœuds des pays participants au GBIF.

    Un jury organisé par le comité scientifique du GBIF sélectionnera deux lauréats parmi le groupe de candidats dont les noms auront été reçus par le secrétariat du GBIF d'ici19 juin 2023. Le secrétariat du GBIF annoncera les gagnants au début de l'automne 2023 et présentera les gagnants lors de la 30e réunion du conseil d'administration du GBIF (GB30) prévue à Canberra, Australie, en octobre 2023.

     

    Échéances nationales pour 2023

    Bien que la date limite de réception des candidatures au secrétariat du GBIF soit le 19 juin, les délais locaux s'appliquent !

    Le GBIF publiera d'autres dates limites nationales au fur et à mesure qu'il les recevra et publiera des notifications via le fil Twitter du GBIF en utilisant le hashtag #GradResearchers.

     

    Admissibilité

    Les candidats doivent fournir une lettre de soutien attestant de leur affiliation à un programme d'études supérieures universitaires pour être admissibles au prix. De plus, les candidats doivent être soit :

     

    a) citoyens d'un pays participant au GBIF
    or
    b) étudiants d'un établissement situé dans un pays participant au GBIF

     

    Les candidatures peuvent provenir de la délégation ou du nœud GBIF du pays de citoyenneté du candidat ou du pays de l'institution d'accueil du candidat.

     

    Processus de soumission et délais

    Les étudiants souhaitant être nommés doivent postuler auprès du chef de délégation ou du responsable de nœud d'un pays votant GBIF ou participant associé (voir la liste complète ). Les participants nationaux sont responsables d'établir leurs propres délais et processus de réception et de traitement des candidatures des étudiants. Par conséquent, les étudiants diplômés qui souhaitent être nommés doivent consulter les sites Web de leurs participants nationaux au GBIF ou contacter directement le chef de délégation ou le gestionnaire de nœud.

    Les propositions des étudiants sont d'abord examinées et classées par ordre de priorité au niveau national. Les nœuds nationaux du GBIF sont encouragés à travailler en étroite collaboration avec les communautés universitaires et les établissements d'enseignement supérieur de leurs pays et à contacter les programmes universitaires et les groupes de recherche concernés.

    Les chefs de délégation nationaux et/ou les gestionnaires de nœuds peuvent soumettre un maximum de deux candidats par pays au secrétariat du GBIF à gradresearchersaward@gbif.org avant la date limite de soumission : 19 juin 2023. Les chefs de délégation, en coopération avec les gestionnaires de nœuds, s'assureront que les soumissions sont complètes et incluent tous les éléments énumérés ci-dessous. Les soumissions de propositions incomplètes ne seront pas prises en considération.

     

    Dossier de nomination aux prix

    Les candidats doivent préparer leurs dossiers de proposition et de nomination pour inclure :

    1. Résumé de la recherche (200 mots)
    2. Description du projet (maximum 5 pages, Arial 12 points) décrivant :
      • a. Comment la recherche fait progresser l'informatique de la biodiversité et/ou la conservation de la diversité biologique.
      • b. Le rôle des données accessibles via le GBIF pour répondre à ces questions. Les propositions de recherche doivent clairement démontrer comment l'étude intègre les données mobilisées par le GBIF. Les étudiants ayant des questions sur les données activées par le GBIF doivent travailler avec des conseillers pédagogiques, leur nœud national GBIF, le secrétariat du GBIF ou des membres du comité scientifique pour approfondir leur compréhension.
      • c. La portée de la recherche, le plan, les méthodologies, les citations pertinentes de la littérature et le calendrier.
      • d. e cas échéant, une description ou un extrait d'un plan de gestion des données qui décrit comment les données liées à la recherche sont publiées ou seront préparées pour publication via le réseau GBIF sur GBIF.org.
    3. Curriculum vitae du candidat étudiant comprenant les coordonnées complètes de l'établissement d'origine.
    4. Pièces justificatives
      • a. Une lettre officielle du mentor / superviseur de la faculté de l'étudiant certifiant que le candidat est un étudiant en règle dans le programme d'études supérieures de l'université.
      • b. Au moins une et pas plus de trois lettres de soutien de chercheurs établis actifs dans un domaine qui englobe et intègre l'informatique de la biodiversité (par exemple, la génétique, la composition et les traits des espèces, la biogéographie, l'écologie, la systématique, et al.)

     

    Processus et critères de sélection

    Le comité scientifique du GBIF examinera les candidatures et sélectionnera les lauréats du prix des chercheurs diplômés.

    Les critères pour les récompenses comprennent :

    • Originalité et innovation
    • Utilisation et importance stratégique des données accessibles via le GBIF
    • Efficacité et impact mesurables dans l'avancement de l'informatique de la biodiversité et/ou la conservation de la diversité biologique

    Les lauréats doivent reconnaître le soutien du GBIF lorsqu'ils diffusent les résultats de la recherche via des publications évaluées par des pairs, des présentations lors de réunions professionnelles et d'autres médias.

     


    Sujets

     

    Illustration of Bolitaena pygmaea (A.E.Verrill, 1884) from Die Cephalopoden (1915) via Biodiversity Heritage Library , sous licence publique CC0


mardi 6 décembre 2022

  • COP-15 : Quinzième réunion des Parties à la Convention sur la diversité biologique

    La 15e réunion de la Conférence des Parties (COP-15) à la Convention sur la diversité biologique (CDB) abordera les questions liées à la mise en œuvre de la Convention et de ses Protocoles.
    L'objectif principal de la COP-15 est l'adoption du Cadre mondial de la biodiversité (GBF) post-2020.

    COP-15
    7-19 décembre 2022, Montréal, Canada

     

    La 15e réunion de la Conférence des Parties (COP-15) à la Convention sur la diversité biologique (CDB) abordera les questions liées à la mise en œuvre de la Convention et de ses Protocoles. L'objectif principal de la COP-15 est l'adoption du Cadre mondial de la biodiversité (GBF) post-2020.

     

    GBIF@COP-15

    Stand d'expositionPoints d'entréeMessages-clésÉvénements parallèles

     

    La Conférence des Nations Unies sur la biodiversité qui se tient à Montréal du 7 au 19 décembre 2022 est un événement marquant dans la réponse mondiale à la crise sans précédent à laquelle est confrontée la biodiversité et les contributions que la nature apporte au bien-être et à la survie des sociétés humaines.
     

    La mise en œuvre du cadre d'objectifs et de cibles à la COP-15 dépend de la disponibilité des meilleures données possibles, partagées et accessibles à toutes les nations, documentant la diversité de la vie sur Terre et son évolution.

    Tout en représentant le GBIF à la réunion de la COP-15 en tant qu'observateur à la Convention, la délégation du GBIF informera les Parties et les parties prenantes sur les outils et les solutions que notre réseau et notre infrastructure fournissent et comment ils soutiennent les besoins en données et en informations d'un ambitieux post-2020 Global Biodiversity Cadre.

     

    Stand d'exposition GBIF

    Rencontrez et rendez visite aux membres de la délégation GBIF à notre camp de base à Montréal : Kiosque #223 à l'exposition COP-15, salle 220ab, Palais des Congrès (le lieu principal de l'événement).

     

    Jeudi 8 décembre 2022, 18h15 (UTC-5)
    Assistez à l'événement parallèle organisé par le GBIF, Renforcement des capacités pour fournir des données ouvertes sur la biodiversité pour la recherche et les décisions à l'appui du Cadre mondial de la biodiversité : en personne, dans la salle de réunion SIDS 513C, Palais des Congrès, ou écoutez en ligne.

     

    Points d'entrée dans les projets de décisions de la COP-15

    Les décisions prises lors de la COP-15 fournissent des signaux qui peuvent grandement influencer la disponibilité de données librement accessibles pour soutenir les actions favorables à la nature dans les décennies à venir. Le texte négocié contient un certain nombre de points d'entrée qui offrent des possibilités d'envoyer de tels signaux à la communauté mondiale.

    Objectifs et cibles du Cadre mondial pour la biodiversité (point 9 de l'ordre du jour)

    • L'objectif 20 sur la disponibilité des données, des informations et des connaissances pour appuyer la prise de décision doit rester fortement axé sur les données et leur accessibilité, afin de stimuler les actions et les investissements futurs dans la mobilisation et l'accès aux données.
    • L'objectif 15 sur les impacts et les dépendances des entreprises sur la biodiversité doit mettre l'accent sur la divulgation transparente, pour stimuler le partage ouvert des données primaires sur la biodiversité générées et utilisées par le secteur privé.

    Le cadre de gestion des connaissances

    Un projet de décision au titre du point 13B de l'ordre du jour sur la gestion des connaissances, basé sur une recommandation de la troisième réunion de l'Organe subsidiaire de mise en œuvre (SBI3), offre plusieurs opportunités spécifiques pour renforcer la fourniture de données ouvertes sur la biodiversité :

    • Le paragraphe 6 demande instamment la mise en place de « réseaux d'observation de la biodiversité et d'installations d'information, soutenus par des politiques de partage de données, le renforcement des capacités et des orientations associées, pour étayer la génération des informations nécessaires à la mise en œuvre et au suivi des objectifs et des cibles de l'après-2020. cadre de la biodiversité ».
    • Le paragraphe 8 « prend note de/se félicite de l'initiative Data4Nature et invite par conséquent les Parties, les non-Parties, les agences de financement, les banques de développement et les autres parties prenantes concernées à prendre en compte la biodiversité lors de l'élaboration des évaluations d'impact environnemental et social et à partager les données sur la biodiversité issues des évaluations par le biais de le Système mondial d'information sur la biodiversité ».
    • Le paragraphe 15 (d) demande au Secrétaire exécutif « de poursuivre la collaboration avec les initiatives, organisations et réseaux pertinents soutenant la génération, la capture, la gestion et l'utilisation efficace des données, informations et connaissances liées à la biodiversité », y compris le GBIF, entre autres.

    Le cadre de suivi

    Une analyse commandée par le GBIF a confirmé la dépendance d'une série d'indicateurs de biodiversité sur les données primaires de biodiversité et a formulé des recommandations sur la manière dont ces données pourraient être utilisées de manière plus standardisée et transparente pour soutenir le suivi des objectifs et cibles de la CDB.

    Le projet de texte de décision relatif au point 9B de l'ordre du jour sur les cadres de suivi du cadre mondial de la biodiversité pour l'après-2020 devrait être renforcé pour souligner la nécessité d'investir dans les flux de données primaires ouvertes sur la biodiversité pour soutenir le suivi des objectifs et des cibles du GBF, en particulier au niveau national.

    Messages-clés pour la COP-15

    Le GBIF fournit une infrastructure essentielle et fiable pour mobiliser des données afin de soutenir la mise en œuvre du Cadre mondial de la biodiversité.

    Le GBIF dispose de matériels et de programmes bien établis pour renforcer la capacité à mobiliser et à utiliser les données sur la biodiversité pour la recherche et les décisions, aidant à créer des communautés de pratique et à développer les compétences nécessaires pour intensifier le partage et l'application des données dans toutes les régions.

    Le GBIF travaille avec les entreprises, le secteur financier et les banques multilatérales de développement pour soutenir le partage et l'utilisation des données ouvertes sur la biodiversité, en contribuant à la divulgation transparente des impacts et en comblant les lacunes en matière de données.

    • Nous participerons à un certain nombre d'événements liés aux entreprises lors de la COP15 et soulignerons les prochaines étapes de notre nitiative Data4Nature, ainsi que le renforcement des engagements de partage de données tels que ceux inclus dans les Principes de l'Équateur.

    Le GBIF est à la pointe des nouvelles technologies pour mobiliser et intégrer des données documentant la diversité de la vie sur Terre, y compris des données dérivées de l'ADN, la découverte taxonomique en temps réel et la conservation de l'Arbre de Vie.

    Le GBIF fournit une infrastructure et des services partagés qui réduisent les coûts et les efforts des gouvernements qui souhaitent mettre en place des systèmes nationaux d'information sur la biodiversité, notamment par le biais du mécanisme du centre d'échange de la CDB.

     

    Événements parallèles

    Le personnel de la délégation du GBIF participera et soutiendra plusieurs événements parallèles au cours de la COP-15, à la fois sur le site principal et hors site ailleurs à Montréal. Toutes les heures sont locales (heure normale de l'Est | UTC-5).

    Mercredi 7 décembre 2022

    • Global Knowledge Centre for Biodiversity : un service pour soutenir la mise en œuvre par les Parties et les parties prenantes du cadre mondial de la biodiversité post-2020
      (Event #4813)
      Organisateur : Commission européenne
      13h15 : Meeting Room 511C-F, Palais des Congrès
    • Un système mondial d'observation de la biodiversité pour soutenir la mise en œuvre et le suivi du cadre mondial de la biodiversité post-2020 par les Parties
      (Event #4530)
      Organisateur : GEO BON
      18h15 : Meeting Room 513D, Palais des Congrès

    Jeudi 8 décembre 2022

    Lundi 12 décembre 2022

    • Cinquième Forum Science-Politique sur la Biodiversité, Session 8 : Mobiliser les outils et les technologies pour soutenir la mise en œuvre et le suivi du Cadre Mondial de la Biodiversité post-2020 - vers un système mondial d'observation de la biodiversité
      Organisateur : Consortium de Partenaires Scientifiques
      11:00: Salles de réunion 516C & 516D/E, Palais des Congrès
    • eBioAtlas : partenariat multipartite tirant parti des nouvelles technologies pour fournir une base de référence mondiale robuste et harmonisée sur la biodiversité (inscription)
      Organisateur : NatureMetrics
      18h00 : Hôtel Renaissance, 1250 Boulevard Robert-Bourassa

     

    Mardi 13 décembre 2022

    • L'arbre de vie : Conserver notre patrimoine évolutif pour assurer les contributions de la nature aux gens pour les générations futures
      Organisateur: UICN SSC Groupe de travail sur la diversité phylogénétique
      10:00: InterContinental Montreal, 360 Rue Saint-Antoine

     


    Lieu : Montréal, Canada
    Date : 7-19 décembre 2022
    Langue : Anglais, arabe, chinois (simplifié), français, russe et espagnol

     


vendredi 2 décembre 2022

  • Le GBIF France recrute un(e) ingénieur(e) bioinformatique expert(e)

    L'équipe du GBIF France recherche son/sa futur.e développeur/se (bio)informatique expert.e pour continuer à faire évoluer les outils et services, dans le cadre d'une communauté de développement internationale ! Cela comprend l'application OpenObs (https://openobs.mnhn.fr/), qui est basée sur ces solutions.

     

    La cellule GBIF France est intégrée à l'Unité Patrinat (OFB - CNRS - MNHN) et est hébergée au MNHN à Paris ; l'équipe comprend 4 permanents assurant les volets communication et informatique.

     

    Le dossier de candidature (CV + lettre de motivation) est à envoyer via cette page avant le 25/12/2022.

     

    Toutes les informations sont précisées sur la fiche de poste.


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