GBIF France, ces 365 derniers jours

En tant que membre du Système mondial d’information sur la biodiversité (GBIF) depuis sa création en 2001, la France s’engage à promouvoir l’accès libre et ouvert aux données sur la biodiversité, via Internet.



vendredi 4 novembre 2022

jeudi 3 novembre 2022

  • Webinaire | Data papers : mettre les données en lumière

    8 novembre 2022, 10h-11h30

     

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    Les Data papers servent de « mécanisme pour inciter la publication de données dans le domaine de la science de la biodiversité » et un moyen de soutenir les chercheurs qui conservent et gèrent les données avec une forme reconnaissable de publication savante.
    Contrairement aux articles de recherche conventionnels qui rapportent des hypothèses et des conclusions, un document de données a pour objectif principal de décrire un ensemble de données, de souligner son importance et les circonstances de sa collecte, et d'accroître la visibilité et la découvrabilité des données, de leurs auteurs et de leur organisation d'origine.

    Au cours de ce webinaire de 90 minutes, Dmitry Schigel, responsable scientifique au secrétariat du GBIF, et des partenaires de trois éditeurs de données ouvertes - Pensoft Publishers, GigaByte Journal et le Journal of Limnology - discuteront de trois appels ouverts en cours pour la soumission de data papers qui utilisent GBIF à la mobilisation ciblée des données du nord de l' Eurasie, sur les vecteurs de maladies humaines et sur les espèces qui vivent ou dépendent de l' eau douce.

    Au cours de la dernière décennie, le GBIF a travaillé avec des éditeurs de revues pour soutenir et promouvoir la préparation de documents de données, ce qui a conduit à près de 400 data papers décrivant FAIR et des ensembles de librement accessibles via son infrastructure mondiale.

     

    Programme

    Date
    (CET/UTC+1)
    Sujet Intervenant
    10:00–10:05 Introduction Daniel Noesgaard
    Secrétariat du GBIF
    10:05–10:25 Données et data papers diffusés par le GBIF Dmitry Schigel
    Secrétariat du GBIF
    10:25–10:40 Origine des data papers
    Biodiversity Data Journal et appel pour l'Eurasie du Nord
    Lyubomir Penev
    Éditeur Pensoft
    10:40–11:00 Discussion : questions et réponses  
    11:00–11:12 Data papers sur les vecteurs de maladies
    (vidéo préenregistrée)
    Scott Edmunds
    GigaScience
    11:12–11:22 Data papers sur les espèces d'eau douce Diego Fontaneto
    Journal of Limnology
    11:22–11:30 Discussion : questions et réponses  
    11:30 Clôture Dmitry Schigel

    S'inscrire au webinaire

     

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    Lieu : En ligne
    Date : 8 novembre 2022 10:00 - 11:30
    Langue : Anglais

     


mardi 11 octobre 2022

  • Deuxième appel à data papers décrivant des ensembles de données sur les vecteurs de maladies humaines

     

    TDR, GigaScience Press et GBIF renouvellent leur partenariat pour un numéro spécial de revue axé sur la publication de nouveaux ensembles de données présentant des données sur la biodiversité pour la recherche sur les vecteurs de maladies humaines.
    Date limite : 30 avril 2023

     

    TDR, le programme spécial de recherche et de formation sur les maladies tropicales hébergé à l'Organisation mondiale de la santé, GigaScience Press et GBIF ont annoncé un deuxième appel aux auteurs pour soumettre des articles de data papers sur les vecteurs de maladies humaines à inclure dans une série thématique publiée dans GigaByte Journal.

    Cet appel s'appuie sur la première partie de la série, qui a mobilisé plus de 500 000 enregistrements d'occurrences et 675 000 événements d'échantillonnage dans plus de 50 pays.

    Les maladies à transmission vectorielle représentent environ un quart de toutes les maladies infectieuses. Bien qu'il y ait eu des progrès significatifs pour le paludisme, avec une diminution récente des taux de morbidité et de mortalité dus au paludisme, ces progrès s'arrêtent actuellement. D'autres maladies, telles que celles causées par les arbovirus comme la dengue, le chikungunya, la fièvre jaune et plus récemment le Zika, se développent, avec un nombre accru de cas et de décès.

    La nécessité de développer de nouvelles stratégies, approches et outils de lutte antivectorielle a été reconnue dans le cadre de la Réponse mondiale à la lutte antivectorielle approuvée par l'Assemblée mondiale de la Santé en 2017.. L'un des objectifs mutuellement convenus entre le GBIF et le TDR est de travailler sur un référentiel de données relatives aux vecteurs et de soutenir la conception et l'identification des sources et des contacts pour les campagnes de mobilisation de données afin d'améliorer la couverture des données pour aider la recherche sur la santé humaine. Dans le cadre de cette collaboration, GigaByte soutiendra un second numéro sur les data papers sur les vecteurs.

    Les data papers soumis doivent décrire les ensembles de données avec les critères suivants :

    L'appel à manuscrits sera ouvert jusqu'au 30 avril 2023.

    Les frais de traitement d'article seront supprimés pour 15 articles, à condition que les publications soient acceptées et répondent aux critères ci-dessus.

    Instructions pour les auteurs

    Nous recommandons aux auteurs de commencer par préparer le jeu de données et de le publier via GBIF.org avant de passer à la rédaction et à l'édition de manuscrits.

    Le manuscrit doit être préparé en anglais et soumis conformément aux instructions de GigaByte aux auteurs.

    Les auteurs peuvent contribuer à plus d'un manuscrit, et les publications de données peuvent soutenir et être publiées parallèlement aux publications d'analyse traditionnelles, mais le travail et la publication de données décrits doivent être autonomes et se justifier en ajoutant de la valeur.

    GigaBytepubliera une deuxième phase de son numéro spécial comprenant les articles sélectionnés en 2023. La revue est actuellement indexée dans Pubmed, PubMed Central, le Directory of Open Access Journals (DOAJ), CNKI et JGate et est finaliste pour les ALPSP Awards 2022 pour l'innovation dans l'édition.

    Les manuscrits et les ensembles de données seront soumis à un processus d'examen par les pairs ouvert et transparent, y compris l'audit et la conservation des données par l'équipe de données de GigaScience Press. Pour en savoir plus sur la publication de données, consultez le Guide rapide pour publier des data papers via GBIF.org, le Guide rapide pour publier des données via GBIF.org et les instructions de soumission GigaByte. Les articles de GigaByte Data Release ont un format simple et facile à écrire, aet les auteurs peuvent faire leurs soumissions en utilisant des fichiers Microsoft Word (DOC, DOCX), PDF et TeX/LaTeX (voir le modèle au verso .) Pour des exemples supplémentaires de ce que le produit final peut ressembler à voir aussi la première série d'articles.

    La nouvelle plate-forme de publication XML de bout en bout de GigaByte signifie que la publication peut être effectuée de manière plus rapide et plus rentable, mieux conçue pour ces objets de recherche plus granulaires qui ne nécessitent pas un véhicule aussi laborieux et détaillé pour le partage. . Cela permet également une interactivité supplémentaire et nous pouvons travailler avec les auteurs pour intégrer des cartes, des plugins de données vidéo et d'imagerie et d'autres outils pertinents pour visualiser les données et les résultats dans les publications finales. Veuillez discuter avec les éditeurs si vous avez un contenu dynamique que vous souhaitez mettre en évidence.

    Pour toute question, veuillez contacter Scott Edmunds, rédacteur en chef de la série thématique chez GigaByte, ou health@gbif.org.

    Définition des termes

    • Jeux de données pertinents pour la recherche sur les vecteurs de maladies humaines à transmission vectorielle
      Cet appel sponsorisé à data papers est axé sur la thématique des vecteurs de maladies humaines à transmission vectorielle. Les auteurs peuvent préparer des data papers décrivant des jeux de données, de listes de contrôle, d'occurrences ou d'échantillonnage ; cet article de blog aidera les auteurs à déterminer quelle classe de jeux de données est la plus appropriée. Les données sur les agents pathogènes (virus, bactéries et parasites) peuvent être publiées en tant qu'attributs des données vectorielles sur le champ associatedOccurrences dans les jeux de données d'occurrences et d'échantillonnage. Aucune donnée humaine ne peut être incluse dans les jeux de données. Voir des exemples de jeux de données de listes de contrôle, d'occurrences, et d'échantillonnages de jeux de données.
    • Jeux de données avec plus de 5 000 enregistrements qui sont nouveaux sur GBIF.org
      Le seuil minimum de 5 000 enregistrements d'occurrences n'est qu'un nombre indicatif, et non l'objectif de publier un jeu de données qui est coupé pour être juste au-dessus de la limite à franchir. Les données doivent être nouvelles sur GBIF.org en 2022-23, fournissant des données et des métadonnées de haute qualité. Les jeux de données de la liste de contrôle et d'échantillonnage inférieurs au seuil seront considérés comme éligibles sur la base de leur valeur exceptionnelle et traités au cas par cas par l'éditeur. Unités minimales publiables, édition salami et les articles sur les versions de jeux de données sont déconseillés : les jeux de données doivent être publiés dans leur état d'origine, non rogné. De nombreux jeux de données sont, par nature, dynamiques, et tandis qu'un data papers promeut et décrit le jeu de données dans son état actuel au moment de la soumission, le lien du jeu de données peut et souvent se résoudra à la ressource en ligne en évolution. Par conséquent, un data papers devrait idéalement être rédigé de manière à servir de citation bibliographique, de vitrine et de « source » durable pour le jeu de données. Tous les jeux de données contenant des données de support supplémentaires non adaptées au GBIF seront conservés et hébergés dans le référentiel GigaScience Press GigaDB ou dans d'autres référentiels spécifiques à un domaine.
    • Jeux de données avec des données et des métadonnées de haute qualité
      Les auteurs doivent commencer par publier un jeu de données comprenant des données et des métadonnées qui répondent auxs exigences de qualité des données du GBIF. Cet effort impliquera de travailler sur une installation du GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT). Si l'archive Darwin Core est construite ailleurs, l'utilisation du validateur de données GBIF est recommandée avant la publication des données.

     

    Moustique domestique commun (Culex pipiens), observé en Suède. Photo © 2022 Carl A. Andersson via Artportalen

     

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vendredi 7 octobre 2022

  • L'engagement à partager les données sur la biodiversité de l'Ukraine persiste malgré la guerre

     

    La croissance récente de la publication de données par les institutions ukrainiennes se maintient, la formation norvégienne sur les compétences en matière de données se poursuit dans un format virtuel

    Les chercheurs et les professionnels des données ukrainiens font preuve d'une résilience extraordinaire dans la poursuite et l'expansion des activités et des compétences en matière de publication de données.

    Même si l'Ukraine ne participe pas encore officiellement au GBIF en tant que gouvernement membre, une communauté nationale dynamique de publication de données a démontré un engagement inébranlable à partager les données ouvertes sur la biodiversité de ses institutions, au mépris des immenses défis et de la tragédie provoqués par la guerre.

    Depuis le 1er janvier 2022, les institutions basées en Ukraine ont ajouté plus de 170 000 nouveaux enregistrements d'occurrence d'espèces, soit une augmentation de 34 %, ajoutant une couverture de données pour 5 433 espèces supplémentaires (une augmentation de 44 %). Le Groupe ukrainien pour la conservation de la nature (UNCG) a établi un rythme effréné, publiant 63 des 71 nouveaux ensembles de données à ce jour en 2022, qui reflètent ensemble une croissance de 77 % depuis le début de l'année. Plus remarquable encore, l'invasion du pays en mars n'a eu aucun impact sur le taux de croissance.


     

    Ensembles de données sélectionnés publiés après l'invasion

     


    L'expansion de l'activité ukrainienne de publication de données sur la biodiversité a été favorisée par l'inclusion du pays dans BioDATA, un projet international lancé en 2018 par l'Université d'Oslo (UiO), avec un financement de l'Agence norvégienne pour la coopération internationale et l'amélioration de la qualité dans l'enseignement supérieur (DIKU) (qui fait désormais partie de la Direction de l'enseignement supérieur et des compétences, ou HKDIR). Le projet vise à fournir aux étudiants d'Europe de l'Est, du Caucase du Sud et d'Asie centrale des compétences pratiques liées aux infrastructures et normes internationales de données.

    Un atelier de formation BioDATA prévu en Ukraine avait déjà été retardé en raison de la pandémie, et la guerre a rendu impossible sa reprogrammation en tant qu'événement en personne dans un avenir prévisible. Avec une forte demande de l'intérieur de l'Ukraine pour poursuivre la formation, celle-ci s'est déroulée sous forme d'événement virtuel en août, attirant 20 étudiants de maîtrise et de doctorat avec le soutien de mentors ukrainiens expérimentés et d'une équipe internationale d'instructeurs.

    Comme lors des trois précédentes sessions en personne dans le cadre du projet BioDATA tenues en Biélorussie (2019), au Tadjikistan (2019) et en Arménie (2022), le personnel du GBIF Norvège,hébergé à l'UiO, a dirigé le cours de formation intensif sur quatre jours, en utilisant le programme Biodiversité du GBIF Cours de mobilisation des données comme programme de base, avec des adaptations pour répondre aux besoins de BioDATA.

     

    « La communauté des données ouvertes sur la biodiversité en Ukraine s'est considérablement développée depuis 2019, date du lancement de BioDATA, mais l'enthousiasme a parfois dépassé les connaissances et les compétences techniques des chercheurs ukrainiens », a déclaré Oleh Prylutskyi, professeur agrégé de mycologie et de résistance des plantes à l'Université nationale VN Karazin Kharkiv, et l'un des organisateurs locaux de l'initiative BioDATA en Ukraine. « ;BioDATA promet d'être l'énorme moteur de nouvelles avancées dans la mobilisation des données sur la biodiversité en Ukraine, car nous avons maintenant obtenu plus de 20 nouveaux spécialistes bien formés, chacun pouvant devenir une source de nouvelle croissance. »

     

    « L'invasion par la Fédération de Russie ne devrait pas empêcher la formation en Ukraine », a déclaré Hugo de Boer,rofesseur et directeur de recherche au Musée d'histoire naturelle de l'UiO et chercheur principal sur BioData. « Cela rend cependant encore plus important la mobilisation des données sur la biodiversité et offre des opportunités à nos collègues motivés en Ukraine qui se trouvent à un carrefour difficile. »

     

    Les responsables du programme ont sélectionné les étudiants pour participer sur la base de candidatures décrivant leurs antécédents et leur motivation à suivre le cours. Maintenant que les réunions en ligne sont terminées, les participants qui terminent avec succès leurs travaux finaux recevront un certificat de participation valant deux crédits de cours universitaires et un badge numérique attestant de leurs compétences en mobilisation de données sur la biodiversité. Dans l'intervalle, BioDATA collabore avec NL BIF —le centre d'information sur la biodiversité des Pays-Bas - sur un programme de petites subventions pour soutenir la mobilisation de données à partir de projets d'étudiants en Ukraine.

    Le leadership fourni par GBIF Norvège par le biais de BioDATA s'est avéré déterminant pour élargir les frontières du réseau international de GBIF dans le nord de l'Eurasie, puisque quatre pays avec des étudiants impliqués dans des formations BioDATA précédentes ont rejoint le réseau GBIF en tant que participants nationaux : la Biélorussie, l'Armenie, l'Ouzbékistan et le Tajikistan. Le GBIF Norvège et le secrétariat du GBIF prévoient de s'appuyer sur les réalisations du programme, le HKDIR ayant promis un financement pour soutenir sa deuxième phase à partir de 2022.

     

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    Responsables de cours BioDATA

    Organisateurs locaux

     

    Instructeurs

     

    Mentors

     

     

    Champignon perroquet (Gliophorus psittacinus), observé en Ukraine.
    Photo 2021 Oleh Prylutskyi via iNaturalist Research-grade Observations, licensed under CC BY-NC 4.0.

     

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  • Christopher Schiller remporte le prix GBIF Jeunes Chercheurs 2022

    Le candidat au doctorat - et premier récipiendaire d'un prix d'Allemagne - est sélectionné pour avoir développé une approche automatisée d'apprentissage en profondeur permettant d'utiliser des photographies de scientifiques citoyens pour prédire les traits fonctionnels des plantes.

     

     

    Christopher Schiller, diplômé de l'Institut de technologie de Karlsruhe (KIT) et actuellement doctorant à la Freie Universität Berlin, a été nommé l'un des deux lauréats du Prix des jeunes chercheurs 2022.

    An jury d'experts a reconnu Schiller pour avoir développé une nouvelle démonstration du potentiel de combinaison des mégadonnées issues de la science professionnelle et citoyenne avec des modèles d'apprentissage automatique pour automatiser les évaluations à l'échelle mondiale de la diversité fonctionnelle des plantes. Nommé par la délégation allemande du GBIF , Schiller est le premier ressortissant allemand à recevoir le prix.

    Les traits fonctionnels des plantes sont essentiels pour comprendre et évaluer la biodiversité et les processus écosystémiques. Cependant, les exigences et la difficulté de les observer et de les mesurer directement limitent considérablement les données disponibles. Dans l'espoir de combler cette lacune, Schiller a proposé d'explorer le potentiel de l'application de la reconnaissance de formes basée sur l'apprentissage profond à des centaines de milliers de photographies prises par des scientifiques citoyens pour prédire et révéler l'expression de traits cachés à la vue.

    Schiller a commencé par utiliser des noms d'espèces pour lier des images et des coordonnées de plantes provenant d'observations de qualité iNaturalist Research via GBIF.org à des observations de traits d'experts de la base de données TRY sur les traits de plantes. Une fois ces connexions établies, les modèles de reconnaissance de formes pourraient commencer à apprendre les caractéristiques des plantes visibles (ou cachées) sur les photos pour générer des prédictions pour des traits tels que la surface foliaire, la hauteur de croissance, la masse des graines et la teneur en azote des feuilles.

    La prédiction de plusieurs traits clés basée uniquement sur les caractéristiques de l'image a produit des cartes de traits globaux qui reflètent les modèles macroécologiques mondiaux généraux à travers les formes de croissance et les biomes. L'introduction de modèles d'ensemble et de connaissances préalables sur la plasticité des traits et le climat a même amélioré les résultats.

     

    « À notre grande surprise, tout comme un écologiste qualifié pourrait probablement se rapprocher de ces traits en regardant des photographies de plantes et de leurs organes, les modèles initiaux ont produit des prédictions remarquablement précises », a déclaré Schiller. « Les résultats révèlent une autre manière dont les informations recueillies par les scientifiques citoyens peuvent étendre les sources de données volumineuses qui améliorent notre compréhension scientifique de la biodiversité. »

     

    « Les travaux de Christopher révèlent un autre domaine dans lequel les scientifiques citoyens peuvent contribuer à la recherche macroécologique et biogéographique », a déclaré Sebastian Schmidtlein, professeur et chef du groupe de recherche sur la végétation à l'Institut de géographie et de géoécologie, au KIT. « Je pense que cela offre une perspective prometteuse et un excellent exemple de ce que les données recueillies par GBIF et les nouvelles possibilités apportées par le Deep Learning peuvent faire pour la science. »

     

    « Christopher a poursuivi un programme de recherche exigeant qui traitait de données hétérogènes et multidimensionnelles, de relations écologiques complexes et de méthodes de pointe exigeantes en science des données », a déclaré Teja Kattenborn, chercheur au System Research du Centre de télédétection pour la Terre de l'Université de Leipzig qui a été directeur de thèse de Schiller alors qu'il était auparavant au KIT. « C'est un signe de sa réussite que cette étude révolutionnaire ait abouti à une publication évaluée par des pairs dans Nature Scientific Reports quelques mois seulement après la soumission de sa thèse. »

     

    Après avoir obtenu une maîtrise en géoécologie avec distinction du KIT, Schilling a maintenant commencé des recherches doctorales en télédétection et géoinformatique à l'Institut des sciences géographiques de la Freie Universität Berlin.

    Schiller partage le prix 2022 avec Armand Rausell-Moreno ode l'Universidad Internacional Menéndez Pelayo ien Espagne, les deux lauréats recevant un prix de 5 000 €.

     

    À propos du prix

    Depuis sa création en 2010, le prix annuel GBIF pour les jeunes chercheurs a cherché à promouvoir et à encourager l'innovation dans la recherche liée à la biodiversité en utilisant des données partagées via le réseau GBIF.

     

    À propos de l'Institut de technologie de Karlsruhe

    Le KIT crée et transmet des connaissances pour la société et l'environnement en tant que « université de recherche de l'association Helmholtz », où plus de 5 500 scientifiques coopèrent dans un large éventail de disciplines des sciences naturelles et de l'ingénierie, de l'économie, des sciences humaines et des sciences sociales.
    En savoir plus

     

    À propos de la Freie Universität Berlin

    La Freie Universität Berlin est une institution de recherche de premier plan dont les 16 départements universitaires et instituts centraux entretiennent plus de 100 partenariats internationaux et proposent plus de 150 programmes diplômants dans un large éventail de matières.
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    Jury du Prix Jeunes Chercheurs 2022

     

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  • Armand Rausell-Moreno remporte le prix GBIF Jeunes Chercheurs 2022

     

    Le deuxième lauréat espagnol du prix consécutif vise à développer un processus de sélection reproductible et presque sans frais pour révéler la diversité potentielle cachée dans les concepts taxonomiques existants.

    Armand Rausell-Moreno, qui vient de terminer son Master en biodiversité des zones tropicales à l'Universidad Internacional Menéndez Pelayo (CSIC-UIMP), été nommé l'un des deux lauréats du Prix Jeunes Chercheurs 2022.

    Un jury d'experts a sélectionné Rausell-Moreno, qui a été nommé par la délégation espagnole du GBIF, pour ses recherches sur le développement d'un processus simple, reproductible et peu coûteux pour identifier les groupes et les populations dont les différences écologiques peuvent masquer la diversité cryptique qui se cache au sein des espèces actuellement décrites.

    Le programme d'études de Rausell-Moreno répond à un regain d'attention autour du concept de spéciation écologique. TCette forme bien documentée de divergence par sélection naturelle survient lorsque différentes populations d'organismes précédemment classées comme une seule espèce deviennent isolées sur le plan de la reproduction en raison de facteurs écologiques. La réduction ou l'élimination résultante du flux de gènes entre les deux populations, une fois détectée par l'analyse phylogénétique des relations évolutives présentes dans les échantillons d'ADN, peut entraîner une révision taxonomique qui divise une espèce en deux espèces (ou plus).

    L'approche logicielle proposée combine la modélisation de niche environnementale et les méthodologies de regroupement avec des phylogénies récemment publiées qui fournissent désormais des preuves de la présence de deux à cinq espèces différentes là où il n'y en avait qu'une auparavant. En utilisant des données sur d'autres variables environnementales parallèlement aux données d'occurrence du GBIF, Rausell-Moreno a testé l'approche sur des espèces telles que l'euphorbe baumière (Euphorbia balsamifera), le perce-oreille commun (Forficula auricularia) et le serpent royal de l'Est (Lampropeltis getula) pour analyser si le contexte écologique peut expliquer la structure des populations divergentes, en totalité ou en partie. La disponibilité de données ouvertes sur la biodiversité et d'outils existants à faible coût ou gratuits suggère la possibilité d'appliquer cette méthodologie de dépistage à une échelle beaucoup plus grande.

     

    « Sur la base des résultats obtenus jusqu'à présent, cette méthodologie est prometteuse en tant qu'outil de délimitation des populations d'espèces », a déclaré Rausell-Moreno. « Dans certains cas, nous avons pu classer correctement les individus dans leurs populations génétiquement déterminées avec une précision allant jusqu'à 92 % avant de fournir à l'algorithme toute information sur les affectations de clades à partir des études phylogénétiques. »

     

    « Armand est un étudiant dévoué et engagé dans une carrière dans le domaine de la biologie de la conservation et de la biodiversité" », a déclaré Javier Diequez Uribeondo, vice-directeur de la recherche au Real Jardín Botánico (RBJ-CSIC), 'un des 120 instituts de recherche compris dans le Conseil national espagnol de la recherche (CSIC: en espagnol, Consejo Superior de Investigaciones Científicas). « Sa passion pour la recherche est évidente à partir de ses excellents résultats, qui démontrent le potentiel de son approche de regroupement dans la conduite d'un criblage à grande échelle pour identifier les cas potentiels de spéciation écologique. »

     

    « Armand a clairement défini l'objectif de sa thèse après avoir réfléchi à tous les problèmes possibles auxquels il pourrait être confronté, ce qui a démontré son esprit d'analyse et quelque chose que je définirais comme une étincelle de chercheur peu commune chez les étudiants de maîtrise, », a déclaré Jesús Muñoz, chercheur au RBJ-CSIC et directeur de thèse de Rausell-Moreno. « L'étude ouvre de nouvelles voies de recherche pour accélérer la détection d'espèces cryptiques ou négligées, contribuant éventuellement à réduire l'effet de l'obstacle taxonomique auquel la plupart des groupes d'organismes sont confrontés. »

     

    Rausell-Moreno est le troisième étudiant espagnol à remporter le prix, après Nora Escribano et Julen Torrens Baile qui ont été sélectionnés en 2017 et 2021, respectivement. Rausell-Moreno vient de commencer à travailler comme technicien diplômé à l'Valencian Institute of Agrarian Research.

    Rausell-Moreno partage le prix 2022 avec Christopher Schiller de la Freie Universität Berlin en Allemagne, les deux lauréats recevant un prix de 5 000 €.

     

    À propos du prix

    Depuis sa création en 2010, le prix annuel GBIF pour les jeunes chercheurs a cherché à promouvoir et à encourager l'innovation dans la recherche liée à la biodiversité en utilisant des données partagées via le réseau GBIF.

     

    À propos de l'Universidad Internacional Menéndez Pelayo

    L'Universidad Internacional Menéndez Pelayo (CSIC-UIMP) est une institution indépendante affiliée au ministère des Universités dont le siège principal est à Madrid, dont la mission est de promouvoir la culture et la science, de favoriser les relations internationales et interrégionales, les échanges scientifiques et culturels, ainsi que ainsi que mener des activités de recherche avancées et spécialisées.
    En savoir plus .


    Jury du Prix Jeunes Chercheurs 2022

     

    Armand Rausell-Moreno, lauréat du GBIF Young Researchers Award 2022, lors d'un stage de master à Tenerife, îles Canaries, avril 2022.
    Photo publiée avec l'aimable autorisation de M. Rausell-Moreno.

     

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mardi 4 octobre 2022

  • Cinq nœuds GBIF francophones achèvent la première traduction du guide sur le partage des données d'occurrence dérivées de l'ADN

    Les efforts de traduction collaborative facilitent l'engagement avec les détenteurs francophones d'informations génomiques et métagénomiques

     

    Les membres de la communauté des traducteurs bénévoles de cinq nœuds francophones du GBIF ont terminé la première traduction du guide, Publishing DNA-derived data through biodiversity data platforms, en français - Publier des données dérivées de l'ADN sur les plateformes de données sur la biodiversité.

    Contribuant à l'effort de mise à disposition de cette documentation à la communauté francophone, Sofia Wyler du GBIF Suisse, a commenté le guide :

     

    « Les données dérivées de l'ADN sont un type de données assez spécifique et les concepts qui sous-tendent leur publication dans le GBIF peuvent être déroutants et décourageants. En fournissant une version française des directives, nous espérons contribuer à rendre le processus de publication de ce type de données plus accessible aux francophones, qu'ils soient gestionnaires de nœuds ou fournisseurs de données potentiels. Lors de la traduction, nous avons détecté quelques difficultés de la part de collègues qui n'étaient pas familiers avec les données dérivées de l'ADN, et nous espérons que notre effort profitera à la communauté au sens large. L'objectif est que davantage de données de qualité dérivées de l'ADN puissent être mises à disposition sur GBIF afin d'améliorer notre connaissance de la biodiversité et l'utilité de données autres que les données typiques traitées par la plateforme. »

     

    L'équipe transfrontalière de traducteurs et de réviseurs était composée de :

    Publiée l'année dernière, cette documentation numérique vise à fournir aux détenteurs d'informations génomiques et métagénomiques des considérations pratiques pour refaire surface les occurrences dérivées de l'ADN dans les plateformes de données sur la biodiversité comme GBIF.org.

    Le guide représente la prochaine étape des efforts du GBIF pour connecter son infrastructure de données et ses outils aux sources pertinentes d'informations génomiques et métagénomiques, en s'appuyant sur des collaborations avec la communauté UNITE, l'Institut européen de bioinformatique de l'EMBL (par le biais de ses archives européennes de nucléotides et de sa plateforme MGnify), et l'International Barcode of Life Consortium (IBOL).

     

    Appel ouvert aux traducteurs bénévoles ! Si vous souhaitez consulter ces documents ou d'autres documents d'orientation du GBIF dans votre langue, n'hésitez pas à nous envoyer un e-mail à communication@gbif.org pour savoir comment rejoindre notre communauté de traducteurs bénévoles.

     

    Citation

    Andersson AF, Bissett A, Finstad AG, Fossøy F, Grosjean M, Hope M, Jeppesen TS, Kõljalg U, Lundin D, Nilsson RN, Prager M, Svenningsen C & Schigel D (2022) Publier des données dérivées de l'ADN sur les plateformes de données sur la biodiversité (Wyler S, Braun P, Sinou C, Heughebaert A & Archambeau AS, Trans.). v1.0 Copenhague : Secrétariat GBIF. https://doi.org/10.35035/doc-vf1a-nr22. (Publié initialement 2021).

     

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  • Consultation sur les données primaires sur la biodiversité et le Cadre mondial de la biodiversité post-2020

     

    En préparation de la Quinzième Convention des Parties (COP15) à la Convention des Nations Unies sur la Diversité Biologique (CBD), l'Alliance pour la connaissance de la biodiversité organise une consultation communautaire. Avec l'aide de partenaires-clés à travers l'interface science-politique, la consultation engagera les personnes impliquées dans l'élaboration d'indicateurs mondiaux et nationaux au titre du cadre mondial de la biodiversité (GBF) post2020 (GBF) et des variables essentielles de la biodiversité (EBVs) de la CDB.

    Pour commencer la discussion, nous encourageons les membres de la communauté à lire le livre blanc, Primary biodiversity data and the Post-2020 Global Biodiversity Framework (Données primaires sur la biodiversité et le Cadre mondial de la biodiversité post-2020), qui donne un aperçu de la dépendance des cadres d'indicateurs précédents et futurs sur les données primaires sur la biodiversité.

     

    Regardez l'enregistrement du webinaire de lancement

    L'ordre du jour du webinaire constituera la base d'une consultation modérée de deux semaines abordant les thèmes suivants :

     

    La discussion explorera comment améliorer les flux de travail autour des données primaires sur la biodiversité sur lesquelles reposent les indicateurs et les EBV et soulignera le rôle clé des réseaux d'observation de la biodiversité et des installations d'information dans la réalisation des objectifs du GBF.
    La discussion s'est poursuivie jusqu'au 28 septembre 2022 à 09h00 CEST UTC+2.

     

    Plus de détails disponibles auprès de l'Alliance pour la connaissance de la biodiversité..

     

    Lieu : Virtuel
    Date : 13 septembre 2022 15:00 - 16:30 UTC +02:00
    Langue : Anglais

     

    Bonnet saignant (Mycena sanguinolenta), observé en Norvège. Photo © 2020 Kirsti Anne Mandal via le Service norvégien d'observation des espèces.

     

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  • Une nouvelle routine de traitement améliore la stabilité des ID d'occurrence GBIF

    L'analyse des enregistrements dans les ensembles de données mis à jour détecte les erreurs potentielles, permettant aux gestionnaires de données de prendre des décisions opportunes sur la préservation des identifiants existants

     

    Les améliorations apportées aux processus d'ingestion de données du GBIF permettront aux gestionnaires et aux producteurs de données de faire des choix plus judicieux et plus éclairés lorsque les mises à jour de leurs données modifient les identifiants uniques attribués à chaque enregistrement d'occurrence dans GBIF.org.

    Les ID d'occurrence GBIF (gbifID) ne sont pas conçus comme des identifiants persistants. En fait, il s'agit simplement de la chaîne numérique utilisée pour former l'URL de toute occurre nce individuelle, par exemple 2284341217). Cependant, ces identificateurs fournissent souvent un moyen pratique et le meilleur disponible pour créer des références cohérentes et non ambiguës à ces enregistrements individuels.

    Par conséquent, l'amélioration de leur stabilité peut aider les détenteurs de données et les chercheurs qui citent et relient des enregistrements de spécimens ou d'observations, alors même qu'ils attendent les résultats d'initiatives au sein de la communauté GBIF visant à développer un système mondial robuste d'identificateurs persistants uniques. (Cette problématique peut fournir une introduction aux détails techniques pour ceux qui souhaitent en savoir plus sur le sujet plus large.)

    Avec l'introduction de ces améliorations back-end, lorsque les producteurs mettent à jour les ensembles de données, le pipeline de traitement des données analyse chaque mise à jour et alerte le service d'assistance du GBIF s'il détecte un nombre anormalement élevé d'identifiants modifiés. Le personnel peut ensuite examiner les données et travailler avec les producteurs de données pour confirmer si les modifications sont intentionnelles ou non. Le personnel du Secrétariat surveillera et affinera le seuil de déclenchement de ce processus au fil du temps.

    Les producteurs de données modifient généralement les ID d'occurrence GBIF pour l'une des trois raisons suivantes :

    1. Mises à jour administratives reflétant les décisions politiques, telles que l'adoption de nouveaux identifiants (par exemple CETAF Stable Identifiers) ou de nouveaux modèles (par exemple institutionCode : collectionCode : catalogNumber), l'introduction du cryptage du site Web (par exemple http > https) ou des modifications du nom ou conditionnement des jeux de données.
    2. Erreurs involontaires causées par inadvertance dans les coulisses par des mises à jour logicielles, des scripts défectueux ou d'autres problèmes techniques.
    3. Manque de sensibilisation que l'introduction de modifications généralisées ou fréquentes des ID d'occurrence peut avoir des conséquences en aval pour les autres utilisateurs.

    Dans le cas du premier exemple, le service d'assistance du GBIF dispose désormais d'un flux de travail permettant aux producteurs de données de coordonner les modifications administratives, de détecter les erreurs accidentelles et de préserver la provenance et la cohérence des enregistrements individuels sans créer de nouveaux identifiants d'occurrence.

     

    « Le maintien de la stabilité des gbifID est essentiel pour renforcer la confiance dans la recherche et les systèmes dont elle dépend », a déclaré David Shorthouse, développeur de Bionomia, un environnement de conservation ouvert permettant de relier et de créditer les enregistrements de spécimens d'histoire naturelle aux experts qui ont collecté et identifié leur. « Toute amélioration de la durabilité et de la persistance des gbifID apporte plus de stabilité à Bionomia, plus de confiance dans les liens que nos bénévoles établissent et un plus grand potentiel pour effectuer des flux de travail aller-retour afin de réintégrer les améliorations numériques dans les systèmes de gestion des collections et d'autres magasins de données locaux. »

     

    «Des identifiants d'occurrence stables sont une condition préalable pour faire correspondre les citations matérielles dans les publications aux occurrences et ainsi étendre l'accès et la connaissance d'une occurrence » a déclaré Donat Agosti, président du participant GBIF et producteur de données Plazi. « Ces correspondances constituent la première étape vers la révélation d'occurrences cachées dans les publications et la mise en relation des spécimens des collections d'histoire naturelle avec les traitements taxonomiques de leurs bibliothèques - un sujet brûlant actuellement soutenu par le projet BiCIKL financé par l'UE , les universités suisses et le Fond Arcadia. »

     

    Avec ces changements en place, le GBIF va maintenant commencer à développer des outils qui surveillent la stabilité des identifiants d'occurrence par institution et par pays et aident les utilisateurs de données à évaluer si les identifiants répondent à leurs besoins.

     

    Nymphe d'un papillon jaune des graminées à trois points (Eurema blanda subsp. arsakia), observée sur l'île de Taïwan. Photo 2022 via les données d'occurrence de la teigne de Taiwan collectées à partir du réseau social, sous licence CC BY 4.0.

     

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lundi 3 octobre 2022

  • Des données au-delà des frontières : collaborer pour répondre aux besoins d'information sur la biodiversité en Europe et au-delà

    6 octobre 2022 de 9h à 17h, Etterbeek, Belgique

     

     

     

    L'événement sera diffusé en direct pour tous ceux qui souhaitent le suivre, mais a participation en personne est limitée aux participants et délégués invités à la 29e réunion du Conseil d'administration du GBIF ( inscrivez-vous ici), en raison de l'espace limité.

     

    Contexte de la rencontre

    Un symposium d'une journée organisé par le Partenariat européen pour la biodiversité (Biodiversa+) et le Système mondial d'information sur la biodiversité (GBIF), en marge de la 29e réunion du Conseil de direction du GBIF (GB29),, qui se tiendra à Bruxelles du 3 au 5 octobre. Biodiversa+, regroupant 74 acteurs des politiques de recherche et des acteurs des politiques environnementales de 36 pays européens et associés, fait partie de la Stratégie européenne pour la biodiversité à l'horizon 2030 qui vise à renforcer l'interface entre la science, la politique et la pratique. La co-organisation de ce symposium avec le GBIF offre un forum aux principales parties prenantes pour renforcer la coopération entre Biodiversa+, le GBIF, la Commission européenne, les agences, les programmes de recherche, les infrastructures, les réseaux et les initiatives afin de mettre en œuvre la stratégie 2030 de l'UE pour la biodiversité et la vision 2050 de « Vivre dans harmonie avec la nature » adoptée dans le cadre de la Convention sur la diversité biologique.

     

    Objectifs généraux de la journée

    • Explorer et clarifier le paysage émergent dans les institutions basées dans l'UE afin de soutenir la fourniture d'informations fiables sur la biodiversité à l'appui de la prise de décision et de la recherche
    • Discuter et commencer à catalyser les collaborations nécessaires pour assurer la coordination à l'échelle nationale, régionale et mondiale afin de répondre aux besoins d'information sur la biodiversité sans duplication des efforts
    • Démontrer la pertinence des initiatives basées dans l'UE pour soutenir les activités et les objectifs mondiaux du GBIF

     

    Structure de l'événement

    La journée sera structurée en trois sessions, chacune abordant plusieurs perspectives sur un même thème à partir d'une série d'intervenants. La journée se terminera par la réunion de tous les orateurs pour une table ronde et un dialogue ouvert. Chaque orateur disposera de 12 à 15 minutes pour présenter, suivi de 5 minutes pour les questions.

     

    Ordre du jour

    9h00–10h30 Séance 1 - Mise en scène

    • Introduction et présentation des objectifs de la réunion
      Tim Hirsch, directeur adjoint GBIF
    • Remarques d'ouverture et de bienvenue présentées par la DG-ENV
      Anne Teller, chargée de mission senior, DG ENV
    • Présentation de la DG-INTPAA
      Thierry Dudermel, Partenariats internationaux Union européenne
    • Présentation du GBIF
      Joe Miller, secrétaire exécutif du GBIF
    • Présentation de Biodiversa+
      Hilde Eggermont, Biodiversa+ Président/Coordinateur – Belspo Belgium
      and Rob Hendriks, co-chef du groupe de travail Biodiversa+ – LNV Pays-Bas
    • Presentation from the GBIF network
      Anne-Sophie Archambeau, présidente du Comité des nœuds du GBIF, responsable des nœuds du GBIF France

     

    11.00—12:30 Session 2 : Coordonner les réseaux de biodiversité pour la recherche et la politique scientifique à travers l'écosystème européen

    • Présentation d'EuropaBON
      Henrique Pereira, coordinateur scientifique
    • Présentation de l'Agence européenne pour l'environnement (AEE)
      Brian MacSharry, chef du groupe de la biodiversité
    • Présentation de l'ESFRI
    • Présentation du Centre de connaissances sur la biodiversité
      Camino Liquete, Commission européenne. Centre commun de recherche, Centre de connaissances de la CE sur la biodiversité>

     

    13h30—15h00 Session 3 : Les données sur la biodiversité au service des besoins de développement mondiaux

    • Présentation sur le programme d'information sur la biodiversité pour le développement (BID)
      Maheva Bagard-Laursen, GBIFS et les bénéficiaires de BID
    • Présentation de l'Agence Française de Développement
      Julien Calas, chargé de recherche sénior biodiversité
    • Présentation de la DG Recherche et innovation
      Philippe Tulkens, chef d'unité, Climat et limites planétaires

     

    15.30 – 17.00 Table ronde avec tous les présentateurs et discussion ouverte

     

    The event will be livestreamed for anyone wishing to follow it, but in-person attendance is restricted to invited participants and delegates at the 29th meeting of the GBIF Governing Board (register here), due to limited space.

     

    < Accès au direct >


    Lieu : Centre de Conférences Albert Borschette, CCAB, Commission européenne
    Emplacement : Rue Froissart 36, 1040 Etterbeek
    Pays ou région : Belgique
    Date : 6 octobre 2022 09:00 - 17:00 UTC +02:00
    Langue : Anglais

     

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vendredi 30 septembre 2022

  • Appel à propositions pour aider à mûrir et tester la façon dont les spécimens sont traités dans le nouveau modèle de données unifié du GBIF

    Des éditeurs de données sélectionnés, des nœuds et des développeurs de systèmes de gestion des collections obtiendront de petits contrats pour participer à un projet pilote qui explorera et affinera l'affichage de données de spécimens plus riches

    Date limite : 2 octobre 2022

    Le secrétariat du GBIF sollicite des propositions d'éditeurs de données, de nœuds de participants et de développeurs de systèmes de gestion des collections pour participer à un projet pilote montrant comment un modèle de données unifié émergent peut améliorer la manière dont les données dérivées de spécimens dans des collections scientifiques sont représentées dans le GBIF. Les détenteurs et les gestionnaires de données de spécimens choisis pour participer au projet pilote contribueront à faire progresser la capacité du modèle de données à prendre en charge des applications scientifiques plus larges des données de spécimens à l'avenir et à permettre la découverte d'enregistrements de spécimens au sein du Registre mondial des collections scientifiques (GRSciColl).

    Le GBIF développe un nouveau modèle de données en réponse aux commentaires de la communauté et aux recommandations de l' examen de vingt ans du GBIF de CODATA pour permettre la publication de types de données sur la biodiversité plus riches et plus complexes à l'avenir. L'initiative a adopté une approche d'étude de cas, en commençant par des récits développés par des groupes d'éditeurs de données qui rencontrent actuellement des difficultés pour partager leurs données via le GBIF. L'analyse de ces études de cas a conduit à l'émergence d'un modèle de données unifié unique qui vise à satisfaire les exigences détaillées dans une collection croissante d'études de cas.

    Le succès de ce travail dépendra de l'engagement d'un large éventail de personnes qui publient des données sur la biodiversité. Les personnes sélectionnées pour tester et affiner davantage le modèle unifié dans le cadre de cet appel à propositions prépareront des ensembles de données qui illustrent les complexités que les éditeurs de spécimens de données souhaitent capturer et partager via le GBIF à l'avenir. La série de webinaires communautaires en cours du GBIF continuera d'explorer, étude de cas par étude de cas, comment le modèle unifié proposé peut prendre en charge la structuration et la publication des données.

    Le webinaire de juillet s'est concentré sur les systèmes de gestion des collections, utilisant des exemples de données d'Arctos pour démontrerune preuve de concept pour le modèle de données, tandis que d'autres membres du réseau GBIF qui travaillent avec des données relatives aux collections physiques et aux spécimens ont été invités à préparer des interventions et à offrir des commentaires. Ces contributions contribueront toutes au déploiement d'un catalogue de matériel qui explore des aspects plus riches des données de spécimens qui vont au-delà de la simple preuve spatio-temporelle physique des taxons actuellement détectables dans les occurrences basées sur des spécimens sur GBIF.org .

    Un comité de sélection examinera les candidatures dont les résultats seront communiqués avant la fin octobre 2022. Les travaux sur le projet pilote commenceront en novembre 2022.

    Portée du projet pilote

    Les candidats sélectionnés dans le cadre de cet appel à propositions travailleront avec le Secrétariat pour remplir une base de données pilote utilisée pour démontrer un catalogue de spécimens en ligne interrogeable. L'objectif est de représenter fidèlement ces données à partir de leur source dans un environnement agrégé qui prend en charge une recherche et une enquête scientifiques plus larges que ce qui est actuellement possible. Le résultat du projet pilote présentera les données des candidats sélectionnés sur des pages modèles (Voir l'exemple).

    Les candidats retenus devront accomplir les tâches suivantes sur une période d'environ six à huit semaines :

    1. Fournir un ou plusieurs ensembles de données reformatés dans le modèle de données unifié émergent sous forme de fichiers CSV adaptés à la base de données pilote
    2. Participer à des appels de groupe avec d'autres participants
    3. Fournir des commentaires et des suggestions sur l'affichage des données sur les pages de démonstration du catalogue de matériaux, y compris des sujets tels que :
      1. Comment les informations doivent être structurées et affichées
      2. Comment GBIF devrait appliquer des enrichissements, tels que des taxons supérieurs ou des informations géographiques, et les liens déduits vers d'autres éléments via nos algorithmes de clustering
      3. Comment le spécimen doit être cité, par exemple, en tant que matériel examiné dans un article
      4. Quels identifiants doivent être utilisés pour faire référence au spécimen et à la page du spécimen compilé (y compris éventuellement les DOI émis via le GBIF)
      5. Comment les annotations doivent être affichées, par exemple les drapeaux automatiques du traitement, l'utilisation future des annotations générées par la communauté
    4. Enregistrez une présentation et assistez à un webinaire communautaire pour partager et présenter vos propres données dans les résultats

     

    Financement disponible et éligibilité pour postuler

    Les candidats peuvent demander jusqu'à 3 000 € maximum pour soutenir leur participation à ce projet pilote sous la forme d'un petit contrat. Nous accueillons également les candidatures de groupes souhaitant autofinancer leur participation à ce projet pilote.

    Les candidatures sont les bienvenues de la part des représentants, y compris du personnel ou des entrepreneurs individuels/indépendants de :

    • Institutions situées dans un pays participant au GBIF (voir liste des pays participants votants et associés)
    • Fournisseurs de systèmes de gestion des collections utilisés par les institutions dans les pays participant au GBIF
    • Nœuds participants GBIF ayant une expérience de la mise en forme des données de collecte et qui ont accès aux données de collecte à utiliser dans ce projet pilote
    • Partenariats entre l'un des éléments ci-dessus

    Dans tous les cas, les candidats doivent démontrer dans leur proposition qu'ils sont autorisés à utiliser les données avec lesquelles ils ont l'intention de travailler au cours de ce projet pilote.

    Tous les candidats doivent remplir l'un des critères suivants :

    a) publier activement des données via le GBIF
    b) s'engager à publier de nouveaux ensembles de données via le GBIF à la suite de ce travail
    c) développer ou soutenir activement un système de gestion des collections et disposer d'un ensemble de données qui peut se conformer au critère a ou b

    Les candidats doivent avoir de l'expérience et des connaissances dans les domaines suivants :

    • Pratiques actuelles de publication des données du GBIF
    • Structure des données qu'ils utiliseront dans le travail pilote
    • Familiarité avec les objectifs du projet de diversification du modèle de données GBIF
    • Compétence technique suffisante pour être en mesure de comprendre le modèle de données unifié et de fournir un ou plusieurs ensembles de données à l'aide de ce modèle. Un support technique sur le modèle unifié sera disponible pendant la durée du contrat, mais les candidats doivent être familiarisés avec les bases de l'utilisation d'une base de données telle que PostgreSQL, les schémas, les contraintes et les clés étrangères.

     

    Processus et critères de sélection

    Les candidatures seront évaluées par un comité de sélection, convoqué par le Secrétariat du GBIF, comprenant des experts externes, en utilisant les critères suivants :

    • Historique de la publication régulière de données avec le GBIF et mise à jour des jeux de données publiés
    • Maintenance des entrées GRSciColl associées
    • Volume de données actuellement publiées dans le GBIF qui serait affecté, ou potentiel de combler les lacunes connues dans les données à l'avenir, à la suite de ce travail
    • Expérience antérieure démontrée dans la publication de données plus complexes via GBIF (en ABCD ou en utilisant les extensions DwC-A)
    • Étendue de l'ébauche du modèle de données qui sera couverte dans les données fournies pour ce projet pilote, par exemple (mais sans s'y limiter) :
      • Mesures
      • Media
      • Identifications liées à l'ADN
      • Plusieurs taxons dans les identifications
      • Spécimens complexes
      • Préparations de matériel
      • Relations inter-échantillons
      • Occurrences multiples d'individus biologiques spécifiques
      • Liens entre collections
    • Potentiel de réutilisation de la solution par d'autres éditeurs ; par exemple, des scripts réutilisables ou des améliorations à un outil que de nombreuses personnes utilisent
    • Potentiel du projet pour accroître la diversité des collections couvertes par le projet de modèle de données GBIF et les régions géographiques des contributeurs
    • Justification claire des coûts prévus associés à ce travail

     

    Processus de demande

    Les candidats doivent soumettre leurs propositions en anglais par e-mail avant le dimanche 2 octobre 2022.

    Pour toutes les candidatures, veuillez préciser que le ou les dépositaires de données concernés soutiennent la candidature. Fournir des lettres de soutien si nécessaire.

    Les candidats doivent fournir un document de proposition (deux pages maximum) comprenant :

    • La personne de contact principale pour la candidature
    • La personne ou l'institution qui recevra le contrat
    • Tout autre partenaire qui serait impliqué dans les travaux du projet pilote soutenus par le contrat
    • Une description de :
      • Quels ensembles de données vous - ou vos partenaires - publiez actuellement des données via GBIF et quels défis avez-vous rencontrés pour adapter les données au modèle de données actuel ?
      • Quel(s) ensemble(s) de données utiliseriez-vous dans ce projet pilote et quels domaines du nouveau modèle de données les données couvrent-elles ?
      • Quels enregistrements GRSciColl se rapportent à l'application ?
      • Comment le travail que vous entreprenez dans ce projet pilote pourrait-il être réutilisé par d'autres ?
      • Comment le financement que vous demandez serait-il utilisé pour soutenir ce travail et prévoyez-vous d'apporter d'autres ressources en nature ?

    Un comité de sélection examinera les candidatures dont les résultats seront communiqués avant la fin octobre 2022. Les travaux sur le projet pilote commenceront en novembre 2022.

    Veuillez noter que les candidats retenus devront signer un contrat de service pour ce travail. Le paiement en euros suivra la réussite des tâches et un rapport narratif final..

     

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jeudi 1er septembre 2022

  • Les données rassemblées par l’INPN font de la France le 3e pays contributeur du réseau GBIF

    Le GBIF (Global Biodiversity Information Facility, ou Système mondial d'information sur la biodiversité) est un réseau international dont le but est de mettre à disposition le maximum de données primaires sur la biodiversité via le portail www.gbif.org, de façon libre et gratuite.

    Ces données primaires, aussi appelées données d’occurrences d’espèces, permettent de détailler où, quand, comment et par qui des représentants de toutes sortes d’espèces animales, végétales et d’autres groupes taxonomiques ont été observés ou collectés. Ces informations peuvent également prendre la forme de listes d’espèces ou d’échantillonnages naturalistes.

    L’INPN (Inventaire national du patrimoine naturel), piloté par PatriNat, constitue la plateforme nationale du Système d’information de l’inventaire du patrimoine naturel (SINP). Cet inventaire contribue au GBIF depuis plusieurs années, en partageant au niveau international les données d’occurrences d’espèces rassemblées par les producteurs de données français sur le territoire national, métropole et outre-mer inclus. Ces données d’observation d’espèces sont transmises par les partenaires (associations naturalistes, bureaux d’études environnementales, services de l'État...), que ce soit au niveau régional grâce au travail des plateformes régionales du SINP et de leurs réseaux, mais également grâce aux réseaux de production nationaux.

    Cette contribution a encore augmenté en 2022 avec la diffusion vers le GBIF de plus de 19 millions de nouvelles données, portant à 101 millions le total des données partagées par PatriNat dans ce système d’information mondial sur la biodiversité ; cela fait de la France le 3e pays contributeur en termes de nombre de données partagées, issues de plusieurs centaines de producteurs.

    Cette contribution 2022 vers le GBIF a été marquée par l’ajout des données provenant des études d’impacts environnementaux et des projets d’aménagements concernés par le dispositif DEPOBIO, qui gère le dépôt légal des données brutes de biodiversité issues du secteur privé. Cela représente plusieurs milliers de nouveaux jeux de données sur tous les territoires français, qui viennent enrichir la connaissance des espèces au niveau national et international.

    Toutes ces données sont librement accessibles et contribuent à la production de nouvelles études scientifiques ainsi qu’à l’appui aux politiques publiques : suivi des espèces envahissantes et des zoonoses, identification des zones à protéger en priorité, étude de la répartition et de la migration des espèces, etc. L’utilisation des données mises en ligne sur GBIF.org est compilée chaque année dans la revue scientifique du GBIF.

    Le GBIF France, en association avec PatriNat dans laquelle il est intégré, remercie tous les producteurs et éditeurs de données français ayant contribué au GBIF et reste disponible à l'adresse gbif@gbif.fr pour accompagner la mise en ligne ou l'utilisation des données accessibles dans le réseau GBIF !

     

    En savoir plus

    • Voir la page data publisher de PatriNat sur gbif.org
    • Voir le site du dispositif DEPOBIO
    • Voir la Revue scientifique du GBIF
    • Voir la vidéo « Le SINP et la sphère internationale » décrivant les flux de données entre SINP et GBIF
    • Voir le Guide d’accompagnement pour la transmission des données d’observation sur les espèces dans le cadre de programmes nationaux

     

    Crédits photos

    • Rosalie des Alpes Rosalia alpina © Julien Touroult


mardi 9 août 2022

  • Appel à Data papers pour combler les lacunes sur les espèces d'eau douce

    Le GBIF et le Journal of Limnology en libre accès, ont lancé un appel aux chercheurs pour qu'ils soumettent des data papers sur les espèces qui habitent les eaux intérieures du monde.

     

    Alors que les environnements d'eau douce couvrent moins de 1 % de la surface de la Terre et contiennent moins de 3 % de toute l'eau de la planète, ils abritent au moins 10 % de toutes les espèces. De nombreux macro- et micro-organismes d'eau douce servent également de sentinelles pour la santé de ces écosystèmes, qui fournissent des avantages vitaux essentiels à toutes les espèces, même terrestres comme la nôtre. Malgré les graves menaces auxquelles la biodiversité des eaux douces est confrontée, la compréhension et les investissements dans sa protection sont généralement dérisoires par rapport à ceux dirigés vers les domaines terrestre et marin.

     

    Pour aider les efforts visant à combler les lacunes dans les données primaires sur la biodiversité des espèces d'eau douce, le GBIF parrainera les frais de traitement des articles - normalement 624 € - pour les seize (16) premiers manuscrits acceptés par le Journal of Limnology pour décrire les jeux de données :

     

     

    La date limite de soumission est le 22 octobre 2022.

    Voir la définition complète des termes ci-dessous.

     

    « Nous sommes fiers de ce numéro spécial traitant de data papers sur la biodiversité des eaux douces en collaboration avec le GBIF », ont déclaré Diego Fontaneto et Michela Rogora, rédacteurs en chef du Journal of Limnology. « À une époque de perte de biodiversité et de pénurie d'eau, nous espérons que cet appel relancera l'intérêt pour les inventaires de la biodiversité des eaux douces. »

     

    partagent un intérêt à soutenir les programmes de recherche et de politiques pour la biodiversité d'eau douce à toutes les échelles », a déclaré Joe Miller, secrétaire exécutif du GBIF. « Nous sommes ravis de travailler avec eux pour augmenter la couverture des espèces dans les eaux intérieures du monde tout en nous appuyant sur des initiatives de mobilisation de données déjà réussies, comme nos récents appels à des données sur les vecteurs de maladies humaines et la biodiversité des sols. »

     

     

    Instructions détaillées

    Les auteurs doivent préparer le manuscrit en anglais et le soumettre conformément au guide pour les auteurs du Journal of Limmology avant le 22 octobre 2022.

     

    Le parrainage est limité selon le principe du premier arrivé, premier servi aux seize (16) premières soumissions acceptées pour répondre à ces critères, de sorte que l'appel à soumissions peut clôturer la date limite indiquée. Les auteurs peuvent contribuer à plus d'un manuscrit, mais la division artificielle des données logiquement uniformes et des récits de données, ou « tactique du salami », n'est pas autorisée.

     

    Les publications sélectionnées paraîtront dans un numéro spécial du Journal of Limnology fin 2022 ou début 2023. Le Journal est indexé à la fois dans Web of Science Impact Factor 1.673) et Scopus (CiteScore : 3.4).

     

    Les locuteurs non natifs de l'anglais doivent s'assurer que leurs manuscrits soient vérifiés soit par des locuteurs natifs, soit par des éditeurs professionnels de langue anglaise avant la soumission. Vous pouvez créditer ces personnes en tant que « contributeur ». Les contributeurs ne sont pas répertoriés comme co-auteurs mais peuvent vous aider à améliorer vos manuscrits. Les soumissions mal écrites seront rejetées avant le processus d'examen par les pairs.

     

    En plus des instructions aux auteurs, les manuscrits doivent faire référence au jeu de données en :
    a) citant le DOI du jeu de données
    b) apparaissant dans la liste des références de l'article
    c) en incluant "GBIF Freshwater" dans les données du projet : titre et "2022" dans les données du projet : Identifiant dans les métadonnées du jeu de données.

     

    Définition des termes utilisés

    Jeux de données avec une pertinence de recherche claire pour les espèces habitant ou dépendant des habitats d'eau douce

    Cet appel sponsorisé pour des data papers a un accent thématique sur les espèces qui dépendent des environnements d'eau douce. Les jeux de données peuvent contenir des enregistrements de « prises accessoires » pour des espèces terrestres ou marines, mais la grande majorité - environ 80 % - de tous les enregistrements d'un jeu de données donné doit concerner des espèces qui dépendent incontestablement des environnements d'eau douce pendant au moins une partie de leur vie.

     

    Les auteurs peuvent préparer des data papers décrivant des jeux de données de listes de contrôle, d'occurrences ou d'événements d'échantillonnage; cet article de blog peut aider les auteurs à déterminer la classe la plus appropriée pour organiser leurs données.
    Voir des exemples de jeux de données de listes de contrôle, d'occurrences, et d'événements d'échantillonnage existants.

     

    Jeux de données avec plus de 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org

    Les jeux de données doivent contenir environ 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org en 2022. Les jeux de données de liste de contrôle et d'événements d'échantillonnage en dessous du seuil peuvent être considérés comme éligibles sur la base d'une valeur exceptionnelle et traités au cas par cas par l'éditeur. Les unités publiables minimales, la "tactique du salami" et les articles de version de jeux de données sont découragés : les jeux de données doivent être publiés dans leur état d'origine, non rogné.

     

    De jeux de données sont, par nature, dynamiques, et tandis qu'un data paper promeut et décrit le jeu de données dans son état actuel au moment de la soumission, le lien du jeu de données peut et souvent se résoudra à la ressource en ligne en évolution. Par conséquent, un data paper devrait idéalement être rédigé de manière à servir de vitrine, de citation bibliographique et de source permanente pour le jeu de données.

     

    Jeux de données avec des données et des métadonnées de haute qualité

    Les auteurs doivent commencer par publier un jeu de données composé de données et de métadonnées qui répondent aux exigences de qualité des données énoncées par le GBIF. Cet effort impliquera probablement de travailler sur une installation du GBIF Integrated Publishing Toolkit. Si l'archive Darwin Core est construite ailleurs, l'utilisation du GBIF Data Validator est recommandée avant la publication.

     

    Daphnie (Daphnia galeata Sars, 1864), observée en Russie par Ivan , sous license CC BY-NC 4.0.

     

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  • Les données fournies par le GBIF utilisées dans un quart de toutes les évaluations de la Liste rouge de l'UICN

    Le réseau d'experts de l'UICN a utilisé les données du GBIF dans 25 % des évaluations nouvelles et mises à jour incluses dans la récente mise à jour de la Liste rouge de l'UICN des espèces menacées™ (Liste rouge).

     

    Ces dernières évaluations de la Liste rouge ont analysé le risque d'extinction auquel sont confrontées plus de 7 500 espèces, comprenant des centaines de plantes vasculaires, de poissons, de reptiles et d'amphibiens ainsi que des dizaines d'insectes et de mammifères. Les citations d'utilisation des données de 140 téléchargements identifiés de manière unique avec des DOI améliorent la transparence et la reproductibilité d'une partie des 1 839 évaluations citant l'utilisation du GBIF comme source de données dans leur bibliographie.

     

    Les contributions du réseau GBIF à la Liste rouge ne se limitent pas aux données. Une équipe de l'Institut national ougandais de recherche sur les ressources halieutiques (NaFiRRI) dirigée par Laban Musinguzi, actuellement sous-traitant de soutien régional du GBIF pour l'Afrique, a examiné les poissons d'eau douce afrotropicaux et a contribué à 29 nouvelles évaluations, chacune fournissant des liens directs vers les données du GBIF étayant leurs conclusions.

     

    Plus de la moitié des espèces évaluées incluses dans la mise à jour sont classées dans la catégorie Préoccupation mineure, cependant, près de 2 500 espèces sont considérées comme menacées (c'est-à-dire vulnérables, en voie de disparition ou en danger critique d'extinction), tandis que 21 espèces sont considérées comme éteintes. Cela inclut le barbeau géant de l'atlas (Labeobarbus reinii), un poisson d'eau douce endémique au Maroc qui a été signalé pour la dernière fois en 2001.

     

    Connu pour ses migrations du Mexique et de la Californie en hiver vers les aires de reproduction estivale à travers les États-Unis et le Canada, le papillon monarque migrateur (Danaus plexippus subsp. plexippus) est l'un des nouveaux ajouts à la Liste. Les évaluateurs ont utilisé les occurrences médiées par le GBIF pour cartographier la distribution et calculer l'étendue et la zone d'occurrence, classant le papillon comme étant en danger selon les critères A2ab de la Liste rouge.

     

    « L'évaluation de la Liste rouge de l'UICN pour le monarque migrateur place l'état de conservation de cette sous-espèce emblématique dans un contexte mondial. Il est clair que davantage doit être fait pour protéger ce papillon et sa migration unique », a déclaré Anna Walker, qui, en tant qu'espèce L'agent de survie de la New Mexico BioPark Society et membre du groupe de spécialistes des papillons et des papillons de nuit de la Commission de la survie des espèces de l'UICN a dirigé l'évaluation du monarque migrateur. Elle a poursuivi : « Le processus d'évaluation a été facilité par l'utilisation des données d'occurrence du GBIF. Les informations sur la distribution sont essentielles pour comprendre le risque d'extinction de toute espèce. Le GBIF est une ressource inestimable pour accéder à des données d'occurrence précises et à jour. »

     

     

    Danaus plexippus subsp. plexippusobservé à Querétaro, Mexique par Christine Cieslak Campelo - CC BY-NC 4.0

     

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mardi 5 juillet 2022

  • BioDT pour faire progresser les capacités de recherche pour la protection et la restauration de la biodiversité

    Un consortium de 22 partenaires dirigé par le Finlandais CSC - IT Center for Science vise à repousser les limites actuelles de la compréhension prédictive de la dynamique de la biodiversité en développant un Biodiversity Digital Twin (BioDT) - Jumeau numérique de la biodiversité -, une infrastructure de pointe qui fournit une modélisation, une simulation et une prédiction avancées. capacités de recherche à long terme sur la biodiversité.

     

    « BioDT sera un projet phare en tant que l'une des premières initiatives de recherche à l'échelle européenne à bénéficier de l'accès au supercalculateur EuroHPC LUMI », a déclaré Jesse Harrison, chef de projet de CSC pour BioDT.
    « Cette infrastructure améliorera directement la capacité des chercheurs à relever les défis mondiaux liés à la perte de biodiversité et à la crise climatique, tels que la sécurité alimentaire, les épidémies et les changements apportés aux principales espèces préoccupantes pour les politiques. »

     

    BioDT entend renforcer les prédictions des chercheurs sur la dynamique de la biodiversité mondiale et la manière dont les espèces interagissent avec leur environnement et entre elles. Produire des analyses quantitatives précises est extrêmement difficile en raison de la complexité des processus impliqués. Mais comprendre les forces qui façonnent la biodiversité est essentiel pour gérer les ressources naturelles et atteindre les objectifs de la stratégie de l'UE pour la biodiversité à l'horizon 2030 visant à restaurer la biodiversité en Europe.

     

    En combinant les données et les technologies existantes de manière innovante, BioDT permettra la modélisation et la prédiction des processus d'interaction et de la dynamique entre les espèces et leur environnement de manière applicable dans des domaines allant des sciences de l'environnement, de la terre et du climat à la génomique et aux mathématiques. Les données et les produits du partenariat basé en Europe permettront la modélisation à l'échelle mondiale, fournissant des outils pour promouvoir la gestion durable de la biodiversité de la Terre et de ses écosystèmes.

     

    Les scientifiques des infrastructures de recherche participantes utiliseront le BioDT pour :

    • améliorer l'observation des changements de la biodiversité en réponse au changement climatique ou à l'activité humaine
    • comprendre la mécanique de la façon dont ces changements se produisent
    • prédire les effets de ces changements.

     

    « Les améliorations apportées à la normalisation, à l'accès et à l'interopérabilité des données continuent de façonner la modélisation et la recherche à forte intensité de données dans le domaine de l'informatique de la biodiversité », a déclaré Joe Miller, secrétaire exécutif du GBIF. "Les avancées technologiques et méthodologiques décrites dans BioDT nous aideront à améliorer la qualité, la rapidité et la pertinence des données de recherche écologique et à intensifier les utilisations ciblées dans les sciences fondamentales et appliquées. »

     

    BioDT et son infrastructure deviendront une partie intégrante de Destination Earth, travaillant avec l'ambition de réaliser un jumeau numérique complet de la Terre. Les objectifs à long terme de BioDT sont également étroitement liés à la vision de la Commission d'une infrastructure européenne de calcul et de données robuste et fédérée, et à des initiatives telles que l'European Open Science Cloud (EOSC) et l'entreprise commune européenne pour le calcul à haute performance (EuroHPC JU).

     

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     Ce projet est financé par l'Union européenne.

     

    L'araignée d'eau commune (Aquarius remigis) (Say, 1832), observée aux États-Unis. Photo 2020 Iamlivy via Naturalist Research-grade Observations , sous licence Creative common CC BY-NC 4.0

     

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  • Combattre les maladies à transmission vectorielle grâce aux données

    Le journal GigaByte a publié une série spéciale de 11 articles « Data Release » qui décrivent des ensembles de données sur la biodiversité partagées via le GBIF concernant les vecteurs de maladies humaines.

    Ce numéro spécial présente une grande variété de données - plus de 500 000 nouvelles occurrences d'espèces vectrices dans le monde - relatives à la présence, à la propagation et à la diversité des organismes qui transmettent des virus, des bactéries et des parasites à l'homme. Représentant le travail d'auteurs de 31 pays et territoires, la publication est le produit d'un partenariat entre GigaScience Press et le Programme spécial de recherche et de formation sur les maladies tropicales (TDR), hébergé par l'Organisation mondiale de la santé (OMS).

    L'accès libre et ouvert aux données sur la biodiversité décrites dans les articles permet la recherche et l'analyse nécessaires pour faire face aux menaces et au fardeau croissant que les maladies à transmission vectorielle font peser sur les écosystèmes et la santé humaine. Le travail des auteurs encourage également le partage de données via le GBIF pour suivre et évaluer des espèces particulières, en particulier là où il comble des lacunes géographiques où la présence de ces organismes n'a pas encore été bien documentée.

     

    « Il s'agit d'un effort important pour partager des données sur les vecteurs qui sont essentielles dans la lutte contre les maladies à transmission vectorielle », a déclaré Florence Fouque, scientifique et point focal pour les vecteurs au TDR. « Nous espérons que cela encouragera un partage plus large de ces données. »

     

    La difficulté de mener à bien un appel mondial à de nouvelles données de ce type est réduite en créant des mécanismes d'incitation à la collecte, au partage et à la découverte de données. À l'heure actuelle, l'un des meilleurs moyens de surmonter ces difficultés consiste à publier des data papers, which provide scholarly credit for the researchers whose vital work in this area often fails to receive appropriate recognition. Such papers also serve to drive readers directly to the data available through GBIF.

     

    « La réponse à cette série de documents de données montre l'énorme potentiel d'amélioration de la disponibilité des données sur les espèces liées aux maladies humaines" », a déclaré Tim Hirsch, directeur adjoint du GBIF. « De telles données existent souvent déjà mais sont déconnectées et indisponibles pour une réutilisation, mais par en l'ouvrant aux chercheurs et aux décideurs politiques et en les alertant via des descriptions évaluées par des pairs, nous pouvons soutenir une meilleure compréhension et de meilleures politiques qui reflètent les liens inextricables entre la biodiversité et la santé humaine. »

     

    Scott Edmunds, rédacteur en chef de GigaScience et GigaByte, a fourni un aperçu utile de chacun des articles de la série dans ce billet de blog.

     

    Résumé des articles et des jeux de données de la série

    Auteurs Titre Jeu(x) de données
    Andrade-Filho JD et al. Catalogue en ligne du Coleção de Flebotomíneos (FIOCRUZ/COLFLEB), une collection biologique de phlébotomes américains (Diptères : Psychodidae, Phlebotominae) détenue à Fiocruz Minas, Brésil 10.46471/gigabyte.52 10.15468/sxcpfp
    Marceló-Díaz C et al. Vecteurs d'arbovirus dans les municipalités à haut risque de dengue dans le Cauca, dans le sud-ouest de la Colombie 10.46471/gigabyte.53 10.15472/dxbowv
    Južnič-Zonta Ž et al. Alerte aux moustiques : tirer parti de la science citoyenne pour créer un jeu de données GBIF sur l'occurrence des moustiques 10.46471/gigabyte.54 10.15470/t5a1os
    dos Santos Conceição M et al. Culicidae (Diptera: Culicomorpha) dans la collection 'Ana Leuch Lozovei' du sud du Brésil, avec des notes sur la distribution et la diversité 10.46471/gigabyte.55 10.15468/g7628g
    Paull SH, Thibault KM & Benson AL Données sur l'abondance, la diversité et les agents pathogènes des tiques recueillies par le réseau national d'observatoires écologiques 10.46471/gigabyte.56 10.15468/b52b9z
    Miranda M el al. AIMSurv : première surveillance paneuropéenne harmonisée des espèces de moustiques envahissantes Aedes pertinentes pour les maladies humaines à transmission vectorielle 10.46471/gigabyte.57 10.15470/vs3677
    Van Bortel W et al. MODIRISK : Moustiques vecteurs de maladies, collecte, surveillance et données longitudinales de Belgique 10.46471/gigabyte.58 10.15468/3in3fb 10.15468/4fidg2 10.15468/rwsozv
    Deblauwe I et al. MEMO : Surveillance des moustiques exotiques en Belgique 10.46471/gigabyte.59 10.15468/4u5aub 10.15468/r42fr7
    Godoy RE et al. Enregistrements de phlébotomes (Diptera : Psychodidae : Phlebotominae) à Acre, Brésil : un jeu de données 10.46471/gigabyte.60 10.15468/c9arun
    Shimabukuro PHF et al. Registres d'occurrence et métadonnées pour les phlébotomes (Diptera, Psychodidae, Phlebotominae) collectés sur les terres des peuples autochtones de l'Amazonie brésilienne 10.46471/gigabyte.61 10.15468/28xvr7 10.15468/gt29ub
    Ceccarelli S et al. Occurrences d'espèces de triatomes américains : mises à jour et nouveautés dans la base de données 10.46471/gigabyte.62 10.15468/fbywtn

     


    À propos de GigaByte Journal

    GigaByte est une revue en libre accès et en science ouverte publiée par GigaScience Press, la division Open Access et Open Data Publishing de BGI. Comme avec sa revue sœur, GigaScience, GigaByte publie TOUS les objets de recherche réutilisables et partageables, tels que les données, les outils logiciels et les flux de travail, issus de la recherche axée sur les données, dans le but principal d'adapter la vitesse de publication à la vitesse de la recherche.
    En savoir plus.

     

    À propos de TDR

    TDR, le Programme spécial de recherche et de formation sur les maladies tropicales, est un programme mondial de collaboration scientifique qui aide à faciliter, soutenir et influencer les efforts de lutte contre les maladies de la pauvreté. Il est coparrainé par le Fonds des Nations Unies pour l'enfance (UNICEF), le Programme des Nations Unies pour le développement (PNUD), la Banque mondiale et l'Organisation mondiale de la santén (OMS).

     

    Aedes albopictus (Skuse, 1894), observé par un utilisateur anonyme de Mosquito alert à Sant Celoni, Catalogne, Espagne, sous licence Creative common CC BY-NC 4.0

     

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  • Le secrétariat du GBIF recrute un ingénieur en fiabilité des sites / ingénieur DevOps

    Le secrétariat du GBIF est à la recherche d'un ingénieur expérimenté en fiabilité du site / ingénieur DevOps pour rejoindre notre petite équipe informatique. L'équipe informatique développe, déploie et exploite l'infrastructure et les services d'indexation en temps réel qui alimentent GBIF.org. Nos systèmes desservent des millions d'utilisateurs chaque année et fournissent quotidiennement des milliards d'enregistrements de téléchargements de données.

    Le poste est situé au secrétariat du GBIF à Copenhague, au Danemark, dans une équipe de neuf développeurs et ingénieurs. Voici quelques exemples du type de travail que vous effectuerez :

    • Remplacement de notre installation Hadoop gérée par Cloudera (HDFS, HBase, YARN, Spark)
    • Moderniser notre infrastructure de virtualisation et de calcul avec, par exemple, Kubernetes
    • Mise à niveau, personnalisation et amélioration de nos processus de gestion de serveur (Ansible)
    • Évaluation des moteurs de workflow et supervision de la migration depuis Apache Oozie

    Le niveau de salaire annuel pour le poste équivaut à 91 000,00 € et est exonéré de l'impôt danois sur le revenu.

     

    Fonction et description du poste

    • Planification de la capacité et configuration des serveurs colocalisés (3 racks, hébergés dans un centre de données universitaire).
    • Effectuer des tâches opérationnelles quotidiennes sur l'infrastructure de GBIF (déploiement, maintenance, configuration, dépannage, surveillance) tout en développant et en soutenant des outils et des processus d'automatisation pour les soutenir.
    • Les systèmes de sauvegarde des données et les processus de reprise après sinistre.
    • L'infrastructure de construction et de déploiement, y compris différents environnements de test et le déploiement à chaud de nouveaux services.
    • Gérer la séparation entre l'infrastructure colocalisée et nos services de cloud public (AWS, Azure et GCS).
    • Participer à une assistance sur appel pour aider à maintenir un environnement 24h/24 et 7j/7

     

    Compétences et expérience requises

    • Travailler confortablement et prospérer au sein d'un écosystème Linux
    • Expérience avec des systèmes d'exploitation et de mise à l'échelle avec virtualisation et/ou conteneurisation
    • Expérience des outils d'automatisation comme Ansible, Chef, Puppet et/ou Terraform
    • Expérience dans l'exploitation de systèmes informatiques distribués
    • Expérience en développement logiciel en Java/Scala et Python ou similaire ; vous êtes familiarisé avec les problèmes liés au réglage JVM et aux chemins de classe
    • BS ou MS en informatique ou dans un domaine connexe ou équivalent dans une expérience de travail connexe

     

    Compétences recommandées

    • Utilisation de Kubernetes, Docker Swarm, Mesos ou de plates-formes d'orchestration de conteneurs similaires
    • Expérience dans les environnements de cloud computing, en particulier avec AWS et Azure
    • Connaissance des systèmes de recherche basés sur Lucene (Solr ou Elasticsearch)
    • Expérience dans le développement ou l'exploitation d'Apache Spark, Beam ou de systèmes de traitement de données similaires
    • Compétences en dépannage et débogage des systèmes Linux
    • Intérêt pour les projets de logiciels libres et les communautés

     

    Offre GBIF

    • L'opportunité de travailler sur des données ouvertes et des systèmes open source
    • Une atmosphère d'équipe positive et un cadre de travail dynamique dans une capitale mondiale petite mais dynamique
    • Opportunités de collaborer avec des spécialistes des données, des informaticiens et des développeurs hautement qualifiés au sein du Secrétariat et ailleurs
    • Des perspectives variées et uniques de développement personnel et professionnel
    • Un package de rémunération compétitif

    Nous offrons la possibilité de contribuer de manière significative à un effort international visant à créer et à gérer la plate-forme Web mondiale pour les données ouvertes sur la biodiversité.

     

    Rémunération et conditions

    Les salaires du GBIF sont compétitifs et sont exonérés de l'impôt danois sur le revenu. Le niveau de salaire annuel pour le poste est équivalent à 91 000,00 €.

     

    Les candidats sélectionnés doivent s'installer au Danemark pendant la durée du contrat, et le secrétariat du GBIF obtiendra le permis de séjour et de travail requis auprès du ministère danois des Affaires étrangères. Un forfait de réinstallation est disponible pour le personnel recruté sur le plan international.

     

    Procédure de candidature et date limite

    Pour postuler, veuillez envoyer un curriculum vitae accompagné d'une lettre de motivation, détaillant vos compétences et qualifications et comment vous envisagez d'ajouter de la valeur au GBIF. Les candidats doivent soumettre leur candidature en anglais par e-mail à SRE_Job@gbif.org, et le poste vacant est ouvert jusqu'à ce qu'il soit pourvu. Veuillez indiquer dans l'application où vous avez vu cette annonce.

    Les demandes de renseignements concernant le poste peuvent être adressées à Tim Robertson, responsable de l'informatique, ou à Susanne Sheldon, responsable des ressources humaines.

     


     

    À propos du GBIF

    Le GBIF (Global Biodiversity Information Facility) est un réseau international et une infrastructure de données financés par les gouvernements du monde et visant à fournir à tous, n'importe où, un accès gratuit et ouvert aux données sur tous les types de vie sur Terre.

    Le GBIF est un employeur garantissant l'égalité des chances et accepte les candidatures sans distinction fondée sur le sexe, la couleur, l'origine raciale, sociale ou ethnique, les caractéristiques génétiques, la langue, la religion ou les convictions, les opinions politiques ou toute autre opinion, l'appartenance à une minorité nationale, la fortune, la naissance, le handicap, l'âge ou l'orientation sexuelle, l'état matrimonial ou la situation familiale, ou tout autre statut. Le personnel est recruté sur la base géographique la plus large possible.

     

    Oecophylla smaragdina (Fabricius, 1775) observé à Singapore par Phoebezhouhuixin, sous licence Creative common CC BY-NC 4.0

     

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  • Appel à projets pour mobiliser des données sur la biodiversité des sols

    La biodiversité des sols joue un rôle vital dans les fonctions écosystémiques cruciales autour de la santé humaine, de la nutrition et des loisirs, mais les données sur les organismes qui composent la biodiversité des sols restent sous-représentées dans le GBIF.

     

    fin d'améliorer l'aptitude à l'utilisation des données pour répondre aux questions clés de recherche et de politique, le GBIF et le Soil Biodiversity Observation Network (SoilBON) ont lancé un appel à propositions ouvert à partir de projets pouvant mobiliser des données ouvertes sur la biodiversité des sols.

     

    SoilBON est une collaboration mondiale entre la Global Soil Biodiversity Initiative (GSBI), le Global Soil Laboratory Network (GLOSOLAN), et de nombreux autres partenaires, axée sur une meilleure utilisation des connaissances disponibles sur la biodiversité des sols et les services écosystémiques.

     

    «Cet appel ouvert offre l'occasion de faire la lumière sur les régions d'angle mort », a déclaré Carlos Guerra,co-responsable de SoilBON. « Nous rapprocher de la conservation et de la compréhension de la biodiversité des sols et de ses relations avec les personnes qui dépendent des ressources vivantes du sol pour leur bien-être et leurs moyens de subsistance. »

     

    L'appel soutiendra entre cinq et sept projets au total, les chercheurs sélectionnés recevant jusqu'à 5 000 USD par projet. Toutes les données de cette initiative suivront les normes GBIF et les directives d'octroi de licences de données, et les ensembles de données des régions sous-représentées recevront une attention prioritaire.

     

    La date limite de réception des propositions par SoilBON est le dimanche 10 juillet 2022 à 23h59 MDT (UTC-6).

     

    « Cet appel est essentiel pour combler les lacunes dans les données sur la biodiversité des sols disponibles via le GBIF », a déclaré Dmitry Schigel, responsable scientifique du GBIF. « Cela sous-tend notre objectif de permettre aux chercheurs de découvrir des données plus pertinentes pour les aider à répondre aux questions les plus urgentes dans leurs domaines d'étude. Il est temps que les écologistes des sols aient leur tour. »

     

    Plus d'informations

     

    Dicyrtoma fusca (J.Lubbock, 1873), observé en Allemagne. Photo 2021 Alexis (1821) via Naturalist Research-grade Observations , sous licence Creative common CC BY-NC 4.0

     

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lundi 27 juin 2022

jeudi 2 juin 2022

  • Diversifier le modèle de données du GBIF

    Explorer les idées actuelles pour un modèle commun unifié capable de supporter des capacités étendues de publication de données et les orientations potentielles pour faire évoluer la norme Darwin Core.

     

    Darwin Core - la norme de données la plus utilisée dans la communauté du GBIF - a fourni un cadre simple et efficace pour soutenir la croissance des données d'occurrence des espèces disponibles dans le réseau du GBIF. Mais la simplicité de cette norme, établie et entretenue par les Biodiversity Information Standards (normes d'information sur la biodiversité) (TDWG), présentent des limites importantes lorsqu'il s'agit de mettre en forme des données provenant de sources diverses.

    Lors de la réunion des nœuds mondiaux et la 28e réunion du Conseil d'administration du GBIF en 2021, le chef de l'informatique du GBIF Tim Robertson et l'expert en données sur la biodiversité John Wieczorek ont détaillé des études de cas initiales mettant en évidence ces limites tout en esquissant des approches possibles pour prendre en charge des types de données de biodiversité plus riches et plus complexes.

     

    Webinaire communautaire : 12 avril 2022

    Enregistrement du webinaire communautaire

    Vidéo d'introduction : Diversifier le modèle de données du GBIF

    Diapositives : Diversifier le modèle de données

     

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  • Appel à candidatures pour le prix GBIF 2022 Jeunes chercheurs

    Date limite de réception des nominations des pays membres du GBIF pour les étudiants diplômés dont les recherches innovantes s'appuient sur les données de la biodiversité : 20 juin 2022

    Au nom du réseau des participants nationaux, le secrétariat du GBIF a le plaisir de lancer un appel à candidatures pour le Prix des jeunes chercheurs 2022. Ce programme annuel vise à encourager et à reconnaître les recherches et les découvertes innovantes en matière d'informatique de la biodiversité réalisées par des étudiants diplômés dont les études de maîtrise et de doctorat reposent sur des données issues du GBIF.

    Le programme 2022 offrira deux prix de 5 000 euros récompensant le travail de deux chercheurs en début de carrière - de préférence, un candidat au master et un candidat au doctorat - qui recevront des nominations formelles des chefs de délégation et des responsables de nœuds des pays participants au GBIF.

    Un jury organisé par le Comité scientifique du GBIF sélectionnera deux lauréats parmi les candidats dont les noms auront été reçus par le secrétariat du GBIF avant le 20 juin 2022. Le secrétariat du GBIF annoncera les lauréats au début de l'automne 2022 et les présentera lors de la 29e réunion du conseil d'administration du GBIF (GB29) prévue à Bruxelles en octobre 2022.

     

    Dates limites nationales pour 2022

    La date limite de réception des nominations au secrétariat du GBIF est le 20 juin, mais des délais locaux sont applicables.!

     

    Le GBIF publiera d'autres dates limites nationales au fur et à mesure qu'il les recevra et il publiera des notifications via le flux Twitter du GBIF en utilisant le hashtag #YoungResearchers.

     

    Éligibilité

    Les candidats doivent être inscrits à un programme universitaire de deuxième cycle pour pouvoir prétendre au prix. Les candidats doivent être soit :

    a) citoyens d'un pays participant au GBIF

    or

    b) étudiants d'un établissement situé dans un pays participant au GBIF

     

    Les nominations peuvent provenir de la délégation du GBIF ou du nœud du pays de citoyenneté du candidat ou du pays de l'institution hôte du candidat.

     

    Modalités de candidatures et délais

    Les étudiants souhaitant être nommés doivent s'adresser au chef de délégation ou au responsable du nœud de communication d'un pays participant votant ou associé au GBIF (Voir la liste complète). Les participants nationaux sont responsables de l'établissement de leurs propres délais et processus de réception et de traitement des demandes des étudiants. Par conséquent, les étudiants diplômés qui cherchent à être nommés doivent consulter les sites Web de leurs participants nationaux au GBIF ou contacter directement le chef de délégation ou le responsable du nœud de communication.

    Les propositions d'étudiants sont d'abord examinées et classées par ordre de priorité au niveau national. Les nœuds nationaux du GBIF sont encouragés à travailler en étroite collaboration avec les communautés universitaires et les établissements d'enseignement supérieur de leur pays et à s'adresser aux programmes universitaires et aux groupes de recherche pertinents.

    es chefs de délégation nationaux et/ou les responsables de nœuds de communication peuvent soumettre un maximum de deux candidats par pays au secrétariat du GBIF à l'adresse youngresearchersaward@GBIF.org avant la date limite de candidature : 20 juin 2022. Les chefs de délégation et les responsables de nœuds de communication veilleront à ce que les candidatures soient complètes et comprennent tous les éléments énumérés ci-dessous. Les candidatures avec des propositions incomplètes ne seront pas prises en compte.

     

    Dossier de nomination au prix

    Les candidats doivent préparer leurs dossiers de proposition et de nomination en incluant :

    1. Résumé des recherches (200 mots)
    2. Description du projet (maximum 5 pages, 12-point Arial) qui décrit
      a. La nécessité de la recherche et la ou les questions auxquelles elle répond.
      b. Le rôle des données accessibles par le GBIF pour répondre à ces questions. Les propositions de recherche doivent clairement démontrer comment l'étude intègre les données mobilisées par le GBIF. Les étudiants qui ont des questions sur les données mobilisées par le GBIF doivent travailler avec leurs conseillers académiques, leur nœud national GBIF, le secrétariat du GBIF ou les membres du comité scientifique afin d'améliorer leur compréhension.
      c. La portée de la recherche, le plan, les méthodologies, les citations de la littérature pertinente et le calendrier.
      d. Le cas échéant, une description ou un extrait d'un plan de gestion des données décrivant comment les données liées à la recherche sont publiées ou seront préparées pour être publiées par le réseau GBIF à GBIF.org.
    3. Curriculum vitae de l'étudiant candidat comprenant les coordonnées complètes de l'établissement d'origine.
    4. Documents à fournir
      a. Une lettre officielle du mentor/superviseur de l'étudiant certifiant que le candidat est un étudiant en règle dans le programme d'études supérieures de l'université.
      b. Au moins une, et pas plus de trois, lettres de soutien de chercheurs établis, actifs dans un domaine qui englobe et intègre l'informatique de la biodiversité (par exemple, la génétique, la composition et les traits des espèces, la biogéographie, l'écologie, la systématique, etc.)

     

    Processus et critères de sélection

    Le Comité scientifique du GBIF examinera les nominations et sélectionnera les lauréats des prix pour jeunes chercheurs.

    Les critères d'attribution des prix sont les suivants :

    • Originalité et innovation
    • Utilisation et importance stratégique des données accessibles via le GBIF
    • Efficacité et impact mesurables pour faire progresser l'informatique de la biodiversité et/ou la conservation de la diversité biologique.

    Les propositions qui ne sont pas retenues peuvent être mises à jour et soumises à nouveau pour être prises en considération les années suivantes.

    Les boursiers sont tenus de mentionner le soutien du GBIF lorsqu'ils diffusent les résultats de leurs recherches par le biais de publications évaluées par des pairs, de présentations lors de réunions professionnelles et d'autres médias.

     

    Illustration de Macrolepiota procera (Scop.) Gray, Führer für Pilzfreunde (1821) via Biodiversity Heritage Library, licence Creative common domaine public CC0

     

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mercredi 1er juin 2022

  • Le défi Ebbe Nielsen 2022 recherche des innovations en matière de données ouvertes pour la biodiversité

    Appel à candidatures pour les projets en lice pour les 20 000 € de prix du concours annuel incitatif ouvert.
    Date limite : 14 août 2022

    Le Ebbe Nielsen Challenge 2022 a été lancé dans le but de reconnaître les candidatures innovantes qui exploitent les données et les outils de biodiversité du réseau GBIF pour faire progresser la science ouverte. Un jury d'experts évaluera les projets en fonction de leur ouverture, de leur reproductibilité, de leur pertinence et de leur nouveauté, et présentera un groupe de gagnants sélectionnés qui recevront des prix d'une valeur totale de 20 000 euros.

    Entre le 16 décembre 2021 et le 14 août 2022, les particuliers et les équipes peuvent préparer des outils et des techniques qui améliorent l'accès, l'utilité et la qualité des données ouvertes sur la biodiversité et les soumettre à ce concours annuel incitatif ouvert.

    Les participations au défi peuvent prendre plusieurs formes, car les participants peuvent choisir de développer de nouvelles applications, visualisations, méthodes, flux de travail ou analyses, en utilisant souvent (mais pas toujours) l'API GBIF pour accéder aux données. Les candidatures peuvent également s'appuyer sur les capacités des outils et fonctionnalités existants disponibles sur le réseau GBIF ou les étendre. Nous encourageons les participants à examiner les gagnants précédents ainsi que les participations gagnantes précédentes pour trouver des idées, des problèmes ou des approches que vous pourriez vouloir poursuivre.

    Les candidatures doivent bénéficier à plusieurs groupes de parties prenantes, y compris les utilisateurs de données, les détenteurs de données et les gestionnaires de données. Les participants peuvent également souhaiter examiner la stratégie de communication du GBIF pour voir comment le GBIF définit son public.

    Les lauréats seront annoncés en octobre 2022 lors de la 29e réunion du conseil d'administration du GBIF à Bruxelles.

    Le Challenge honore la mémoire du Dr Ebbe Schmidt Nielsen, n leader inspiré dans les domaines de la biosystématique et de l'informatique de la biodiversité et l'un des principaux fondateurs du GBIF, qui est décédé de façon inattendue juste avant sa création.

     

    Règlement officiel : Défi Ebbe Nielsen 2022 du GBIF
    Formulaire d'inscription : Défi Ebbe Nielsen 2022 du GBIF

     

    Le résumé suivant des règles et exigences ne remplace pas ou ne se substitue pas aux règles officielles. Envoyez vos questions ou demandes d'éclaircissement à ENChallenge@gbif.org.

    Date limite de candidature

    • 14 août 2022, 23h59 heure d'été de l'Europe centrale (UTC+2)

     

    Admissibilité

    Le défi est ouvert aux particuliers, aux équipes de particuliers, aux entreprises et à leurs employés, ainsi qu'aux agences gouvernementales et à leurs employés.

    Le défi n'est pas ouvert aux :

    • Membres actuels du personnel du secrétariat du GBIF
    • Personnes actuellement en contrat direct avec le secrétariat du GBIF
    • Membres du comité scientifique du GBIF
    • Chefs de délégation au GBIF

     

    Modalités de candidature

    Les participants doivent remplir le formulaire de participation, qui fournit des informations sur la participation, notamment :

    • Nom/titre de la candidature
    • Noms et fonctions du ou des membres de l'équipe
    • Résumé et justification
    • Instructions d'utilisation
    • Lien vers des éléments visuels (prototype, démo, vidéo, captures d'écran, diapositives, etc.)
    • Lien(s) vers le matériel de candidature sur tout site web ou dépôt approprié.

    Les juges et le personnel du secrétariat du GBIF doivent être en mesure de :

    • accéder à la présentation et l'exploiter ou l'examiner sans frais
    • l'exploiter sur du matériel facilement disponible (si la proposition est une application autonome)
    • répéter des processus ou des routines, si la proposition est un script ou une autre solution automatisée

     

    Les participants peuvent préparer et documenter leurs propositions sur un référentiel ou une plateforme de leur choix GitHub, Jupyter Notebook, Dryad, FigShare, Open Science Framework ou leur propre site web.

    En encourageant les participants à utiliser des outils qu'ils connaissent déjà et avec lesquels ils sont à l'aise, nous espérons que toute personne intéressée pourra se concentrer sur les questions suivantes : quoi, pourquoi et comment ?

    • ce qu'est la proposition
    • pourquoi elle est importante pour les communautés du GBIF qu'ielle est censée servir
    • comment cela fonctionne.

     

    Que dois-je créer ?

    Le défi Ebbe Nielsen 2022 est délibérément ouvert, de sorte que les participants ont un large mandat pour créer des outils et des techniques qui font progresser la science ouverte et améliorent l'accès, l'utilité ou la qualité des données médiatisées par le GBIF. Les propositions de défi peuvent être de nouvelles applications, des méthodes de visualisation, des flux de travail ou des analyses, ou elles peuvent s'appuyer sur des outils et des fonctionnalités existants et les étendre.

    On s'attend à ce que les candidatures retenues fournissent des solutions pratiques et pragmatiques pour le réseau du GBIF tout en faisant progresser l'informatique et la gestion des données sur la biodiversité en relation avec la mission et le plan stratégique. du GBIF.

     

    Critères

    Un jury d'experts issus de domaines scientifiques, informatiques et technologiques pertinents évaluera les soumissions sur la base des critères suivants :

    • Ouverture et reproductibilité : Les éléments constitutifs de la proposition, comme le code et le contenu, sont-ils librement disponibles et transparents ? Font-ils l'objet d'une licence appropriée ?
    • Applicabilité : La proposition est-elle suffisamment pertinente et étendue pour que les communautés soutenues par le GBIF puissent l'utiliser ou la construire ?
    • Nouveauté : Une partie importante de la proposition a-t-elle été développée spécifiquement pour le défi ? Les propositions basées en grande partie ou entièrement sur des travaux déjà publiés ne sont pas considérées comme des contributions admissibles.

     

    Gagnants et participations aux précédents défis

         
    2021 Gagnants  
    2020 Gagnants  
    2019 Gagnants  
    2018 Gagnants  
    2016 Gagnants Tous les participants
    2015 Gagnants Tous les participants

     

    Formulaire d'inscription : 2020 Ebbe Nielsen Challenge

    Règlement officiel : 2020 GBIF Ebbe Nielsen Challenge

     

    Illustration de l'épervier à tête de mort (Acherontia atropos) provenant de Illustrations of Linnaean genera of insects (1821) via Biodiversity Heritage Library, sous domaine public CC0

     

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  • Le GBIF lance un service de portail de données hébergées

    Après une phase pilote réussie, les nœuds participants et les éditeurs de données sont invités à poser leur candidature pour présenter les données sur la biodiversité mobilisées à l'échelle nationale, régionale, thématique et institutionnelle.

    Le secrétariat du GBIF a le plaisir d'inviter les membres de son réseau à poser leur candidature dans le cadre d'un appel à propositions pour des portails de données hébergées.

    L'appel s'appuie sur une phase pilote menée en 2021 qui a produit huit sites web utilisant les services mondiaux du GBIF pour créer des plateformes simples et personnalisées, chacune ciblant une communauté géographique, taxonomique ou thématique spécifique avec un sous-ensemble de données ouvertes sur la biodiversité qui circulent dans le GBIF.

    Ce service s'appuie sur l'infrastructure mondiale mise en place grâce à la collaboration et aux investissements partagés du GBIF pour fournir aux participants des sites web multilingues personnalisables et portant leur marque. Le résultat répond à de multiples objectifs de visibilité et d'engagement tout en minimisant les coûts et les efforts requis de la part de chaque pays ou institution.

    Les gestionnaires de nœuds du GBIF et les représentants d'une institution ou d'un groupe d'institutions qui publient déjà des données par le biais du GBIF peuvent se porter candidats dès maintenant pour mettre en place un portail hébergé.

     

    Les candidatures

    Les candidatures seront examinées au fur et à mesure, sans date limite, et les candidats potentiels doivent prendre connaissance des informations-clés sur le programme avant de soumettre leur candidature.

    Chaque portail hébergé consiste en un site web simple et personnalisable et en un portail de données hébergé et maintenu sur l'infrastructure du GBIF. La phase pilote du programme en 2021 a vu la mise en service de huit sites qui offrent un accès aux données à travers diverses dimensions du réseau GBIF, du national (Colombie, Afrque du Sud et les États-Unis) et institutionnel (NHM Rotterdam) au régional (Pacifique) et thématique (the German Virtual Herbarium et le Legume Data Portal).

    Les portails hébergés par le GBIF complètent les autres outils et services disponibles pour les membres du réseau en fournissant aux participants des nœuds du GBIF, éditeurs et réseaux avec une présence web stable et de marque, hébergée en toute sécurité au sein de l'infrastructure mondiale. En réduisant les investissements budgétaires consacrés au développement et à l'hébergement de sites web personnalisés, ce service permet aux membres du réseau de livrer les résultats de leurs efforts de mobilisation des données et de se concentrer sur d'autres activités communautaires essentielles comme la gestion des données et l'engagement des parties prenantes.

    « Les nœuds participants et leurs réseaux jouent un rôle essentiel dans la promotion de l'utilisation des données sur la biodiversité mobilisées par le GBIF,» a déclaré Mélianie Raymond, chargée de programme principale pour l'engagement au secrétariat du GBIF. « Grâce à l'esprit de collaboration qui a émergé au cours de la phase pilote, je suis impatiente de voir la communauté utiliser les portails hébergés par le GBIF pour favoriser un engagement plus large et un accès aux données. »

    Les portails hébergés offrent aux nœuds et aux membres du réseau un site web et un point d'accès aux données qui les décrivent, eux et leur travail, en utilisant leur identité visuelle et en prenant en charge l'affichage des langues locales grâce à une traduction réalisée par la communauté. La fonctionnalité de base des portails comprend la recherche avancée de données sur les occurrences, des cartes et des galeries d'images similaires à celles que l'on trouve sur GBIF.org. Les résultats de chaque portail sont limités à une portion géographique, taxonomique ou institutionnelle définie de l'index des données du GBIF.

    La fonctionnalité limitée fournie par les portails hébergés signifie qu'ils ne répondront pas aux besoins de chaque communauté d'utilisateurs. Par exemple, ils ne permettent pas encore de découvrir les ensembles de données des listes de contrôle, de restreindre l'accès aux données sur les espèces sensibles ou de prendre en charge des couches spatiales supplémentaires. Le Secrétariat étudiera la possibilité d'accroître les fonctionnalités à l'avenir, mais les portails hébergés ne doivent pas être considérés comme un substitut à des systèmes plus complexes tels que ceux développés par Living Atlases community en utilisant la plateforme open-source créée à l'origine par Atlas of Living Australia.

    Pour plus d'informations, veuillez adresser vos questions et commentaires sur le programme à hostedportals@gbif.org.

     

    Flabelline mauve de Méditerranée (Flabellina affinis Gmelin, 1791).
    Photo © 2022 itaig95 via iNaturalist Research-grade Observations, sous license CC BY-NC 4.0

     

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  • Consultation pour explorer le rôle des données sur la biodiversité dans le cadre de l'après 2020

    Une discussion en ligne organisée par l'alliance pour la connaissance de la biodiversité vise à améliorer la qualité et la compréhension de la base de preuves primaires pour les indicateurs de biodiversité mondiaux et nationaux.

    Avec l'aide de partenaires-clés à travers l'interface science-politique, l'alliance for biodiversity knowledge (alliance pour la connaissance de la biodiversité) organise une consultation communautaire en amont de la quinzième convention des parties (COP15) à la convention des Nations unies sur la diversité biologique (CBD). Cette consultation vise à recruter et à faire participer les personnes impliquées dans le développement d'indicateurs mondiaux et nationaux dans le cadre du Cadre mondial pour la biodiversité (GBF) post-2020 et des Variables essentielles de la biodiversité (EBVs) de la CBD.

    Un livre blanc, intitulé Primary biodiversity data and the Post-2020 Global Biodiversity Framework, servira de point de départ à une discussion animée de deux semaines sur la dépendance des cadres d'indicateurs précédents et futurs vis-à-vis des données primaires sur la biodiversité.

    L'ordre du jour du webinaire constituera la base d'une consultation de deux semaines portant sur les thèmes suivants :

    • Amélioration des modèles et des normes de données pour une meilleure usabilité
    • Traitement des biais spatiaux, temporels et taxonomiques dans les données primaires sur la biodiversité
    • Accroître la transparence des processus d'élaboration des indicateurs

    Les participants à la discussion exploreront comment améliorer les flux de travail autour des données primaires de la biodiversité sur lesquelles reposent les indicateurs et les EBV et souligneront le rôle-clé des réseaux d'observation de la biodiversité et des services d'information dans la réalisation des objectifs du GBF.

    S'inscrire dès maintenant


    Partenaires de la consultation

     

    Mycène sanguinolent (Mycena sanguinolenta), observée en Norvège.
    Photo © 2020 Kirsti Anne Mandal via le Service norvégien d'observation des espèces (NSOS)

     

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mardi 12 avril 2022

  • Appel à candidature pour chercher à évaluer les risques et les avantages de la publication de données sensibles sur les espèces

    Rapport final pour évaluer la mise en œuvre des protocoles de généralisation et explorer des réponses efficaces pour coordonner la publication de données mondiales sur les espèces sensibles.
    Date limite : 10 mai 2022

    Le secrétariat du GBIF recherche des candidatures de sous-traitants qualifiés pour évaluer les risques et les avantages associés à la publication de données sur les espèces sensibles via le GBIF et proposer une méthodologie cohérente pour l'élaboration de listes mondiales de déclencheurs de données sensibles. L'entrepreneur sélectionné réalisera les travaux dans le cadre d'un contrat de six mois pour un montant forfaitaire de 15 000 €. La date limite de réponse est 10 mai 2022.

    Contexte

    Les données ouvertes sur la biodiversité du réseau GBIF jouent un rôle essentiel dans le soutien à la recherche et à la prise de décision, comme en témoigne l'augmentation d'année en année du nombre de publications utilisant des données diffusées par le GBIF. Les inquiétudes concernant les utilisations inappropriées des données sur les espèces sensibles mettent toutefois en doute la mesure dans laquelle les données sur les espèces sensibles devraient être librement disponibles.

    En 2020, le GBIF a publié des directives mises à jour sur la génération des données sur les espèces sensibles, qui fournissent aux éditeurs de données des protocoles pour générer les données sur les espèces sensibles afin d'atténuer l'impact des menaces potentielles. La capacité des éditeurs de données à appliquer des protocoles de génération dépend de la compréhension des sensibilités au sein des données, qu'elles soient connues de l'éditeur de données ou extraites d'une gamme de listes de contrôle au niveau des espèces (lorsqu'elles existent).

    Cette étude vise à renforcer l'importance des données ouvertes sur la biodiversité et à poser les questions :

    • Dans quelle mesure les données sur les espèces sensibles sont-elles générées ?
    • Comment pouvons-nous améliorer les flux de travail de publication de données à l'échelle mondiale pour garantir que les risques liés à la publication de données sensibles ne l'emportent pas sur les avantages ?

    L'étude

    L'étude commandée devrait comprendre les éléments suivants :

    • Une revue de la littérature pour évaluer et comparer les risques et bénéfices de la publication de données ouvertes sur la biodiversité des espèces sensibles
    • Identifier et analyser (justifications et méthodologies) les listes d'espèces sensibles utilisées au niveau national, régional et mondial et évaluer si la pratique actuelle de publication des données du GBIF suit les directives et protocoles nationaux existants
    • Explorer les options et les mécanismes pour le traitement par le GBIF des données sur les espèces sensibles à l'échelle mondiale

    Nous recherchons la meilleure vue d'ensemble mondiale réalisable dans le délai proposé de six mois, mais nous serions également favorables à des approches qui se concentrent sur des échelles régionales ou locales et/ou des taxons sélectionnés qui permettent une enquête et une illustration plus approfondies. L'étude devrait déboucher sur une publication scientifique publiée dans une revue en libre accès pouvant aider à orienter la coordination mondiale sur la publication de données sur les espèces sensibles.

    Les livrables du projet soumis avec le rapport final doivent inclure une vidéo préenregistrée et un jeu de diapositives (utilisant le modèle GBIF) décrivant l'approche de l'étude et les principales conclusions.

    Le candidat est censé avoir :

    • Une vision claire sur la manière d'identifier la sensibilité des données sur les espèces et à partir de quelles sources de données
    • Une expérience avérée en analyse de données et travail de révision bibliographique, de texte et d'exploration de données
    • Un historique de publications scientifiques en anglais

    Dates-clés

    • Date limite de soumission des propositions : 10 mai 2022
    • Début de contrat prévu : 1er juin 2022
    • Durée du contrat : 1er octobre 2022
    • Remise du premier projet de rapport : 1er octobre 2022
    • Remise du projet final/fin de contrat : 30 novembre 2022

    Lieu

    Il est prévu que le travail soit effectué au port d'attache du candidat sélectionné.

    Frais

    Le secrétariat du GBIF paiera au contractant sélectionné une rémunération fixe de 15 000 € en deux versements.

    Procédure de candidature

    Les candidatures doivent être en anglais et inclure :

    • Un résumé de l'approche que vous adopterez pour le travail, y compris un aperçu potentiel de la méthodologie proposée pour identifier la sensibilité dans les ensembles de données à partir d'ensembles de données mondiaux et nationaux (maximum deux pages, y compris les schémas possibles)
    • Un CV, incluant une liste de publications
    • Exemples et autres moyens de démontrer les qualifications pertinentes à cette proposition que vous avez dirigées ou auxquelles vous avez activement participé au cours des cinq dernières années.

    Soumettez la proposition à info@gbif.org avant le 10 mai 2022.

    Envoyez vos questions et demandes concernant le contrat par e-mail à Andrew Rodrigues, responsable du programme GBIF pour la participation et l'engagement.

     

    Arbre à sang de dragon (Dracaena cinnabari), observé au Yémen, classé Vulnérable (VU) sur la Liste rouge des espèces menacées de l'UICN.
    Photo 2022 Jonathan Newman via iNaturalist Research-grade Observations, sous license CC BY-NC 4.0

     

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  • Le secrétariat du GBIF recrute un ingénieur en fiabilité des sites / ingénieur DevOps

    Nouveau poste pour aider à moderniser et maintenir l'infrastructure technique du GBIF
    Date limite pour postuler : 24 avril 2022

    Le secrétariat du GBIF est à la recherche d'un ingénieur expérimenté en fiabilité du site / ingénieur DevOps pour rejoindre notre petite équipe informatique. L'équipe informatique développe, déploie et exploite l'infrastructure et les services d'indexation en temps réel qui alimentent GBIF.org. Nos systèmes desservent des millions d'utilisateurs chaque année et fournissent quotidiennement des milliards d'enregistrements de téléchargements de données.

    Le poste est situé au secrétariat du GBIF à Copenhague, au Danemark, dans une équipe de neuf développeurs et ingénieurs. Voici quelques exemples du type de travail que vous effectuerez :

    • Remplacement de notre installation Hadoop gérée par Cloudera (HDFS, HBase, YARN, Spark)
    • Moderniser notre infrastructure de virtualisation et de calcul avec, par exemple, Kubernetes
    • Mise à niveau, personnalisation et amélioration de nos processus de gestion de serveur (Ansible)
    • Évaluation des moteurs de workflow et supervision de la migration depuis Apache Oozie

    Fonction et description du poste

    • Planification de la capacité et configuration des serveurs colocalisés (3 racks, hébergés dans un centre de données universitaire)
    • Effectuer des tâches opérationnelles quotidiennes sur l'infrastructure de GBIF (déploiement, maintenance, configuration, dépannage, surveillance) tout en développant et en soutenant des outils et des processus d'automatisation pour les soutenir
    • Les systèmes de sauvegarde des données et les processus de reprise après sinistre
    • L'infrastructure de construction et de déploiement, y compris différents environnements de test et le déploiement à chaud de nouveaux services
    • Gérer la séparation entre l'infrastructure colocalisée et nos services de cloud public (AWS, Azure et GCS)
    • Participer à une assistance sur appel pour aider à maintenir un environnement 24h/24 et 7j/7

    Compétences et expérience requises

    • Comfortable working and thriving within a Linux ecosystem
    • Travailler confortablement et prospérer au sein d'un écosystème Linux
    • Expérience avec des systèmes d'exploitation et de mise à l'échelle avec virtualisation et/ou conteneurisation
    • Expérience des outils d'automatisation comme Ansible, Chef, Puppet et/ou Terraform
    • Expérience dans l'exploitation de systèmes informatiques distribués
    • Expérience en développement logiciel en Java/Scala et Python ou similaire ; vous êtes familiarisé avec les problèmes liés au réglage JVM et aux chemins de classe
    • BS ou MS en informatique ou dans un domaine connexe ou équivalent dans une expérience de travail connexe

    Compétences recommandées et appréciées

    • Utilisation de Kubernetes, Docker Swarm, Mesos ou de plates-formes d'orchestration de conteneurs similaires
    • Expérience dans les environnements de cloud computing, en particulier avec AWS et Azure
    • Connaissance des systèmes de recherche basés sur Lucene (Solr ou Elasticsearch)
    • Expérience dans le développement ou l'exploitation d'Apache Spark, Beam ou de systèmes de traitement de données similaires
    • Compétences en dépannage et débogage des systèmes Linux
    • Intérêt pour les projets de logiciels libres et les communautés

    Offres GBIF

    • L'opportunité de travailler sur des données ouvertes et des systèmes open source
    • Une atmosphère d'équipe positive et un cadre de travail dynamique dans une capitale mondiale petite mais dynamique
    • Opportunités de collaborer avec des spécialistes des données, des informaticiens et des développeurs hautement qualifiés au sein du Secrétariat et ailleurs
    • Des perspectives variées et uniques de développement personnel et professionnel
    • Un package de rémunération compétitif

    Nous offrons la possibilité de contribuer de manière significative à un effort international visant à créer et à gérer la plate-forme Web mondiale pour les données ouvertes sur la biodiversité.

    Rémunération et conditions

    Les salaires du GBIF sont compétitifs et sont exonérés de l'impôt danois sur le revenu.

    Les candidats sélectionnés doivent s'installer au Danemark pendant la durée du contrat, et le secrétariat du GBIF obtiendra le permis de séjour et de travail requis auprès du ministère danois des Affaires étrangères. Un forfait de réinstallation est disponible pour le personnel recruté sur le plan international.

    Procédure de candidature et date limite

    Pour postuler, veuillez envoyer un curriculum vitae accompagné d'une lettre de motivation, détaillant vos compétences et qualifications et comment vous envisagez d'ajouter de la valeur au GBIF. Les candidats doivent soumettre leur candidature en anglais par e-mail à SRE_Job@gbif.org avant la davant la date limite du 24 avril 2022. Veuillez indiquer dans l'application où vous avez vu cette annonce.

    Les demandes de renseignements concernant le poste peuvent être adressées à Tim Robertson, responsable de l'informatique, ou à Susanne Sheldon, responsable des ressources humaines.


    À propos du GBIF

    Le GBIF (Global Biodiversity Information Facility) est un réseau international et une infrastructure de données financés par les gouvernements du monde et visant à fournir à tous, n'importe où, un accès gratuit et ouvert aux données sur tous les types de vie sur Terre.

    Le GBIF est un employeur garantissant l'égalité des chances et accepte les candidatures sans distinction fondée sur le sexe, la couleur, l'origine raciale, sociale ou ethnique, les caractéristiques génétiques, la langue, la religion ou les convictions, les opinions politiques ou toute autre opinion, l'appartenance à une minorité nationale, la fortune, la naissance, le handicap, l'âge ou l'orientation sexuelle, l'état matrimonial ou la situation familiale, ou tout autre statut. Le personnel est recruté sur la base géographique la plus large possible.

     

    Abeille maçonne (Osmia cornuta), observée en Italie.
    Photo 2022 Federico Del Barba via
    iNaturalist Research-grade Observations, sous license CC0.

     

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  • Le Symbiota Support Hub (Centre de service Symbiota) rejoint le GBIF en tant que participant

    Le réseau coordonné par iDigBio et le Biodiversity Knowledge Integration Center de l'Arizona State University devient le 42e participant organisationnel et le 105e en tout.

    Le Symbiota Support Hub (Centre de service Symbiota), une équipe de service et une ressource d'infrastructure prenant en charge un réseau distribué à l'échelle mondiale de 45 portails de recherche thématiques, est devenu le dernier participant associé du GBIF.

    Symbiota est un système de gestion de contenu open source pour la gestion et la mobilisation des données sur la biodiversité, prenant actuellement en charge plus de 1 400 collections de biodiversité qui publient ensemble plus de 70 millions d'enregistrements d'occurrences et 9 millions d'images associées. Les données de 20 portails Symbiota iont déjà accessibles via GBIF.org. Les portails qui fournissent actuellement la plus grande quantité de données comprennent les réseaux régionaux SEINet des herbiers nord-américains et le réseau Symbiota Collections of Arthropods (SCAN). SCAN héberge également VectorBase, le plus grand ensemble de données de vecteurs de maladies humaines via GBIF.

    Le Symbiota Support Hub soutient une communauté d'utilisateurs et de contributeurs qui comprend des gestionnaires de collections, des taxonomistes, des écologistes, du personnel de saisie de données, des programmeurs, des informaticiens et des étudiants. Cette circonscription a dirigé une grande partie de la philosophie globale de conception et de mise en œuvre du logiciel, qui vise à promouvoir à la fois les principes directeurs FAIR et les principes CARE pour la gouvernance des données autochtones.

    « Rejoindre le GBIF marque une étape passionnante pour le Symbiota Support Hub », a déclaré Katie D. Pearson, responsable des données et cheffe de délégation au GBIF. « Cela nous permet d'intégrer pleinement les services de numérisation ascendante fournis par les portails basés sur Symbiota avec la mission du GBIF de mettre gratuitement à disposition des informations complètes sur la biodiversité. »

    « Nous sommes impatients de bâtir sur ce qui est déjà une excellente relation de travail avec le Symbiota Support Hub après leur entrée officielle dans le GBIF", a déclaré Joe Miller, secrétaire exécutif du GBIF. « Leur engagement à abaisser le seuil technique de numérisation des collections dans le monde soutient déjà des programmes tels que information sur la biodiversité pour le développement (BID) et le Fonds d'information sur la biodiversité pour l'Asie (BIFA), et une collaboration plus étroite étendra encore notre impact collectif. »

    Le Symbiota Support Hub, qui est chargé de maintenir et de développer le référentiel central de code et de prendre en charge le réseau de portails, est hébergé au Biodiversity Knowledge Integration Center à l'Arizona State University (qui abrite également le bioréférentiel du National Ecological Observatory Network (NEON). Le Hub reçoit un financement de la U.S. National Science Foundation et le ASU Global Futures Laboratory et a rejoint iDigBio en tant que domaine de services nouvellement intégré à l'automne 2021.

     

    Amsinckia lunaris J.F.Macbrcollecté par Lynn & Charlie Russell à Knoxville, Californie pour le UC Davis Herbarium (CC BY-NC 4.0)

     

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lundi 11 avril 2022

  • Des scientifiques partagent des données sur une chauve-souris africaine redécouverte pour soutenir la conservation des espèces

    Une équipe multinationale d'experts dirigée par Bat Conservation International (BCI), le Rwanda Development Board (RDB)et le Rwanda Wildlife Conservation Association (RWCA) a redécouvert la chauve- souris fer à cheval de Hill (Rhinolophus hilli), une espèce en danger critique d'extinction jamais vue depuis quarante ans. Pour soutenir des efforts plus larges pour comprendre et protéger R. hilli et d'autres chauves-souris en péril, l'équipe a simultanément publié ses conclusions sur la redécouverte et le premier ensemble de données de BCI partagé via GBIF.

    “En entrant dans ce projet, nous craignions que l'espèce n'ait déjà disparu. Redécouvrir la chauve-souris fer à cheval de Hill était incroyable - c'est étonnant de penser que nous sommes les premiers à voir cette chauve-souris depuis si longtemps », a déclaré le Dr Jon Flanders, directeur des interventions sur les espèces menacées de BCI. « Maintenant, notre vrai travail consiste à trouver comment protéger cette espèce pour l'avenir.”

    La redécouverte a marqué le point culminant des efforts d'enquête commencés en 2013, la persévérance de l'équipe ayant porté ses fruits lors d'une expédition de dix jours et nuits dans le parc national de Nyungwe en janvier 2019. « Nous avons immédiatement su que la chauve-souris que nous avions capturée était inhabituelle et remarquable, » a rappelé le Dr Winifred Frick, scientifique en chef au BCI. « Les traits du visage étaient exagérés au point d'être comiques. Les chauves-souris en fer à cheval se distinguent facilement des autres chauves-souris par leur forme caractéristique en fer à cheval et des lambeaux de peau spécialisés sur leur nez. »

    BCI a publié les enregistrements de l'enquête de 2019 ainsi que d'autres recueillis au cours des neuf années de travail sur le terrain du projet. Parmi les autres faits saillants notables de l'ensemble de données, citons le premier enregistrement de la chauve-souris fer à cheval de Lander (Rhinolophus landeri) à Nyungwe et les premières occurrences connues de la chauve-souris laineuse de Damara (Kerivoula argentata) au Rwanda.

    L'équipe de recherche a publié l'ensemble de données accompagné d'une préimpression décrivant les résultats et les méthodes d'enquête actuellement en cours d'examen avec le <Biodiversity Data Journal. Le partage de telles données, même pour une espèce aussi rare, permet à la communauté scientifique internationale de les exploiter immédiatement et d'aider à la conservation et à la recherche visant à documenter et à protéger la diversité des chauves-souris africaines.

    “Le partage des données de l'enquête pour qu'elles soient librement accessibles via le GBIF est aussi important pour la conservation des chauves-souris que les résultats réels", a déclaré le Dr Frick. « Ces données appartiennent à quiconque et à tous ceux qui travaillent pour s'assurer que ces espèces ont des forêts protégées pour se sentir chez elles. Le partage de données ouvertes garantit que nous tenons la promesse que la conservation profite à tous.”

    La scientifique des données du BCI Tina Cheng, a préparé les données avec les conseils de <David Bloom de VertNet, un participant au GBIF et un collaborateur fréquent du réseau.

    Évaluer un fantôme

    L'équipe a soigneusement mesuré la chauve-souris avant de la relâcher dans la nature, ce qui a fourni un signal précoce indiquant qu'elle avait vu l'espèce perdue qu'elle était venue chercher. Le Dr Flanders s'est ensuite rendu dans les archives de musées en Europe pour comparer les seuls spécimens connus afin de vérifier qu'ils avaient localisé la première preuve en 40 ans que la chauve-souris en fer à cheval de Hill existe toujours.

    L'équipe a également recueilli des informations supplémentaires garantissant qu'il sera plus facile de détecter cette espèce insaisissable à l'avenir, après avoir réalisé les tout premiers enregistrements audio des appels d'écholocation que R. hilli émet lorsqu'elle chasse les insectes.

    « Connaître les appels d'écholocation de cette espèce change la donne », a déclaré le Dr Paul Webala, maître de conférences à l'Université Maasai Mara et l'un des principaux scientifiques de l'équipe. Depuis la capture et la libération de la paire de chauves-souris fer à cheval de Hill, les Rangers du parc Nyungwe ont installé des détecteurs pour écouter les chauves-souris pendant leurs vols nocturnes à travers la forêt.

    Les gardes forestiers ont mené des enquêtes audio avec des détecteurs de chauves-souris Wildlife Acoustics dans 23 endroits pendant neuf mois, enregistrant un quart de million de fichiers sonores. L'analyse audio a identifié R. hilli à huit endroits, chacun dans une petite zone. "« Tous les travaux jusqu'à présent confirment qu'il s'agit d'une espèce très rare avec une très petite aire de répartition principale. Nous sommes impatients de collaborer avec le Rwanda Development Board et la Nyungwe Management Company pour renforcer les efforts de conservation existants afin de garantir sa protection », a déclaré le Dr Frick.

    Une planification minutieuse et un solide partenariat entre toutes les agences, organisations et experts impliqués dans cette initiative ont été la clé de son succès, selon le Dr Olivier Nsengimana, fondateur et directeur exécutif de RWCA.

    « Le parc national de Nyungwe est l'une des forêts tropicales de montagne les plus importantes sur le plan biologique d'Afrique centrale, abritant une biodiversité exceptionnelle comprenant de nombreuses espèces rares et endémiques, y compris des chauves-souris », a déclaré Eugene Mutangan, expert en gestion de la conservation au RDB. « Ces résultats renforcent l'importance à la fois de la gestion engagée du Rwanda du parc national de Nyungwe en tant que point chaud de la biodiversité mondiale et de nos actions de conservation et de gestion des espèces. »


    À propos de Bat Conservation International (BCI) - Conservation internationale des chauves-souris

    Fondée en 1982, Bat Conservation Internationalest une organisation mondiale de conservation dédiée à mettre fin à l'extinction des chauves-souris. BCI travaille dans le monde entier pour conserver les grottes, restaurer les habitats critiques en danger et assurer la survie des espèces de chauves-souris du monde.

    À de l'Association rwandaise de conservation de la faune (RWCA)

    RWCA est une organisation rwandaise à but non lucratif qui se consacre à fournir des solutions durables aux problèmes critiques de conservation de la faune au Rwanda et dans la région de l'Afrique de l'Est en utilisant une « approche One Health » holistique et multidisciplinaire.

    À propos du Conseil de développement du Rwanda (RDB)

    RDB est l'institution publique, entre autres, chargée de la gestion des parcs nationaux et du tourisme au Rwanda, et a la formidable charge de la conservation et de la gestion de la faune dans les parcs nationaux, y compris les espèces menacées et leurs habitats. VisitRwanda.com

     

    Une équipe de défenseurs de l'environnement a redécouvert la chauve-souris fer à cheval de Hill (Rhinolophus hilli) après 40 ans. Photo © Jon Flanders, Bat Conservation International.

     

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vendredi 11 mars 2022

  • Le secrétariat du GBIF recrute deux chargés de programme pour le soutien scientifique

    Ces nouveaux postes impliqueront des communautés ciblées afin de maximiser la pertinence des données et leur aptitude à être utilisées pour servir et soutenir des domaines de recherche thématiques.

     

    Date limite de candidature : 18 avril 2022

    Le secrétariat du GBIF est à la recherche de deux personnes énergiques qui combinent une expérience de recherche en réseau et d'excellentes compétences en gestion de projet pour faciliter la mobilisation des flux de données sur la biodiversité via le réseau du GBIF. Les nouveaux responsables de programme pour le soutien scientifique maximiseront la pertinence des données et leur aptitude à être utilisées dans les domaines thématiques prioritaires.

    Ces postes feront progresser le soutien du GBIF à la recherche et à l'interface science-politique, renforceront la mise en œuvre du nouveau cadre stratégique 2023-2027 du GBIF et répondront aux recommandations de la revue des vingt ans du GBIF par CODATA.

    Les nouveaux rôles élargiront la capacité de l'équipe Participation et engagement du secrétariat du GBIF, en travaillant en étroite collaboration avec les nœuds, les éditeurs de données et les communautés d'utilisateurs afin d'optimiser les applications des données médiatisées par le GBIF dans les directions thématiques pertinentes, notamment par le biais de partenariats et de projets financés.

    Les chargés de programme pour le soutien scientifique auront pour mission d'impliquer les principales communautés de producteurs de données, d'utilisateurs de données et d'experts afin de trouver des solutions pragmatiques pour mettre les données en ligne et optimiser leur qualité. Ces efforts ciblés de mobilisation des données garantiront la disponibilité de données pertinentes et permettront de répondre à des questions clés concernant la science de la biodiversité, la conservation et le développement durable.

     

    Fonctions et description du poste

    • Identifier et explorer des partenariats de recherche basés sur des priorités thématiques et engager des communautés cibles de détenteurs et d'utilisateurs de données, en collaboration avec les nœuds, pour améliorer la compréhension par le GBIF de leurs besoins et de leurs pratiques.
    • Identifier les priorités en matière de mobilisation des données, en tenant compte des besoins de la recherche, des politiques et des pratiques, de la disponibilité des données et des lacunes en matière de données dans différentes dimensions et à différentes échelles.
    • Gérer les activités visant à améliorer la représentation et l'utilisation des données par le biais du GBIF, notamment par l'utilisation de services d'assistance thématiques, la promotion d'incitations à la publication de données parmi les chercheurs, les institutions et les communautés professionnelles axées sur les flux de données thématiques.
    • Appliquer et améliorer les lignes directrices, les communications et les autres ressources mises à la disposition des nœuds, des éditeurs de données et des utilisateurs de données, en vue d'accroître l'application de meilleures données pour répondre aux priorités thématiques.
    • Faciliter l'élaboration de cas d'utilisation thématiques et promouvoir le travail d'équipe entre les communautés de détenteurs de données, de chercheurs et de responsables politiques.
    • Concevoir et appliquer des indicateurs de progrès sur la mobilisation, la qualité et l'utilisation des données dans les domaines thématiques prioritaires, afin d'analyser et d'améliorer l'approche des flux de données thématiques.
    • Représenter le GBIF lors de réunions, d'ateliers et de conférences scientifiques.

     

    Priorités thématiques et contexte du projet

    En plus de répondre aux priorités actuelles du GBIF pour améliorer la pertinence des données, les chargés de programme soutiendront les engagements du GBIF en tant que partenaire du projet Biodiversity Digital Twin financé par Horizon Europe. Ces postes seront chargés de gérer la collaboration sur la mobilisation des données et de coordonner les cas d'utilisation liés aux priorités thématiques suivantes :

    • Modélisation de la dynamique des espèces et des services écosystémiques en cas de changement environnemental
    • Interrelations entre la biodiversité et la sécurité alimentaire
    • Modèles et processus écologiques dans les environnements cryptiques (par exemple, sol et aquatique)
    • Recherche à l'appui de solutions de gestion des espèces menacées, envahissantes et exotiques
    • Recherche sur l'interaction entre les espèces de pollinisateurs et prévision des épidémies de maladies infectieuses et à transmission vectorielle.

    Priorités thématiques supplémentaires identifiées dans le cadre du GBIF des programmes de travail 2021 et 2022 comprenant les agents pathogènes, les hôtes, les vecteurs et les réservoirs de maladies, la biodiversité des sols et les écosystèmes d'eau douce. Les deux responsables de programme contribueront au suivi et aux réponses du GBIF à l'évolution de la pertinence et de l'utilisation des données.

     

    Compétences et expérience requises

    • Diplôme universitaire supérieur, expérience et dossier de publications dans la ou les disciplines concernées.
    • Large compréhension des sciences biologiques et écologiques.
    • Motivation personnelle pour maximiser la disponibilité et l'accès aux données dans les domaines de la biodiversité.
    • Expérience de la gestion de projets dans un ou plusieurs secteurs à forte intensité de recherche ou de données, avec la capacité avérée d'équilibrer des missions parallèles tout en fournissant des résultats fiables et cohérents.
    • Connaissance des modèles de gestion des données spécifiques à une discipline et des activités liées au partage et à l'utilisation des données sur la biodiversité.
    • Expérience d'une mise en réseau active dans des communautés de recherche thématique et de données.
    • Compréhension et expérience des approches de modélisation et des méthodes statistiques pour l'analyse des données sur la biodiversité.
    • Solides compétences en matière de communication et de coordination interculturelles, capacité à obtenir des compromis et à garantir la livraison de données dans le cadre de traditions universitaires et de cultures de données.
    • Excellent anglais écrit et parlé
    • Capacité avérée à travailler individuellement et en équipe.
    • Volonté d'effectuer des déplacements liés au travail

     

    Compétences recommandées et appréciées

    • Expérience ou familiarité avec les données sur la biodiversité et l'informatique de la biodiversité ; connaissance des normes de données, du traitement des données et des routines de citation des données.
    • Connaissance des approches de l'informatique en nuage, des superordinateurs, des jumeaux numériques et/ou des atlas numériques dans la recherche sur la biodiversité et les projets de données.
    • Expérience en tant que chercheur principal ou gestionnaire d'un portefeuille de propositions financées, familiarisation avec les rapports de projet.
    • Diriger, coordonner et faire correspondre les compétences des auteurs, des rédacteurs, des examinateurs et des documents de données.
    • Familiarité et expérience participative avec les conventions et organisations liées à la biodiversité à l'interface science-politique.
    • Diriger avec assurance des ateliers, des symposiums et des conférences
    • Expérience en tant qu'éducateur, conseiller ou partisan des données.
    • Maîtrise pratique d'autres langues

     

    Offre du GBIF

    • Un cadre de travail animé dans une capitale balnéaire nordique
    • Atmosphère positive et travail au sein d'une nouvelle équipe soudée.
    • Un cadre international pour élargir votre réseau professionnel et votre expérience.
    • Des défis gratifiants de la coordination des flux de données et des cas d'utilisation à l'échelle mondiale.
    • Possibilités de collaborer avec des spécialistes des données, des informaticiens et des développeurs hautement qualifiés au sein du Secrétariat et ailleurs.
    • Possibilité de jouer le rôle d'auteur principal ou d'auteur coordonnateur dans des publications pertinentes.
    • Des perspectives variées et uniques de développement personnel et professionnel.
    • Une rémunération attractive

    Il s'agit d'opportunités passionnantes pour les personnes de développer ou de s'appuyer sur une expérience internationale dans le soutien de la recherche et des politiques fondées sur des preuves au profit de la science et de la société. Si votre motivation, vos intérêts et votre expérience correspondent à ces exigences, le secrétariat du GBIF est impatient de recevoir vos candidatures.

    Les responsables de programme pour le soutien scientifique rendent compte au responsable scientifique du GBIF.

     

    Rémunération et conditions

    Les salaires de GBIF sont attractifs et sont exonérés de l'impôt sur le revenu danois.

    Les candidats sélectionnés devront s'installer au Danemark pour la durée du contrat, et le secrétariat du GBIF se chargera d'obtenir le permis de séjour et de travail requis auprès du ministère danois des affaires étrangères. Un forfait de relocalisation est disponible pour le personnel recruté au niveau international.

    Procédure de candidature et date limite pour le poste

    Les candidatures à ce poste doivent comprendre :

    • Une lettre de candidature, de deux (2) pages maximum, décrivant votre expérience par rapport aux responsabilités énumérées et aux qualifications requises, et expliquant pourquoi vous pensez être la bonne personne pour ce poste.
    • Un curriculum vitae, de deux (2) pages maximum - mais avec des annexes éventuelles telles que des listes de publications et de projets de données.

    Veuillez soumettre votre candidature en anglais par e-mail à PO_jobs@gbif.org avant le lundi 18 avril 2022, en indiquant où vous avez vu cette annonce.

    Les demandes de renseignements concernant le poste peuvent être adressées au responsable scientifique, Dmitry Schigel, et les questions relatives aux RH au directeur des RH, Susanne Sheldon.

    Les contrats sont proposés pour trois ans avec une possibilité de prolongation. Les entretiens pour les postes devraient avoir lieu en mai 2022. Notre objectif est que les candidats retenus commencent à occuper le poste au cours de l'été 2022, les candidats sont donc priés d'indiquer leur disponibilité dans la lettre de candidature.


    À propos du GBIF

    Le GBIF - Global Biodiversity Information Facility - est un réseau international et une infrastructure de données financés par les gouvernements du monde entier et visant à fournir à quiconque, où qu'il soit, un accès libre et gratuit aux données relatives à tous les types de vie sur Terre.

    GBIF est un employeur qui respecte l'égalité des chances et accepte les candidatures sans distinction de sexe, de couleur, d'origine raciale, sociale ou ethnique, de caractéristiques génétiques, de langue, de religion ou de croyance, d'opinion politique ou de toute autre opinion, d'appartenance à une minorité nationale, de fortune, de naissance, de handicap, d'âge ou d'orientation sexuelle, d'état civil ou de situation familiale, ou de tout autre statut. Le personnel est recruté sur la base géographique la plus large possible.

     

    Punaises d'eau communes (Aquarius remigis) Randolph King via iNaturalist Research-grade Observations, 2021, sous licence CC BY-SA 4.0

     

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mardi 1er mars 2022

mardi 1er février 2022

  • Prix des jeunes chercheurs 2022 du GBIF

    Au nom du réseau des Participants nationaux, le Secrétariat du GBIF a le plaisir d'ouvrir les nominations pour le Prix des jeunes chercheurs 2022.

    Ce programme annuel vise à favoriser et à mettre en valeur la recherche et la découverte innovantes en informatique de la biodiversité par des étudiants diplômés, dont les études de maîtrise et de doctorat reposent sur des données fournies par le GBIF.

    Le programme 2022 offrira deux prix de 5 000 € récompensant le travail de deux chercheurs en début de carrière - de préférence, un travail de niveau master et un de doctorat - ayant été officiellement nominés par des chefs de délégation ou des gestionnaires de nœuds des pays participants au GBIF.

    Un jury organisé par le comité scientifique du GBIF sélectionnera deux lauréats parmi le groupe de candidats dont les noms seront reçus par le secrétariat du GBIF d'ici le 20 juin 2022.

    Le secrétariat du GBIF annoncera les gagnants au début de l'automne 2022 et présentera les gagnants lors de la 29e réunion du Conseil de direction du GBIF (GB29) prévu à Bruxelles en octobre 2022.

     

    Plus d'informations sur cette page (en anglais)


  • Défi Ebbe Nielsen 2022

    Comme les années précédentes, l'édition 2022 du défi Ebbe Nielsen a été lancée dans le but de valoriser les initiatives innovantes qui exploitent les données et les outils de biodiversité du réseau GBIF pour faire progresser la science ouverte.

    Un jury d'experts évaluera les candidatures en fonction de leur ouverture, leur répétabilité, leur pertinence et leur nouveauté, et sélectionnera un groupe de gagnants pour un prix allant jusqu'à un total de 20 000 €.

    Entre le 16 décembre 2021 et le 14 août 2022, les candidatures individuelles ou en équipes peuvent mettre en place des outils et des techniques qui améliorent l'accès, l'utilité et la qualité des données ouvertes sur la biodiversité, et les soumettre à ce concours annuel ouvert à tous.

     

    Les candidatures au défi peuvent prendre plusieurs formes, les participants pouvant choisir de développer de nouvelles applications, visualisations, méthodes, flux de travail ou analyses, en utilisant souvent (mais pas obligatoirement) l'API GBIF pour accéder aux données.

    Les candidatures peuvent également s'appuyer sur ou étendre les capacités des outils et fonctionnalités existants disponibles sur le réseau GBIF.

    Nous encourageons les participants à examiner les propositions gagnantes précédentes pour visualiser des idées, des problèmes ou des approches que vous pourriez souhaiter poursuivre.

    Les propositions doivent bénéficier à plusieurs groupes de parties prenantes, incluant les utilisateurs de données, les détenteurs de données ou les gestionnaires de données.

    Les participants peuvent également consulter la stratégie de communication du GBIF afin de mieux identifier le public visé par le GBIF.

    Les gagnants seront annoncés en octobre 2022 lors de la 29e réunion du conseil d'administration du GBIF à Bruxelles.

    Le Challenge honore la mémoire du Dr Ebbe Schmidt Nielsen, un leader inspirant dans les domaines de la biosystématique et de l'informatique de la biodiversité et l'un des principaux fondateurs du GBIF, décédé subitement juste avant sa création.

     

     

    Date limite de soumission :

    • 14 août 2022, 23h59 Central European Summer Time (UTC+2)

     

    Plus d'informations sur cette page (en anglais).

     

     

    Illustration de sphinx à tête de mort (Acherontia atropos), d'après Illustrations of Linnaean genres of insects (1821) via Biodiversity Heritage Library , aucun droit réservé sous CC0.


vendredi 3 décembre 2021

  • Ouverture des candidatures pour le prix science ouverte des données de la recherche

    Inscrit dans le deuxième Plan national pour la science ouverte, le prix science ouverte données de la recherche veut mettre en lumière aussi bien des projets, des équipes et des jeunes chercheurs engagés dans des pratiques exemplaires de gestion des données de recherche, que des projets de recherche s’appuyant sur des données produites par d’autres.

     

    Le prix comporte plusieurs catégories qui distinguent la capacité à mettre en œuvre les conditions de la réutilisation, à réutiliser des données d’autres dans le cadre d’un projet ou encore des idées ou projets novateurs dans l’ouverture et le partage des données.

     

    Le prix « réutilisation de données » est spécifiquement destiné aux jeunes chercheurs, titulaires ou non (jusqu’à 7 ans après l’année de soutenance de la thèse), ayant privilégié la réutilisation à la création/réacquisition de données dans le cadre de leur projet.

     

    Le prix « créer les conditions de la réutilisation » vise à récompenser entre autres des équipes de recherche qui mettent en œuvre un ou plusieurs des éléments suivants (liste non-exhaustive) :

    • « FAIR by design » : application des principes du FAIR dès la phase d’acquisition de la donnée et tout au long de son cycle de vie ;
    • PGD-Activable ;
    • Créer/enrichir/préparer les jeux de « données de référence » ;
    • Mise en visibilité des données : intelligibilité des jeux de données en dehors de la thématique les ayant produits.

     

    Le prix « mention spéciale du jury », très ouvert, concerne aussi bien des candidatures individuelles que des équipes. Il offre au jury toute latitude pour récompenser des idées et projets exemplaires en terme d’ouverture ou de partage des données. Le jury laisse le champ libre aux candidats pour présenter les projets qu’ils et elles souhaiteraient mettre en avant.

     

    Le dépôt des candidatures est ouvert à partir du jeudi 2 décembre 2021, et se fait par formulaire à télécharger et à retourner complété à : coso-prix-donnees@groupes.renater.fr

    La date limite des candidatures est fixée au  lundi 14 février 2022 à midi.

     

    Chaque projet lauréat se verra récompensé de :

    • 10 000 € pour la catégorie : « réutilisation de données »
    • 5 000€ pour la catégorie : « créer les conditions de la réutilisation »
    • 5 000€ pour la catégorie : « mention spéciale du jury»

     

    Le jury se réserve le choix du nombre de récompenses par catégories.

     

    En bref :

     

    Pour toute question : coso-prix-donnees@groupes.renater.fr

     

    Source : ouvrirlascience.fr


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