GBIF France, ces 365 derniers jours

En tant que membre du Système mondial d’information sur la biodiversité (GBIF) depuis sa création en 2001, la France s’engage à promouvoir l’accès libre et ouvert aux données sur la biodiversité, via Internet.



mardi 5 juillet 2022

  • Combattre les maladies à transmission vectorielle grâce aux données

    Le journal GigaByte a publié une série spéciale de 11 articles « Data Release » qui décrivent des ensembles de données sur la biodiversité partagées via le GBIF concernant les vecteurs de maladies humaines.

    Ce numéro spécial présente une grande variété de données - plus de 500 000 nouvelles occurrences d'espèces vectrices dans le monde - relatives à la présence, à la propagation et à la diversité des organismes qui transmettent des virus, des bactéries et des parasites à l'homme. Représentant le travail d'auteurs de 31 pays et territoires, la publication est le produit d'un partenariat entre GigaScience Press et le Programme spécial de recherche et de formation sur les maladies tropicales (TDR), hébergé par l'Organisation mondiale de la santé (OMS).

    L'accès libre et ouvert aux données sur la biodiversité décrites dans les articles permet la recherche et l'analyse nécessaires pour faire face aux menaces et au fardeau croissant que les maladies à transmission vectorielle font peser sur les écosystèmes et la santé humaine. Le travail des auteurs encourage également le partage de données via le GBIF pour suivre et évaluer des espèces particulières, en particulier là où il comble des lacunes géographiques où la présence de ces organismes n'a pas encore été bien documentée.

     

    « Il s'agit d'un effort important pour partager des données sur les vecteurs qui sont essentielles dans la lutte contre les maladies à transmission vectorielle », a déclaré Florence Fouque, scientifique et point focal pour les vecteurs au TDR. « Nous espérons que cela encouragera un partage plus large de ces données. »

     

    La difficulté de mener à bien un appel mondial à de nouvelles données de ce type est réduite en créant des mécanismes d'incitation à la collecte, au partage et à la découverte de données. À l'heure actuelle, l'un des meilleurs moyens de surmonter ces difficultés consiste à publier des data papers, which provide scholarly credit for the researchers whose vital work in this area often fails to receive appropriate recognition. Such papers also serve to drive readers directly to the data available through GBIF.

     

    « La réponse à cette série de documents de données montre l'énorme potentiel d'amélioration de la disponibilité des données sur les espèces liées aux maladies humaines" », a déclaré Tim Hirsch, directeur adjoint du GBIF. « De telles données existent souvent déjà mais sont déconnectées et indisponibles pour une réutilisation, mais par en l'ouvrant aux chercheurs et aux décideurs politiques et en les alertant via des descriptions évaluées par des pairs, nous pouvons soutenir une meilleure compréhension et de meilleures politiques qui reflètent les liens inextricables entre la biodiversité et la santé humaine. »

     

    Scott Edmunds, rédacteur en chef de GigaScience et GigaByte, a fourni un aperçu utile de chacun des articles de la série dans ce billet de blog.

     

    Résumé des articles et des jeux de données de la série

    Auteurs Titre Jeu(x) de données
    Andrade-Filho JD et al. Catalogue en ligne du Coleção de Flebotomíneos (FIOCRUZ/COLFLEB), une collection biologique de phlébotomes américains (Diptères : Psychodidae, Phlebotominae) détenue à Fiocruz Minas, Brésil 10.46471/gigabyte.52 10.15468/sxcpfp
    Marceló-Díaz C et al. Vecteurs d'arbovirus dans les municipalités à haut risque de dengue dans le Cauca, dans le sud-ouest de la Colombie 10.46471/gigabyte.53 10.15472/dxbowv
    Južnič-Zonta Ž et al. Alerte aux moustiques : tirer parti de la science citoyenne pour créer un jeu de données GBIF sur l'occurrence des moustiques 10.46471/gigabyte.54 10.15470/t5a1os
    dos Santos Conceição M et al. Culicidae (Diptera: Culicomorpha) dans la collection 'Ana Leuch Lozovei' du sud du Brésil, avec des notes sur la distribution et la diversité 10.46471/gigabyte.55 10.15468/g7628g
    Paull SH, Thibault KM & Benson AL Données sur l'abondance, la diversité et les agents pathogènes des tiques recueillies par le réseau national d'observatoires écologiques 10.46471/gigabyte.56 10.15468/b52b9z
    Miranda M el al. AIMSurv : première surveillance paneuropéenne harmonisée des espèces de moustiques envahissantes Aedes pertinentes pour les maladies humaines à transmission vectorielle 10.46471/gigabyte.57 10.15470/vs3677
    Van Bortel W et al. MODIRISK : Moustiques vecteurs de maladies, collecte, surveillance et données longitudinales de Belgique 10.46471/gigabyte.58 10.15468/3in3fb 10.15468/4fidg2 10.15468/rwsozv
    Deblauwe I et al. MEMO : Surveillance des moustiques exotiques en Belgique 10.46471/gigabyte.59 10.15468/4u5aub 10.15468/r42fr7
    Godoy RE et al. Enregistrements de phlébotomes (Diptera : Psychodidae : Phlebotominae) à Acre, Brésil : un jeu de données 10.46471/gigabyte.60 10.15468/c9arun
    Shimabukuro PHF et al. Registres d'occurrence et métadonnées pour les phlébotomes (Diptera, Psychodidae, Phlebotominae) collectés sur les terres des peuples autochtones de l'Amazonie brésilienne 10.46471/gigabyte.61 10.15468/28xvr7 10.15468/gt29ub
    Ceccarelli S et al. Occurrences d'espèces de triatomes américains : mises à jour et nouveautés dans la base de données 10.46471/gigabyte.62 10.15468/fbywtn

     


    À propos de GigaByte Journal

    GigaByte est une revue en libre accès et en science ouverte publiée par GigaScience Press, la division Open Access et Open Data Publishing de BGI. Comme avec sa revue sœur, GigaScience, GigaByte publie TOUS les objets de recherche réutilisables et partageables, tels que les données, les outils logiciels et les flux de travail, issus de la recherche axée sur les données, dans le but principal d'adapter la vitesse de publication à la vitesse de la recherche.
    En savoir plus.

     

    À propos de TDR

    TDR, le Programme spécial de recherche et de formation sur les maladies tropicales, est un programme mondial de collaboration scientifique qui aide à faciliter, soutenir et influencer les efforts de lutte contre les maladies de la pauvreté. Il est coparrainé par le Fonds des Nations Unies pour l'enfance (UNICEF), le Programme des Nations Unies pour le développement (PNUD), la Banque mondiale et l'Organisation mondiale de la santén (OMS).

     

    Aedes albopictus (Skuse, 1894), observé par un utilisateur anonyme de Mosquito alert à Sant Celoni, Catalogne, Espagne, sous licence Creative common CC BY-NC 4.0

     

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  • Le secrétariat du GBIF recrute un ingénieur en fiabilité des sites / ingénieur DevOps

    Le secrétariat du GBIF est à la recherche d'un ingénieur expérimenté en fiabilité du site / ingénieur DevOps pour rejoindre notre petite équipe informatique. L'équipe informatique développe, déploie et exploite l'infrastructure et les services d'indexation en temps réel qui alimentent GBIF.org. Nos systèmes desservent des millions d'utilisateurs chaque année et fournissent quotidiennement des milliards d'enregistrements de téléchargements de données.

    Le poste est situé au secrétariat du GBIF à Copenhague, au Danemark, dans une équipe de neuf développeurs et ingénieurs. Voici quelques exemples du type de travail que vous effectuerez :

    • Remplacement de notre installation Hadoop gérée par Cloudera (HDFS, HBase, YARN, Spark)
    • Moderniser notre infrastructure de virtualisation et de calcul avec, par exemple, Kubernetes
    • Mise à niveau, personnalisation et amélioration de nos processus de gestion de serveur (Ansible)
    • Évaluation des moteurs de workflow et supervision de la migration depuis Apache Oozie

    Le niveau de salaire annuel pour le poste équivaut à 91 000,00 € et est exonéré de l'impôt danois sur le revenu.

     

    Fonction et description du poste

    • Planification de la capacité et configuration des serveurs colocalisés (3 racks, hébergés dans un centre de données universitaire).
    • Effectuer des tâches opérationnelles quotidiennes sur l'infrastructure de GBIF (déploiement, maintenance, configuration, dépannage, surveillance) tout en développant et en soutenant des outils et des processus d'automatisation pour les soutenir.
    • Les systèmes de sauvegarde des données et les processus de reprise après sinistre.
    • L'infrastructure de construction et de déploiement, y compris différents environnements de test et le déploiement à chaud de nouveaux services.
    • Gérer la séparation entre l'infrastructure colocalisée et nos services de cloud public (AWS, Azure et GCS).
    • Participer à une assistance sur appel pour aider à maintenir un environnement 24h/24 et 7j/7

     

    Compétences et expérience requises

    • Travailler confortablement et prospérer au sein d'un écosystème Linux
    • Expérience avec des systèmes d'exploitation et de mise à l'échelle avec virtualisation et/ou conteneurisation
    • Expérience des outils d'automatisation comme Ansible, Chef, Puppet et/ou Terraform
    • Expérience dans l'exploitation de systèmes informatiques distribués
    • Expérience en développement logiciel en Java/Scala et Python ou similaire ; vous êtes familiarisé avec les problèmes liés au réglage JVM et aux chemins de classe
    • BS ou MS en informatique ou dans un domaine connexe ou équivalent dans une expérience de travail connexe

     

    Compétences recommandées

    • Utilisation de Kubernetes, Docker Swarm, Mesos ou de plates-formes d'orchestration de conteneurs similaires
    • Expérience dans les environnements de cloud computing, en particulier avec AWS et Azure
    • Connaissance des systèmes de recherche basés sur Lucene (Solr ou Elasticsearch)
    • Expérience dans le développement ou l'exploitation d'Apache Spark, Beam ou de systèmes de traitement de données similaires
    • Compétences en dépannage et débogage des systèmes Linux
    • Intérêt pour les projets de logiciels libres et les communautés

     

    Offre GBIF

    • L'opportunité de travailler sur des données ouvertes et des systèmes open source
    • Une atmosphère d'équipe positive et un cadre de travail dynamique dans une capitale mondiale petite mais dynamique
    • Opportunités de collaborer avec des spécialistes des données, des informaticiens et des développeurs hautement qualifiés au sein du Secrétariat et ailleurs
    • Des perspectives variées et uniques de développement personnel et professionnel
    • Un package de rémunération compétitif

    Nous offrons la possibilité de contribuer de manière significative à un effort international visant à créer et à gérer la plate-forme Web mondiale pour les données ouvertes sur la biodiversité.

     

    Rémunération et conditions

    Les salaires du GBIF sont compétitifs et sont exonérés de l'impôt danois sur le revenu. Le niveau de salaire annuel pour le poste est équivalent à 91 000,00 €.

     

    Les candidats sélectionnés doivent s'installer au Danemark pendant la durée du contrat, et le secrétariat du GBIF obtiendra le permis de séjour et de travail requis auprès du ministère danois des Affaires étrangères. Un forfait de réinstallation est disponible pour le personnel recruté sur le plan international.

     

    Procédure de candidature et date limite

    Pour postuler, veuillez envoyer un curriculum vitae accompagné d'une lettre de motivation, détaillant vos compétences et qualifications et comment vous envisagez d'ajouter de la valeur au GBIF. Les candidats doivent soumettre leur candidature en anglais par e-mail à SRE_Job@gbif.org, et le poste vacant est ouvert jusqu'à ce qu'il soit pourvu. Veuillez indiquer dans l'application où vous avez vu cette annonce.

    Les demandes de renseignements concernant le poste peuvent être adressées à Tim Robertson, responsable de l'informatique, ou à Susanne Sheldon, responsable des ressources humaines.

     


     

    À propos du GBIF

    Le GBIF (Global Biodiversity Information Facility) est un réseau international et une infrastructure de données financés par les gouvernements du monde et visant à fournir à tous, n'importe où, un accès gratuit et ouvert aux données sur tous les types de vie sur Terre.

    Le GBIF est un employeur garantissant l'égalité des chances et accepte les candidatures sans distinction fondée sur le sexe, la couleur, l'origine raciale, sociale ou ethnique, les caractéristiques génétiques, la langue, la religion ou les convictions, les opinions politiques ou toute autre opinion, l'appartenance à une minorité nationale, la fortune, la naissance, le handicap, l'âge ou l'orientation sexuelle, l'état matrimonial ou la situation familiale, ou tout autre statut. Le personnel est recruté sur la base géographique la plus large possible.

     

    Oecophylla smaragdina (Fabricius, 1775) observé à Singapore par Phoebezhouhuixin, sous licence Creative common CC BY-NC 4.0

     

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  • Appel à projets pour mobiliser des données sur la biodiversité des sols

    La biodiversité des sols joue un rôle vital dans les fonctions écosystémiques cruciales autour de la santé humaine, de la nutrition et des loisirs, mais les données sur les organismes qui composent la biodiversité des sols restent sous-représentées dans le GBIF.

     

    fin d'améliorer l'aptitude à l'utilisation des données pour répondre aux questions clés de recherche et de politique, le GBIF et le Soil Biodiversity Observation Network (SoilBON) ont lancé un appel à propositions ouvert à partir de projets pouvant mobiliser des données ouvertes sur la biodiversité des sols.

     

    SoilBON est une collaboration mondiale entre la Global Soil Biodiversity Initiative (GSBI), le Global Soil Laboratory Network (GLOSOLAN), et de nombreux autres partenaires, axée sur une meilleure utilisation des connaissances disponibles sur la biodiversité des sols et les services écosystémiques.

     

    «Cet appel ouvert offre l'occasion de faire la lumière sur les régions d'angle mort », a déclaré Carlos Guerra,co-responsable de SoilBON. « Nous rapprocher de la conservation et de la compréhension de la biodiversité des sols et de ses relations avec les personnes qui dépendent des ressources vivantes du sol pour leur bien-être et leurs moyens de subsistance. »

     

    L'appel soutiendra entre cinq et sept projets au total, les chercheurs sélectionnés recevant jusqu'à 5 000 USD par projet. Toutes les données de cette initiative suivront les normes GBIF et les directives d'octroi de licences de données, et les ensembles de données des régions sous-représentées recevront une attention prioritaire.

     

    La date limite de réception des propositions par SoilBON est le dimanche 10 juillet 2022 à 23h59 MDT (UTC-6).

     

    « Cet appel est essentiel pour combler les lacunes dans les données sur la biodiversité des sols disponibles via le GBIF », a déclaré Dmitry Schigel, responsable scientifique du GBIF. « Cela sous-tend notre objectif de permettre aux chercheurs de découvrir des données plus pertinentes pour les aider à répondre aux questions les plus urgentes dans leurs domaines d'étude. Il est temps que les écologistes des sols aient leur tour. »

     

    Plus d'informations

     

    Dicyrtoma fusca (J.Lubbock, 1873), observé en Allemagne. Photo 2021 Alexis (1821) via Naturalist Research-grade Observations , sous licence Creative common CC BY-NC 4.0

     

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lundi 27 juin 2022

jeudi 2 juin 2022

  • Diversifier le modèle de données du GBIF

    Explorer les idées actuelles pour un modèle commun unifié capable de supporter des capacités étendues de publication de données et les orientations potentielles pour faire évoluer la norme Darwin Core.

     

    Darwin Core - la norme de données la plus utilisée dans la communauté du GBIF - a fourni un cadre simple et efficace pour soutenir la croissance des données d'occurrence des espèces disponibles dans le réseau du GBIF. Mais la simplicité de cette norme, établie et entretenue par les Biodiversity Information Standards (normes d'information sur la biodiversité) (TDWG), présentent des limites importantes lorsqu'il s'agit de mettre en forme des données provenant de sources diverses.

    Lors de la réunion des nœuds mondiaux et la 28e réunion du Conseil d'administration du GBIF en 2021, le chef de l'informatique du GBIF Tim Robertson et l'expert en données sur la biodiversité John Wieczorek ont détaillé des études de cas initiales mettant en évidence ces limites tout en esquissant des approches possibles pour prendre en charge des types de données de biodiversité plus riches et plus complexes.

     

    Webinaire communautaire : 12 avril 2022

    Enregistrement du webinaire communautaire

    Vidéo d'introduction : Diversifier le modèle de données du GBIF

    Diapositives : Diversifier le modèle de données

     

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  • Appel à candidatures pour le prix GBIF 2022 Jeunes chercheurs

    Date limite de réception des nominations des pays membres du GBIF pour les étudiants diplômés dont les recherches innovantes s'appuient sur les données de la biodiversité : 20 juin 2022

    Au nom du réseau des participants nationaux, le secrétariat du GBIF a le plaisir de lancer un appel à candidatures pour le Prix des jeunes chercheurs 2022. Ce programme annuel vise à encourager et à reconnaître les recherches et les découvertes innovantes en matière d'informatique de la biodiversité réalisées par des étudiants diplômés dont les études de maîtrise et de doctorat reposent sur des données issues du GBIF.

    Le programme 2022 offrira deux prix de 5 000 euros récompensant le travail de deux chercheurs en début de carrière - de préférence, un candidat au master et un candidat au doctorat - qui recevront des nominations formelles des chefs de délégation et des responsables de nœuds des pays participants au GBIF.

    Un jury organisé par le Comité scientifique du GBIF sélectionnera deux lauréats parmi les candidats dont les noms auront été reçus par le secrétariat du GBIF avant le 20 juin 2022. Le secrétariat du GBIF annoncera les lauréats au début de l'automne 2022 et les présentera lors de la 29e réunion du conseil d'administration du GBIF (GB29) prévue à Bruxelles en octobre 2022.

     

    Dates limites nationales pour 2022

    La date limite de réception des nominations au secrétariat du GBIF est le 20 juin, mais des délais locaux sont applicables.!

     

    Le GBIF publiera d'autres dates limites nationales au fur et à mesure qu'il les recevra et il publiera des notifications via le flux Twitter du GBIF en utilisant le hashtag #YoungResearchers.

     

    Éligibilité

    Les candidats doivent être inscrits à un programme universitaire de deuxième cycle pour pouvoir prétendre au prix. Les candidats doivent être soit :

    a) citoyens d'un pays participant au GBIF

    or

    b) étudiants d'un établissement situé dans un pays participant au GBIF

     

    Les nominations peuvent provenir de la délégation du GBIF ou du nœud du pays de citoyenneté du candidat ou du pays de l'institution hôte du candidat.

     

    Modalités de candidatures et délais

    Les étudiants souhaitant être nommés doivent s'adresser au chef de délégation ou au responsable du nœud de communication d'un pays participant votant ou associé au GBIF (Voir la liste complète). Les participants nationaux sont responsables de l'établissement de leurs propres délais et processus de réception et de traitement des demandes des étudiants. Par conséquent, les étudiants diplômés qui cherchent à être nommés doivent consulter les sites Web de leurs participants nationaux au GBIF ou contacter directement le chef de délégation ou le responsable du nœud de communication.

    Les propositions d'étudiants sont d'abord examinées et classées par ordre de priorité au niveau national. Les nœuds nationaux du GBIF sont encouragés à travailler en étroite collaboration avec les communautés universitaires et les établissements d'enseignement supérieur de leur pays et à s'adresser aux programmes universitaires et aux groupes de recherche pertinents.

    es chefs de délégation nationaux et/ou les responsables de nœuds de communication peuvent soumettre un maximum de deux candidats par pays au secrétariat du GBIF à l'adresse youngresearchersaward@GBIF.org avant la date limite de candidature : 20 juin 2022. Les chefs de délégation et les responsables de nœuds de communication veilleront à ce que les candidatures soient complètes et comprennent tous les éléments énumérés ci-dessous. Les candidatures avec des propositions incomplètes ne seront pas prises en compte.

     

    Dossier de nomination au prix

    Les candidats doivent préparer leurs dossiers de proposition et de nomination en incluant :

    1. Résumé des recherches (200 mots)
    2. Description du projet (maximum 5 pages, 12-point Arial) qui décrit
      a. La nécessité de la recherche et la ou les questions auxquelles elle répond.
      b. Le rôle des données accessibles par le GBIF pour répondre à ces questions. Les propositions de recherche doivent clairement démontrer comment l'étude intègre les données mobilisées par le GBIF. Les étudiants qui ont des questions sur les données mobilisées par le GBIF doivent travailler avec leurs conseillers académiques, leur nœud national GBIF, le secrétariat du GBIF ou les membres du comité scientifique afin d'améliorer leur compréhension.
      c. La portée de la recherche, le plan, les méthodologies, les citations de la littérature pertinente et le calendrier.
      d. Le cas échéant, une description ou un extrait d'un plan de gestion des données décrivant comment les données liées à la recherche sont publiées ou seront préparées pour être publiées par le réseau GBIF à GBIF.org.
    3. Curriculum vitae de l'étudiant candidat comprenant les coordonnées complètes de l'établissement d'origine.
    4. Documents à fournir
      a. Une lettre officielle du mentor/superviseur de l'étudiant certifiant que le candidat est un étudiant en règle dans le programme d'études supérieures de l'université.
      b. Au moins une, et pas plus de trois, lettres de soutien de chercheurs établis, actifs dans un domaine qui englobe et intègre l'informatique de la biodiversité (par exemple, la génétique, la composition et les traits des espèces, la biogéographie, l'écologie, la systématique, etc.)

     

    Processus et critères de sélection

    Le Comité scientifique du GBIF examinera les nominations et sélectionnera les lauréats des prix pour jeunes chercheurs.

    Les critères d'attribution des prix sont les suivants :

    • Originalité et innovation
    • Utilisation et importance stratégique des données accessibles via le GBIF
    • Efficacité et impact mesurables pour faire progresser l'informatique de la biodiversité et/ou la conservation de la diversité biologique.

    Les propositions qui ne sont pas retenues peuvent être mises à jour et soumises à nouveau pour être prises en considération les années suivantes.

    Les boursiers sont tenus de mentionner le soutien du GBIF lorsqu'ils diffusent les résultats de leurs recherches par le biais de publications évaluées par des pairs, de présentations lors de réunions professionnelles et d'autres médias.

     

    Illustration de Macrolepiota procera (Scop.) Gray, Führer für Pilzfreunde (1821) via Biodiversity Heritage Library, licence Creative common domaine public CC0

     

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mercredi 1er juin 2022

  • Le défi Ebbe Nielsen 2022 recherche des innovations en matière de données ouvertes pour la biodiversité

    Appel à candidatures pour les projets en lice pour les 20 000 € de prix du concours annuel incitatif ouvert.
    Date limite : 14 août 2022

    Le Ebbe Nielsen Challenge 2022 a été lancé dans le but de reconnaître les candidatures innovantes qui exploitent les données et les outils de biodiversité du réseau GBIF pour faire progresser la science ouverte. Un jury d'experts évaluera les projets en fonction de leur ouverture, de leur reproductibilité, de leur pertinence et de leur nouveauté, et présentera un groupe de gagnants sélectionnés qui recevront des prix d'une valeur totale de 20 000 euros.

    Entre le 16 décembre 2021 et le 14 août 2022, les particuliers et les équipes peuvent préparer des outils et des techniques qui améliorent l'accès, l'utilité et la qualité des données ouvertes sur la biodiversité et les soumettre à ce concours annuel incitatif ouvert.

    Les participations au défi peuvent prendre plusieurs formes, car les participants peuvent choisir de développer de nouvelles applications, visualisations, méthodes, flux de travail ou analyses, en utilisant souvent (mais pas toujours) l'API GBIF pour accéder aux données. Les candidatures peuvent également s'appuyer sur les capacités des outils et fonctionnalités existants disponibles sur le réseau GBIF ou les étendre. Nous encourageons les participants à examiner les gagnants précédents ainsi que les participations gagnantes précédentes pour trouver des idées, des problèmes ou des approches que vous pourriez vouloir poursuivre.

    Les candidatures doivent bénéficier à plusieurs groupes de parties prenantes, y compris les utilisateurs de données, les détenteurs de données et les gestionnaires de données. Les participants peuvent également souhaiter examiner la stratégie de communication du GBIF pour voir comment le GBIF définit son public.

    Les lauréats seront annoncés en octobre 2022 lors de la 29e réunion du conseil d'administration du GBIF à Bruxelles.

    Le Challenge honore la mémoire du Dr Ebbe Schmidt Nielsen, n leader inspiré dans les domaines de la biosystématique et de l'informatique de la biodiversité et l'un des principaux fondateurs du GBIF, qui est décédé de façon inattendue juste avant sa création.

     

    Règlement officiel : Défi Ebbe Nielsen 2022 du GBIF
    Formulaire d'inscription : Défi Ebbe Nielsen 2022 du GBIF

     

    Le résumé suivant des règles et exigences ne remplace pas ou ne se substitue pas aux règles officielles. Envoyez vos questions ou demandes d'éclaircissement à ENChallenge@gbif.org.

    Date limite de candidature

    • 14 août 2022, 23h59 heure d'été de l'Europe centrale (UTC+2)

     

    Admissibilité

    Le défi est ouvert aux particuliers, aux équipes de particuliers, aux entreprises et à leurs employés, ainsi qu'aux agences gouvernementales et à leurs employés.

    Le défi n'est pas ouvert aux :

    • Membres actuels du personnel du secrétariat du GBIF
    • Personnes actuellement en contrat direct avec le secrétariat du GBIF
    • Membres du comité scientifique du GBIF
    • Chefs de délégation au GBIF

     

    Modalités de candidature

    Les participants doivent remplir le formulaire de participation, qui fournit des informations sur la participation, notamment :

    • Nom/titre de la candidature
    • Noms et fonctions du ou des membres de l'équipe
    • Résumé et justification
    • Instructions d'utilisation
    • Lien vers des éléments visuels (prototype, démo, vidéo, captures d'écran, diapositives, etc.)
    • Lien(s) vers le matériel de candidature sur tout site web ou dépôt approprié.

    Les juges et le personnel du secrétariat du GBIF doivent être en mesure de :

    • accéder à la présentation et l'exploiter ou l'examiner sans frais
    • l'exploiter sur du matériel facilement disponible (si la proposition est une application autonome)
    • répéter des processus ou des routines, si la proposition est un script ou une autre solution automatisée

     

    Les participants peuvent préparer et documenter leurs propositions sur un référentiel ou une plateforme de leur choix GitHub, Jupyter Notebook, Dryad, FigShare, Open Science Framework ou leur propre site web.

    En encourageant les participants à utiliser des outils qu'ils connaissent déjà et avec lesquels ils sont à l'aise, nous espérons que toute personne intéressée pourra se concentrer sur les questions suivantes : quoi, pourquoi et comment ?

    • ce qu'est la proposition
    • pourquoi elle est importante pour les communautés du GBIF qu'ielle est censée servir
    • comment cela fonctionne.

     

    Que dois-je créer ?

    Le défi Ebbe Nielsen 2022 est délibérément ouvert, de sorte que les participants ont un large mandat pour créer des outils et des techniques qui font progresser la science ouverte et améliorent l'accès, l'utilité ou la qualité des données médiatisées par le GBIF. Les propositions de défi peuvent être de nouvelles applications, des méthodes de visualisation, des flux de travail ou des analyses, ou elles peuvent s'appuyer sur des outils et des fonctionnalités existants et les étendre.

    On s'attend à ce que les candidatures retenues fournissent des solutions pratiques et pragmatiques pour le réseau du GBIF tout en faisant progresser l'informatique et la gestion des données sur la biodiversité en relation avec la mission et le plan stratégique. du GBIF.

     

    Critères

    Un jury d'experts issus de domaines scientifiques, informatiques et technologiques pertinents évaluera les soumissions sur la base des critères suivants :

    • Ouverture et reproductibilité : Les éléments constitutifs de la proposition, comme le code et le contenu, sont-ils librement disponibles et transparents ? Font-ils l'objet d'une licence appropriée ?
    • Applicabilité : La proposition est-elle suffisamment pertinente et étendue pour que les communautés soutenues par le GBIF puissent l'utiliser ou la construire ?
    • Nouveauté : Une partie importante de la proposition a-t-elle été développée spécifiquement pour le défi ? Les propositions basées en grande partie ou entièrement sur des travaux déjà publiés ne sont pas considérées comme des contributions admissibles.

     

    Gagnants et participations aux précédents défis

         
    2021 Gagnants  
    2020 Gagnants  
    2019 Gagnants  
    2018 Gagnants  
    2016 Gagnants Tous les participants
    2015 Gagnants Tous les participants

     

    Formulaire d'inscription : 2020 Ebbe Nielsen Challenge

    Règlement officiel : 2020 GBIF Ebbe Nielsen Challenge

     

    Illustration de l'épervier à tête de mort (Acherontia atropos) provenant de Illustrations of Linnaean genera of insects (1821) via Biodiversity Heritage Library, sous domaine public CC0

     

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  • Le GBIF lance un service de portail de données hébergées

    Après une phase pilote réussie, les nœuds participants et les éditeurs de données sont invités à poser leur candidature pour présenter les données sur la biodiversité mobilisées à l'échelle nationale, régionale, thématique et institutionnelle.

    Le secrétariat du GBIF a le plaisir d'inviter les membres de son réseau à poser leur candidature dans le cadre d'un appel à propositions pour des portails de données hébergées.

    L'appel s'appuie sur une phase pilote menée en 2021 qui a produit huit sites web utilisant les services mondiaux du GBIF pour créer des plateformes simples et personnalisées, chacune ciblant une communauté géographique, taxonomique ou thématique spécifique avec un sous-ensemble de données ouvertes sur la biodiversité qui circulent dans le GBIF.

    Ce service s'appuie sur l'infrastructure mondiale mise en place grâce à la collaboration et aux investissements partagés du GBIF pour fournir aux participants des sites web multilingues personnalisables et portant leur marque. Le résultat répond à de multiples objectifs de visibilité et d'engagement tout en minimisant les coûts et les efforts requis de la part de chaque pays ou institution.

    Les gestionnaires de nœuds du GBIF et les représentants d'une institution ou d'un groupe d'institutions qui publient déjà des données par le biais du GBIF peuvent se porter candidats dès maintenant pour mettre en place un portail hébergé.

     

    Les candidatures

    Les candidatures seront examinées au fur et à mesure, sans date limite, et les candidats potentiels doivent prendre connaissance des informations-clés sur le programme avant de soumettre leur candidature.

    Chaque portail hébergé consiste en un site web simple et personnalisable et en un portail de données hébergé et maintenu sur l'infrastructure du GBIF. La phase pilote du programme en 2021 a vu la mise en service de huit sites qui offrent un accès aux données à travers diverses dimensions du réseau GBIF, du national (Colombie, Afrque du Sud et les États-Unis) et institutionnel (NHM Rotterdam) au régional (Pacifique) et thématique (the German Virtual Herbarium et le Legume Data Portal).

    Les portails hébergés par le GBIF complètent les autres outils et services disponibles pour les membres du réseau en fournissant aux participants des nœuds du GBIF, éditeurs et réseaux avec une présence web stable et de marque, hébergée en toute sécurité au sein de l'infrastructure mondiale. En réduisant les investissements budgétaires consacrés au développement et à l'hébergement de sites web personnalisés, ce service permet aux membres du réseau de livrer les résultats de leurs efforts de mobilisation des données et de se concentrer sur d'autres activités communautaires essentielles comme la gestion des données et l'engagement des parties prenantes.

    « Les nœuds participants et leurs réseaux jouent un rôle essentiel dans la promotion de l'utilisation des données sur la biodiversité mobilisées par le GBIF,» a déclaré Mélianie Raymond, chargée de programme principale pour l'engagement au secrétariat du GBIF. « Grâce à l'esprit de collaboration qui a émergé au cours de la phase pilote, je suis impatiente de voir la communauté utiliser les portails hébergés par le GBIF pour favoriser un engagement plus large et un accès aux données. »

    Les portails hébergés offrent aux nœuds et aux membres du réseau un site web et un point d'accès aux données qui les décrivent, eux et leur travail, en utilisant leur identité visuelle et en prenant en charge l'affichage des langues locales grâce à une traduction réalisée par la communauté. La fonctionnalité de base des portails comprend la recherche avancée de données sur les occurrences, des cartes et des galeries d'images similaires à celles que l'on trouve sur GBIF.org. Les résultats de chaque portail sont limités à une portion géographique, taxonomique ou institutionnelle définie de l'index des données du GBIF.

    La fonctionnalité limitée fournie par les portails hébergés signifie qu'ils ne répondront pas aux besoins de chaque communauté d'utilisateurs. Par exemple, ils ne permettent pas encore de découvrir les ensembles de données des listes de contrôle, de restreindre l'accès aux données sur les espèces sensibles ou de prendre en charge des couches spatiales supplémentaires. Le Secrétariat étudiera la possibilité d'accroître les fonctionnalités à l'avenir, mais les portails hébergés ne doivent pas être considérés comme un substitut à des systèmes plus complexes tels que ceux développés par Living Atlases community en utilisant la plateforme open-source créée à l'origine par Atlas of Living Australia.

    Pour plus d'informations, veuillez adresser vos questions et commentaires sur le programme à hostedportals@gbif.org.

     

    Flabelline mauve de Méditerranée (Flabellina affinis Gmelin, 1791).
    Photo © 2022 itaig95 via iNaturalist Research-grade Observations, sous license CC BY-NC 4.0

     

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  • Consultation pour explorer le rôle des données sur la biodiversité dans le cadre de l'après 2020

    Une discussion en ligne organisée par l'alliance pour la connaissance de la biodiversité vise à améliorer la qualité et la compréhension de la base de preuves primaires pour les indicateurs de biodiversité mondiaux et nationaux.

    Avec l'aide de partenaires-clés à travers l'interface science-politique, l'alliance for biodiversity knowledge (alliance pour la connaissance de la biodiversité) organise une consultation communautaire en amont de la quinzième convention des parties (COP15) à la convention des Nations unies sur la diversité biologique (CBD). Cette consultation vise à recruter et à faire participer les personnes impliquées dans le développement d'indicateurs mondiaux et nationaux dans le cadre du Cadre mondial pour la biodiversité (GBF) post-2020 et des Variables essentielles de la biodiversité (EBVs) de la CBD.

    Un livre blanc, intitulé Primary biodiversity data and the Post-2020 Global Biodiversity Framework, servira de point de départ à une discussion animée de deux semaines sur la dépendance des cadres d'indicateurs précédents et futurs vis-à-vis des données primaires sur la biodiversité.

    L'ordre du jour du webinaire constituera la base d'une consultation de deux semaines portant sur les thèmes suivants :

    • Amélioration des modèles et des normes de données pour une meilleure usabilité
    • Traitement des biais spatiaux, temporels et taxonomiques dans les données primaires sur la biodiversité
    • Accroître la transparence des processus d'élaboration des indicateurs

    Les participants à la discussion exploreront comment améliorer les flux de travail autour des données primaires de la biodiversité sur lesquelles reposent les indicateurs et les EBV et souligneront le rôle-clé des réseaux d'observation de la biodiversité et des services d'information dans la réalisation des objectifs du GBF.

    S'inscrire dès maintenant


    Partenaires de la consultation

     

    Mycène sanguinolent (Mycena sanguinolenta), observée en Norvège.
    Photo © 2020 Kirsti Anne Mandal via le Service norvégien d'observation des espèces (NSOS)

     

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mardi 12 avril 2022

  • Appel à candidature pour chercher à évaluer les risques et les avantages de la publication de données sensibles sur les espèces

    Rapport final pour évaluer la mise en œuvre des protocoles de généralisation et explorer des réponses efficaces pour coordonner la publication de données mondiales sur les espèces sensibles.
    Date limite : 10 mai 2022

    Le secrétariat du GBIF recherche des candidatures de sous-traitants qualifiés pour évaluer les risques et les avantages associés à la publication de données sur les espèces sensibles via le GBIF et proposer une méthodologie cohérente pour l'élaboration de listes mondiales de déclencheurs de données sensibles. L'entrepreneur sélectionné réalisera les travaux dans le cadre d'un contrat de six mois pour un montant forfaitaire de 15 000 €. La date limite de réponse est 10 mai 2022.

    Contexte

    Les données ouvertes sur la biodiversité du réseau GBIF jouent un rôle essentiel dans le soutien à la recherche et à la prise de décision, comme en témoigne l'augmentation d'année en année du nombre de publications utilisant des données diffusées par le GBIF. Les inquiétudes concernant les utilisations inappropriées des données sur les espèces sensibles mettent toutefois en doute la mesure dans laquelle les données sur les espèces sensibles devraient être librement disponibles.

    En 2020, le GBIF a publié des directives mises à jour sur la génération des données sur les espèces sensibles, qui fournissent aux éditeurs de données des protocoles pour générer les données sur les espèces sensibles afin d'atténuer l'impact des menaces potentielles. La capacité des éditeurs de données à appliquer des protocoles de génération dépend de la compréhension des sensibilités au sein des données, qu'elles soient connues de l'éditeur de données ou extraites d'une gamme de listes de contrôle au niveau des espèces (lorsqu'elles existent).

    Cette étude vise à renforcer l'importance des données ouvertes sur la biodiversité et à poser les questions :

    • Dans quelle mesure les données sur les espèces sensibles sont-elles générées ?
    • Comment pouvons-nous améliorer les flux de travail de publication de données à l'échelle mondiale pour garantir que les risques liés à la publication de données sensibles ne l'emportent pas sur les avantages ?

    L'étude

    L'étude commandée devrait comprendre les éléments suivants :

    • Une revue de la littérature pour évaluer et comparer les risques et bénéfices de la publication de données ouvertes sur la biodiversité des espèces sensibles
    • Identifier et analyser (justifications et méthodologies) les listes d'espèces sensibles utilisées au niveau national, régional et mondial et évaluer si la pratique actuelle de publication des données du GBIF suit les directives et protocoles nationaux existants
    • Explorer les options et les mécanismes pour le traitement par le GBIF des données sur les espèces sensibles à l'échelle mondiale

    Nous recherchons la meilleure vue d'ensemble mondiale réalisable dans le délai proposé de six mois, mais nous serions également favorables à des approches qui se concentrent sur des échelles régionales ou locales et/ou des taxons sélectionnés qui permettent une enquête et une illustration plus approfondies. L'étude devrait déboucher sur une publication scientifique publiée dans une revue en libre accès pouvant aider à orienter la coordination mondiale sur la publication de données sur les espèces sensibles.

    Les livrables du projet soumis avec le rapport final doivent inclure une vidéo préenregistrée et un jeu de diapositives (utilisant le modèle GBIF) décrivant l'approche de l'étude et les principales conclusions.

    Le candidat est censé avoir :

    • Une vision claire sur la manière d'identifier la sensibilité des données sur les espèces et à partir de quelles sources de données
    • Une expérience avérée en analyse de données et travail de révision bibliographique, de texte et d'exploration de données
    • Un historique de publications scientifiques en anglais

    Dates-clés

    • Date limite de soumission des propositions : 10 mai 2022
    • Début de contrat prévu : 1er juin 2022
    • Durée du contrat : 1er octobre 2022
    • Remise du premier projet de rapport : 1er octobre 2022
    • Remise du projet final/fin de contrat : 30 novembre 2022

    Lieu

    Il est prévu que le travail soit effectué au port d'attache du candidat sélectionné.

    Frais

    Le secrétariat du GBIF paiera au contractant sélectionné une rémunération fixe de 15 000 € en deux versements.

    Procédure de candidature

    Les candidatures doivent être en anglais et inclure :

    • Un résumé de l'approche que vous adopterez pour le travail, y compris un aperçu potentiel de la méthodologie proposée pour identifier la sensibilité dans les ensembles de données à partir d'ensembles de données mondiaux et nationaux (maximum deux pages, y compris les schémas possibles)
    • Un CV, incluant une liste de publications
    • Exemples et autres moyens de démontrer les qualifications pertinentes à cette proposition que vous avez dirigées ou auxquelles vous avez activement participé au cours des cinq dernières années.

    Soumettez la proposition à info@gbif.org avant le 10 mai 2022.

    Envoyez vos questions et demandes concernant le contrat par e-mail à Andrew Rodrigues, responsable du programme GBIF pour la participation et l'engagement.

     

    Arbre à sang de dragon (Dracaena cinnabari), observé au Yémen, classé Vulnérable (VU) sur la Liste rouge des espèces menacées de l'UICN.
    Photo 2022 Jonathan Newman via iNaturalist Research-grade Observations, sous license CC BY-NC 4.0

     

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  • Le secrétariat du GBIF recrute un ingénieur en fiabilité des sites / ingénieur DevOps

    Nouveau poste pour aider à moderniser et maintenir l'infrastructure technique du GBIF
    Date limite pour postuler : 24 avril 2022

    Le secrétariat du GBIF est à la recherche d'un ingénieur expérimenté en fiabilité du site / ingénieur DevOps pour rejoindre notre petite équipe informatique. L'équipe informatique développe, déploie et exploite l'infrastructure et les services d'indexation en temps réel qui alimentent GBIF.org. Nos systèmes desservent des millions d'utilisateurs chaque année et fournissent quotidiennement des milliards d'enregistrements de téléchargements de données.

    Le poste est situé au secrétariat du GBIF à Copenhague, au Danemark, dans une équipe de neuf développeurs et ingénieurs. Voici quelques exemples du type de travail que vous effectuerez :

    • Remplacement de notre installation Hadoop gérée par Cloudera (HDFS, HBase, YARN, Spark)
    • Moderniser notre infrastructure de virtualisation et de calcul avec, par exemple, Kubernetes
    • Mise à niveau, personnalisation et amélioration de nos processus de gestion de serveur (Ansible)
    • Évaluation des moteurs de workflow et supervision de la migration depuis Apache Oozie

    Fonction et description du poste

    • Planification de la capacité et configuration des serveurs colocalisés (3 racks, hébergés dans un centre de données universitaire)
    • Effectuer des tâches opérationnelles quotidiennes sur l'infrastructure de GBIF (déploiement, maintenance, configuration, dépannage, surveillance) tout en développant et en soutenant des outils et des processus d'automatisation pour les soutenir
    • Les systèmes de sauvegarde des données et les processus de reprise après sinistre
    • L'infrastructure de construction et de déploiement, y compris différents environnements de test et le déploiement à chaud de nouveaux services
    • Gérer la séparation entre l'infrastructure colocalisée et nos services de cloud public (AWS, Azure et GCS)
    • Participer à une assistance sur appel pour aider à maintenir un environnement 24h/24 et 7j/7

    Compétences et expérience requises

    • Comfortable working and thriving within a Linux ecosystem
    • Travailler confortablement et prospérer au sein d'un écosystème Linux
    • Expérience avec des systèmes d'exploitation et de mise à l'échelle avec virtualisation et/ou conteneurisation
    • Expérience des outils d'automatisation comme Ansible, Chef, Puppet et/ou Terraform
    • Expérience dans l'exploitation de systèmes informatiques distribués
    • Expérience en développement logiciel en Java/Scala et Python ou similaire ; vous êtes familiarisé avec les problèmes liés au réglage JVM et aux chemins de classe
    • BS ou MS en informatique ou dans un domaine connexe ou équivalent dans une expérience de travail connexe

    Compétences recommandées et appréciées

    • Utilisation de Kubernetes, Docker Swarm, Mesos ou de plates-formes d'orchestration de conteneurs similaires
    • Expérience dans les environnements de cloud computing, en particulier avec AWS et Azure
    • Connaissance des systèmes de recherche basés sur Lucene (Solr ou Elasticsearch)
    • Expérience dans le développement ou l'exploitation d'Apache Spark, Beam ou de systèmes de traitement de données similaires
    • Compétences en dépannage et débogage des systèmes Linux
    • Intérêt pour les projets de logiciels libres et les communautés

    Offres GBIF

    • L'opportunité de travailler sur des données ouvertes et des systèmes open source
    • Une atmosphère d'équipe positive et un cadre de travail dynamique dans une capitale mondiale petite mais dynamique
    • Opportunités de collaborer avec des spécialistes des données, des informaticiens et des développeurs hautement qualifiés au sein du Secrétariat et ailleurs
    • Des perspectives variées et uniques de développement personnel et professionnel
    • Un package de rémunération compétitif

    Nous offrons la possibilité de contribuer de manière significative à un effort international visant à créer et à gérer la plate-forme Web mondiale pour les données ouvertes sur la biodiversité.

    Rémunération et conditions

    Les salaires du GBIF sont compétitifs et sont exonérés de l'impôt danois sur le revenu.

    Les candidats sélectionnés doivent s'installer au Danemark pendant la durée du contrat, et le secrétariat du GBIF obtiendra le permis de séjour et de travail requis auprès du ministère danois des Affaires étrangères. Un forfait de réinstallation est disponible pour le personnel recruté sur le plan international.

    Procédure de candidature et date limite

    Pour postuler, veuillez envoyer un curriculum vitae accompagné d'une lettre de motivation, détaillant vos compétences et qualifications et comment vous envisagez d'ajouter de la valeur au GBIF. Les candidats doivent soumettre leur candidature en anglais par e-mail à SRE_Job@gbif.org avant la davant la date limite du 24 avril 2022. Veuillez indiquer dans l'application où vous avez vu cette annonce.

    Les demandes de renseignements concernant le poste peuvent être adressées à Tim Robertson, responsable de l'informatique, ou à Susanne Sheldon, responsable des ressources humaines.


    À propos du GBIF

    Le GBIF (Global Biodiversity Information Facility) est un réseau international et une infrastructure de données financés par les gouvernements du monde et visant à fournir à tous, n'importe où, un accès gratuit et ouvert aux données sur tous les types de vie sur Terre.

    Le GBIF est un employeur garantissant l'égalité des chances et accepte les candidatures sans distinction fondée sur le sexe, la couleur, l'origine raciale, sociale ou ethnique, les caractéristiques génétiques, la langue, la religion ou les convictions, les opinions politiques ou toute autre opinion, l'appartenance à une minorité nationale, la fortune, la naissance, le handicap, l'âge ou l'orientation sexuelle, l'état matrimonial ou la situation familiale, ou tout autre statut. Le personnel est recruté sur la base géographique la plus large possible.

     

    Abeille maçonne (Osmia cornuta), observée en Italie.
    Photo 2022 Federico Del Barba via
    iNaturalist Research-grade Observations, sous license CC0.

     

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  • Le Symbiota Support Hub (Centre de service Symbiota) rejoint le GBIF en tant que participant

    Le réseau coordonné par iDigBio et le Biodiversity Knowledge Integration Center de l'Arizona State University devient le 42e participant organisationnel et le 105e en tout.

    Le Symbiota Support Hub (Centre de service Symbiota), une équipe de service et une ressource d'infrastructure prenant en charge un réseau distribué à l'échelle mondiale de 45 portails de recherche thématiques, est devenu le dernier participant associé du GBIF.

    Symbiota est un système de gestion de contenu open source pour la gestion et la mobilisation des données sur la biodiversité, prenant actuellement en charge plus de 1 400 collections de biodiversité qui publient ensemble plus de 70 millions d'enregistrements d'occurrences et 9 millions d'images associées. Les données de 20 portails Symbiota iont déjà accessibles via GBIF.org. Les portails qui fournissent actuellement la plus grande quantité de données comprennent les réseaux régionaux SEINet des herbiers nord-américains et le réseau Symbiota Collections of Arthropods (SCAN). SCAN héberge également VectorBase, le plus grand ensemble de données de vecteurs de maladies humaines via GBIF.

    Le Symbiota Support Hub soutient une communauté d'utilisateurs et de contributeurs qui comprend des gestionnaires de collections, des taxonomistes, des écologistes, du personnel de saisie de données, des programmeurs, des informaticiens et des étudiants. Cette circonscription a dirigé une grande partie de la philosophie globale de conception et de mise en œuvre du logiciel, qui vise à promouvoir à la fois les principes directeurs FAIR et les principes CARE pour la gouvernance des données autochtones.

    « Rejoindre le GBIF marque une étape passionnante pour le Symbiota Support Hub », a déclaré Katie D. Pearson, responsable des données et cheffe de délégation au GBIF. « Cela nous permet d'intégrer pleinement les services de numérisation ascendante fournis par les portails basés sur Symbiota avec la mission du GBIF de mettre gratuitement à disposition des informations complètes sur la biodiversité. »

    « Nous sommes impatients de bâtir sur ce qui est déjà une excellente relation de travail avec le Symbiota Support Hub après leur entrée officielle dans le GBIF", a déclaré Joe Miller, secrétaire exécutif du GBIF. « Leur engagement à abaisser le seuil technique de numérisation des collections dans le monde soutient déjà des programmes tels que information sur la biodiversité pour le développement (BID) et le Fonds d'information sur la biodiversité pour l'Asie (BIFA), et une collaboration plus étroite étendra encore notre impact collectif. »

    Le Symbiota Support Hub, qui est chargé de maintenir et de développer le référentiel central de code et de prendre en charge le réseau de portails, est hébergé au Biodiversity Knowledge Integration Center à l'Arizona State University (qui abrite également le bioréférentiel du National Ecological Observatory Network (NEON). Le Hub reçoit un financement de la U.S. National Science Foundation et le ASU Global Futures Laboratory et a rejoint iDigBio en tant que domaine de services nouvellement intégré à l'automne 2021.

     

    Amsinckia lunaris J.F.Macbrcollecté par Lynn & Charlie Russell à Knoxville, Californie pour le UC Davis Herbarium (CC BY-NC 4.0)

     

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lundi 11 avril 2022

  • Des scientifiques partagent des données sur une chauve-souris africaine redécouverte pour soutenir la conservation des espèces

    Une équipe multinationale d'experts dirigée par Bat Conservation International (BCI), le Rwanda Development Board (RDB)et le Rwanda Wildlife Conservation Association (RWCA) a redécouvert la chauve- souris fer à cheval de Hill (Rhinolophus hilli), une espèce en danger critique d'extinction jamais vue depuis quarante ans. Pour soutenir des efforts plus larges pour comprendre et protéger R. hilli et d'autres chauves-souris en péril, l'équipe a simultanément publié ses conclusions sur la redécouverte et le premier ensemble de données de BCI partagé via GBIF.

    “En entrant dans ce projet, nous craignions que l'espèce n'ait déjà disparu. Redécouvrir la chauve-souris fer à cheval de Hill était incroyable - c'est étonnant de penser que nous sommes les premiers à voir cette chauve-souris depuis si longtemps », a déclaré le Dr Jon Flanders, directeur des interventions sur les espèces menacées de BCI. « Maintenant, notre vrai travail consiste à trouver comment protéger cette espèce pour l'avenir.”

    La redécouverte a marqué le point culminant des efforts d'enquête commencés en 2013, la persévérance de l'équipe ayant porté ses fruits lors d'une expédition de dix jours et nuits dans le parc national de Nyungwe en janvier 2019. « Nous avons immédiatement su que la chauve-souris que nous avions capturée était inhabituelle et remarquable, » a rappelé le Dr Winifred Frick, scientifique en chef au BCI. « Les traits du visage étaient exagérés au point d'être comiques. Les chauves-souris en fer à cheval se distinguent facilement des autres chauves-souris par leur forme caractéristique en fer à cheval et des lambeaux de peau spécialisés sur leur nez. »

    BCI a publié les enregistrements de l'enquête de 2019 ainsi que d'autres recueillis au cours des neuf années de travail sur le terrain du projet. Parmi les autres faits saillants notables de l'ensemble de données, citons le premier enregistrement de la chauve-souris fer à cheval de Lander (Rhinolophus landeri) à Nyungwe et les premières occurrences connues de la chauve-souris laineuse de Damara (Kerivoula argentata) au Rwanda.

    L'équipe de recherche a publié l'ensemble de données accompagné d'une préimpression décrivant les résultats et les méthodes d'enquête actuellement en cours d'examen avec le <Biodiversity Data Journal. Le partage de telles données, même pour une espèce aussi rare, permet à la communauté scientifique internationale de les exploiter immédiatement et d'aider à la conservation et à la recherche visant à documenter et à protéger la diversité des chauves-souris africaines.

    “Le partage des données de l'enquête pour qu'elles soient librement accessibles via le GBIF est aussi important pour la conservation des chauves-souris que les résultats réels", a déclaré le Dr Frick. « Ces données appartiennent à quiconque et à tous ceux qui travaillent pour s'assurer que ces espèces ont des forêts protégées pour se sentir chez elles. Le partage de données ouvertes garantit que nous tenons la promesse que la conservation profite à tous.”

    La scientifique des données du BCI Tina Cheng, a préparé les données avec les conseils de <David Bloom de VertNet, un participant au GBIF et un collaborateur fréquent du réseau.

    Évaluer un fantôme

    L'équipe a soigneusement mesuré la chauve-souris avant de la relâcher dans la nature, ce qui a fourni un signal précoce indiquant qu'elle avait vu l'espèce perdue qu'elle était venue chercher. Le Dr Flanders s'est ensuite rendu dans les archives de musées en Europe pour comparer les seuls spécimens connus afin de vérifier qu'ils avaient localisé la première preuve en 40 ans que la chauve-souris en fer à cheval de Hill existe toujours.

    L'équipe a également recueilli des informations supplémentaires garantissant qu'il sera plus facile de détecter cette espèce insaisissable à l'avenir, après avoir réalisé les tout premiers enregistrements audio des appels d'écholocation que R. hilli émet lorsqu'elle chasse les insectes.

    « Connaître les appels d'écholocation de cette espèce change la donne », a déclaré le Dr Paul Webala, maître de conférences à l'Université Maasai Mara et l'un des principaux scientifiques de l'équipe. Depuis la capture et la libération de la paire de chauves-souris fer à cheval de Hill, les Rangers du parc Nyungwe ont installé des détecteurs pour écouter les chauves-souris pendant leurs vols nocturnes à travers la forêt.

    Les gardes forestiers ont mené des enquêtes audio avec des détecteurs de chauves-souris Wildlife Acoustics dans 23 endroits pendant neuf mois, enregistrant un quart de million de fichiers sonores. L'analyse audio a identifié R. hilli à huit endroits, chacun dans une petite zone. "« Tous les travaux jusqu'à présent confirment qu'il s'agit d'une espèce très rare avec une très petite aire de répartition principale. Nous sommes impatients de collaborer avec le Rwanda Development Board et la Nyungwe Management Company pour renforcer les efforts de conservation existants afin de garantir sa protection », a déclaré le Dr Frick.

    Une planification minutieuse et un solide partenariat entre toutes les agences, organisations et experts impliqués dans cette initiative ont été la clé de son succès, selon le Dr Olivier Nsengimana, fondateur et directeur exécutif de RWCA.

    « Le parc national de Nyungwe est l'une des forêts tropicales de montagne les plus importantes sur le plan biologique d'Afrique centrale, abritant une biodiversité exceptionnelle comprenant de nombreuses espèces rares et endémiques, y compris des chauves-souris », a déclaré Eugene Mutangan, expert en gestion de la conservation au RDB. « Ces résultats renforcent l'importance à la fois de la gestion engagée du Rwanda du parc national de Nyungwe en tant que point chaud de la biodiversité mondiale et de nos actions de conservation et de gestion des espèces. »


    À propos de Bat Conservation International (BCI) - Conservation internationale des chauves-souris

    Fondée en 1982, Bat Conservation Internationalest une organisation mondiale de conservation dédiée à mettre fin à l'extinction des chauves-souris. BCI travaille dans le monde entier pour conserver les grottes, restaurer les habitats critiques en danger et assurer la survie des espèces de chauves-souris du monde.

    À de l'Association rwandaise de conservation de la faune (RWCA)

    RWCA est une organisation rwandaise à but non lucratif qui se consacre à fournir des solutions durables aux problèmes critiques de conservation de la faune au Rwanda et dans la région de l'Afrique de l'Est en utilisant une « approche One Health » holistique et multidisciplinaire.

    À propos du Conseil de développement du Rwanda (RDB)

    RDB est l'institution publique, entre autres, chargée de la gestion des parcs nationaux et du tourisme au Rwanda, et a la formidable charge de la conservation et de la gestion de la faune dans les parcs nationaux, y compris les espèces menacées et leurs habitats. VisitRwanda.com

     

    Une équipe de défenseurs de l'environnement a redécouvert la chauve-souris fer à cheval de Hill (Rhinolophus hilli) après 40 ans. Photo © Jon Flanders, Bat Conservation International.

     

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vendredi 11 mars 2022

  • Le secrétariat du GBIF recrute deux chargés de programme pour le soutien scientifique

    Ces nouveaux postes impliqueront des communautés ciblées afin de maximiser la pertinence des données et leur aptitude à être utilisées pour servir et soutenir des domaines de recherche thématiques.

     

    Date limite de candidature : 18 avril 2022

    Le secrétariat du GBIF est à la recherche de deux personnes énergiques qui combinent une expérience de recherche en réseau et d'excellentes compétences en gestion de projet pour faciliter la mobilisation des flux de données sur la biodiversité via le réseau du GBIF. Les nouveaux responsables de programme pour le soutien scientifique maximiseront la pertinence des données et leur aptitude à être utilisées dans les domaines thématiques prioritaires.

    Ces postes feront progresser le soutien du GBIF à la recherche et à l'interface science-politique, renforceront la mise en œuvre du nouveau cadre stratégique 2023-2027 du GBIF et répondront aux recommandations de la revue des vingt ans du GBIF par CODATA.

    Les nouveaux rôles élargiront la capacité de l'équipe Participation et engagement du secrétariat du GBIF, en travaillant en étroite collaboration avec les nœuds, les éditeurs de données et les communautés d'utilisateurs afin d'optimiser les applications des données médiatisées par le GBIF dans les directions thématiques pertinentes, notamment par le biais de partenariats et de projets financés.

    Les chargés de programme pour le soutien scientifique auront pour mission d'impliquer les principales communautés de producteurs de données, d'utilisateurs de données et d'experts afin de trouver des solutions pragmatiques pour mettre les données en ligne et optimiser leur qualité. Ces efforts ciblés de mobilisation des données garantiront la disponibilité de données pertinentes et permettront de répondre à des questions clés concernant la science de la biodiversité, la conservation et le développement durable.

     

    Fonctions et description du poste

    • Identifier et explorer des partenariats de recherche basés sur des priorités thématiques et engager des communautés cibles de détenteurs et d'utilisateurs de données, en collaboration avec les nœuds, pour améliorer la compréhension par le GBIF de leurs besoins et de leurs pratiques.
    • Identifier les priorités en matière de mobilisation des données, en tenant compte des besoins de la recherche, des politiques et des pratiques, de la disponibilité des données et des lacunes en matière de données dans différentes dimensions et à différentes échelles.
    • Gérer les activités visant à améliorer la représentation et l'utilisation des données par le biais du GBIF, notamment par l'utilisation de services d'assistance thématiques, la promotion d'incitations à la publication de données parmi les chercheurs, les institutions et les communautés professionnelles axées sur les flux de données thématiques.
    • Appliquer et améliorer les lignes directrices, les communications et les autres ressources mises à la disposition des nœuds, des éditeurs de données et des utilisateurs de données, en vue d'accroître l'application de meilleures données pour répondre aux priorités thématiques.
    • Faciliter l'élaboration de cas d'utilisation thématiques et promouvoir le travail d'équipe entre les communautés de détenteurs de données, de chercheurs et de responsables politiques.
    • Concevoir et appliquer des indicateurs de progrès sur la mobilisation, la qualité et l'utilisation des données dans les domaines thématiques prioritaires, afin d'analyser et d'améliorer l'approche des flux de données thématiques.
    • Représenter le GBIF lors de réunions, d'ateliers et de conférences scientifiques.

     

    Priorités thématiques et contexte du projet

    En plus de répondre aux priorités actuelles du GBIF pour améliorer la pertinence des données, les chargés de programme soutiendront les engagements du GBIF en tant que partenaire du projet Biodiversity Digital Twin financé par Horizon Europe. Ces postes seront chargés de gérer la collaboration sur la mobilisation des données et de coordonner les cas d'utilisation liés aux priorités thématiques suivantes :

    • Modélisation de la dynamique des espèces et des services écosystémiques en cas de changement environnemental
    • Interrelations entre la biodiversité et la sécurité alimentaire
    • Modèles et processus écologiques dans les environnements cryptiques (par exemple, sol et aquatique)
    • Recherche à l'appui de solutions de gestion des espèces menacées, envahissantes et exotiques
    • Recherche sur l'interaction entre les espèces de pollinisateurs et prévision des épidémies de maladies infectieuses et à transmission vectorielle.

    Priorités thématiques supplémentaires identifiées dans le cadre du GBIF des programmes de travail 2021 et 2022 comprenant les agents pathogènes, les hôtes, les vecteurs et les réservoirs de maladies, la biodiversité des sols et les écosystèmes d'eau douce. Les deux responsables de programme contribueront au suivi et aux réponses du GBIF à l'évolution de la pertinence et de l'utilisation des données.

     

    Compétences et expérience requises

    • Diplôme universitaire supérieur, expérience et dossier de publications dans la ou les disciplines concernées.
    • Large compréhension des sciences biologiques et écologiques.
    • Motivation personnelle pour maximiser la disponibilité et l'accès aux données dans les domaines de la biodiversité.
    • Expérience de la gestion de projets dans un ou plusieurs secteurs à forte intensité de recherche ou de données, avec la capacité avérée d'équilibrer des missions parallèles tout en fournissant des résultats fiables et cohérents.
    • Connaissance des modèles de gestion des données spécifiques à une discipline et des activités liées au partage et à l'utilisation des données sur la biodiversité.
    • Expérience d'une mise en réseau active dans des communautés de recherche thématique et de données.
    • Compréhension et expérience des approches de modélisation et des méthodes statistiques pour l'analyse des données sur la biodiversité.
    • Solides compétences en matière de communication et de coordination interculturelles, capacité à obtenir des compromis et à garantir la livraison de données dans le cadre de traditions universitaires et de cultures de données.
    • Excellent anglais écrit et parlé
    • Capacité avérée à travailler individuellement et en équipe.
    • Volonté d'effectuer des déplacements liés au travail

     

    Compétences recommandées et appréciées

    • Expérience ou familiarité avec les données sur la biodiversité et l'informatique de la biodiversité ; connaissance des normes de données, du traitement des données et des routines de citation des données.
    • Connaissance des approches de l'informatique en nuage, des superordinateurs, des jumeaux numériques et/ou des atlas numériques dans la recherche sur la biodiversité et les projets de données.
    • Expérience en tant que chercheur principal ou gestionnaire d'un portefeuille de propositions financées, familiarisation avec les rapports de projet.
    • Diriger, coordonner et faire correspondre les compétences des auteurs, des rédacteurs, des examinateurs et des documents de données.
    • Familiarité et expérience participative avec les conventions et organisations liées à la biodiversité à l'interface science-politique.
    • Diriger avec assurance des ateliers, des symposiums et des conférences
    • Expérience en tant qu'éducateur, conseiller ou partisan des données.
    • Maîtrise pratique d'autres langues

     

    Offre du GBIF

    • Un cadre de travail animé dans une capitale balnéaire nordique
    • Atmosphère positive et travail au sein d'une nouvelle équipe soudée.
    • Un cadre international pour élargir votre réseau professionnel et votre expérience.
    • Des défis gratifiants de la coordination des flux de données et des cas d'utilisation à l'échelle mondiale.
    • Possibilités de collaborer avec des spécialistes des données, des informaticiens et des développeurs hautement qualifiés au sein du Secrétariat et ailleurs.
    • Possibilité de jouer le rôle d'auteur principal ou d'auteur coordonnateur dans des publications pertinentes.
    • Des perspectives variées et uniques de développement personnel et professionnel.
    • Une rémunération attractive

    Il s'agit d'opportunités passionnantes pour les personnes de développer ou de s'appuyer sur une expérience internationale dans le soutien de la recherche et des politiques fondées sur des preuves au profit de la science et de la société. Si votre motivation, vos intérêts et votre expérience correspondent à ces exigences, le secrétariat du GBIF est impatient de recevoir vos candidatures.

    Les responsables de programme pour le soutien scientifique rendent compte au responsable scientifique du GBIF.

     

    Rémunération et conditions

    Les salaires de GBIF sont attractifs et sont exonérés de l'impôt sur le revenu danois.

    Les candidats sélectionnés devront s'installer au Danemark pour la durée du contrat, et le secrétariat du GBIF se chargera d'obtenir le permis de séjour et de travail requis auprès du ministère danois des affaires étrangères. Un forfait de relocalisation est disponible pour le personnel recruté au niveau international.

    Procédure de candidature et date limite pour le poste

    Les candidatures à ce poste doivent comprendre :

    • Une lettre de candidature, de deux (2) pages maximum, décrivant votre expérience par rapport aux responsabilités énumérées et aux qualifications requises, et expliquant pourquoi vous pensez être la bonne personne pour ce poste.
    • Un curriculum vitae, de deux (2) pages maximum - mais avec des annexes éventuelles telles que des listes de publications et de projets de données.

    Veuillez soumettre votre candidature en anglais par e-mail à PO_jobs@gbif.org avant le lundi 18 avril 2022, en indiquant où vous avez vu cette annonce.

    Les demandes de renseignements concernant le poste peuvent être adressées au responsable scientifique, Dmitry Schigel, et les questions relatives aux RH au directeur des RH, Susanne Sheldon.

    Les contrats sont proposés pour trois ans avec une possibilité de prolongation. Les entretiens pour les postes devraient avoir lieu en mai 2022. Notre objectif est que les candidats retenus commencent à occuper le poste au cours de l'été 2022, les candidats sont donc priés d'indiquer leur disponibilité dans la lettre de candidature.


    À propos du GBIF

    Le GBIF - Global Biodiversity Information Facility - est un réseau international et une infrastructure de données financés par les gouvernements du monde entier et visant à fournir à quiconque, où qu'il soit, un accès libre et gratuit aux données relatives à tous les types de vie sur Terre.

    GBIF est un employeur qui respecte l'égalité des chances et accepte les candidatures sans distinction de sexe, de couleur, d'origine raciale, sociale ou ethnique, de caractéristiques génétiques, de langue, de religion ou de croyance, d'opinion politique ou de toute autre opinion, d'appartenance à une minorité nationale, de fortune, de naissance, de handicap, d'âge ou d'orientation sexuelle, d'état civil ou de situation familiale, ou de tout autre statut. Le personnel est recruté sur la base géographique la plus large possible.

     

    Punaises d'eau communes (Aquarius remigis) Randolph King via iNaturalist Research-grade Observations, 2021, sous licence CC BY-SA 4.0

     

    Lire l'article original


mardi 1er mars 2022

mardi 1er février 2022

  • Prix des jeunes chercheurs 2022 du GBIF

    Au nom du réseau des Participants nationaux, le Secrétariat du GBIF a le plaisir d'ouvrir les nominations pour le Prix des jeunes chercheurs 2022.

    Ce programme annuel vise à favoriser et à mettre en valeur la recherche et la découverte innovantes en informatique de la biodiversité par des étudiants diplômés, dont les études de maîtrise et de doctorat reposent sur des données fournies par le GBIF.

    Le programme 2022 offrira deux prix de 5 000 € récompensant le travail de deux chercheurs en début de carrière - de préférence, un travail de niveau master et un de doctorat - ayant été officiellement nominés par des chefs de délégation ou des gestionnaires de nœuds des pays participants au GBIF.

    Un jury organisé par le comité scientifique du GBIF sélectionnera deux lauréats parmi le groupe de candidats dont les noms seront reçus par le secrétariat du GBIF d'ici le 20 juin 2022.

    Le secrétariat du GBIF annoncera les gagnants au début de l'automne 2022 et présentera les gagnants lors de la 29e réunion du Conseil de direction du GBIF (GB29) prévu à Bruxelles en octobre 2022.

     

    Plus d'informations sur cette page (en anglais)


  • Défi Ebbe Nielsen 2022

    Comme les années précédentes, l'édition 2022 du défi Ebbe Nielsen a été lancée dans le but de valoriser les initiatives innovantes qui exploitent les données et les outils de biodiversité du réseau GBIF pour faire progresser la science ouverte.

    Un jury d'experts évaluera les candidatures en fonction de leur ouverture, leur répétabilité, leur pertinence et leur nouveauté, et sélectionnera un groupe de gagnants pour un prix allant jusqu'à un total de 20 000 €.

    Entre le 16 décembre 2021 et le 14 août 2022, les candidatures individuelles ou en équipes peuvent mettre en place des outils et des techniques qui améliorent l'accès, l'utilité et la qualité des données ouvertes sur la biodiversité, et les soumettre à ce concours annuel ouvert à tous.

     

    Les candidatures au défi peuvent prendre plusieurs formes, les participants pouvant choisir de développer de nouvelles applications, visualisations, méthodes, flux de travail ou analyses, en utilisant souvent (mais pas obligatoirement) l'API GBIF pour accéder aux données.

    Les candidatures peuvent également s'appuyer sur ou étendre les capacités des outils et fonctionnalités existants disponibles sur le réseau GBIF.

    Nous encourageons les participants à examiner les propositions gagnantes précédentes pour visualiser des idées, des problèmes ou des approches que vous pourriez souhaiter poursuivre.

    Les propositions doivent bénéficier à plusieurs groupes de parties prenantes, incluant les utilisateurs de données, les détenteurs de données ou les gestionnaires de données.

    Les participants peuvent également consulter la stratégie de communication du GBIF afin de mieux identifier le public visé par le GBIF.

    Les gagnants seront annoncés en octobre 2022 lors de la 29e réunion du conseil d'administration du GBIF à Bruxelles.

    Le Challenge honore la mémoire du Dr Ebbe Schmidt Nielsen, un leader inspirant dans les domaines de la biosystématique et de l'informatique de la biodiversité et l'un des principaux fondateurs du GBIF, décédé subitement juste avant sa création.

     

     

    Date limite de soumission :

    • 14 août 2022, 23h59 Central European Summer Time (UTC+2)

     

    Plus d'informations sur cette page (en anglais).

     

     

    Illustration de sphinx à tête de mort (Acherontia atropos), d'après Illustrations of Linnaean genres of insects (1821) via Biodiversity Heritage Library , aucun droit réservé sous CC0.


vendredi 3 décembre 2021

  • Ouverture des candidatures pour le prix science ouverte des données de la recherche

    Inscrit dans le deuxième Plan national pour la science ouverte, le prix science ouverte données de la recherche veut mettre en lumière aussi bien des projets, des équipes et des jeunes chercheurs engagés dans des pratiques exemplaires de gestion des données de recherche, que des projets de recherche s’appuyant sur des données produites par d’autres.

     

    Le prix comporte plusieurs catégories qui distinguent la capacité à mettre en œuvre les conditions de la réutilisation, à réutiliser des données d’autres dans le cadre d’un projet ou encore des idées ou projets novateurs dans l’ouverture et le partage des données.

     

    Le prix « réutilisation de données » est spécifiquement destiné aux jeunes chercheurs, titulaires ou non (jusqu’à 7 ans après l’année de soutenance de la thèse), ayant privilégié la réutilisation à la création/réacquisition de données dans le cadre de leur projet.

     

    Le prix « créer les conditions de la réutilisation » vise à récompenser entre autres des équipes de recherche qui mettent en œuvre un ou plusieurs des éléments suivants (liste non-exhaustive) :

    • « FAIR by design » : application des principes du FAIR dès la phase d’acquisition de la donnée et tout au long de son cycle de vie ;
    • PGD-Activable ;
    • Créer/enrichir/préparer les jeux de « données de référence » ;
    • Mise en visibilité des données : intelligibilité des jeux de données en dehors de la thématique les ayant produits.

     

    Le prix « mention spéciale du jury », très ouvert, concerne aussi bien des candidatures individuelles que des équipes. Il offre au jury toute latitude pour récompenser des idées et projets exemplaires en terme d’ouverture ou de partage des données. Le jury laisse le champ libre aux candidats pour présenter les projets qu’ils et elles souhaiteraient mettre en avant.

     

    Le dépôt des candidatures est ouvert à partir du jeudi 2 décembre 2021, et se fait par formulaire à télécharger et à retourner complété à : coso-prix-donnees@groupes.renater.fr

    La date limite des candidatures est fixée au  lundi 14 février 2022 à midi.

     

    Chaque projet lauréat se verra récompensé de :

    • 10 000 € pour la catégorie : « réutilisation de données »
    • 5 000€ pour la catégorie : « créer les conditions de la réutilisation »
    • 5 000€ pour la catégorie : « mention spéciale du jury»

     

    Le jury se réserve le choix du nombre de récompenses par catégories.

     

    En bref :

     

    Pour toute question : coso-prix-donnees@groupes.renater.fr

     

    Source : ouvrirlascience.fr


mercredi 24 novembre 2021

  • Symposium Impact & Action (20 ans du GBIF) le 09 décembre 2021

    Impact and Action est un symposium virtuel sur les politiques scientifiques co-organisé par le Global Biodiversity Information Facility (GBIF), la US National Science Foundation et l'Organisation de coopération et de développement économiques (OCDE), afin de renforcer et consolider l'impact des informations scientifique au cours des deux prochaines décennies et au-delà.

    Les problématiques interconnectées de la perte de biodiversité et du changement climatique ont augmenté à la fois les exigences et le besoin pressant de données pour éclairer la recherche et les décisions politiques, rendant la mission du GBIF plus urgente que jamais.

     

    > S'enregistrer en ligne <

     

    Durant deux heures, le jeudi 9 décembre 2021, des experts examineront le rôle et les besoins de l'écosystème de données sur la biodiversité dans le soutien des avancées sur les questions clés, les innovations et les priorités politiques. Les thèmes abordés comprendront la conservation de la biodiversité, la sécurité alimentaire, la santé, l'évolution des sciences et technologies émergentes et l'interface science-politique. Un panel de questions-réponses (avec modérateurs) rassemblera les points clés des présentations.

    Le symposium offre une opportunité unique aux scientifiques, décideurs politiques et autres parties prenantes concernées de comprendre les succès passés et les défis à venir alors que le GBIF prépare son prochain cadre stratégique. En tant que précurseur d'une série de consultations des parties prenantes au cours de l'année à venir, le symposium et les résultats de ses discussions éclaireront les politiques et les approches de recherche visant à élargir et à partager les connaissances et les avantages associés aux données sur la biodiversité.

     

    Intervenants :


vendredi 19 novembre 2021

  • Appel à data papers décrivant des jeux de données sur les vecteurs de maladies humaines

    Le TDR, le programme spécial de recherche et de formation sur les maladies tropicales hébergé par l'Organisation mondiale de la santé, GigaScience Press et GBIF ont mis en ligne un nouvel appel à data papers sur les vecteurs de maladies humaines, dans le cadre d'une série thématique qui sera publiée dans la revue GigaByte.

    Les maladies à transmission vectorielle représentent environ un quart de toutes les maladies infectieuses. Bien qu'il y ait eu des progrès significatifs pour le paludisme, avec une diminution récente des taux de morbidité et de mortalité liés à cette maladie, ces progrès sont actuellement stoppés. D'autres maladies, comme celles causées par des arbovirus telles que la dengue, le chikungunya, la fièvre jaune et plus récemment le Zika, se développent, avec une augmentation du nombre de cas et de décès.

    La nécessité de développer de nouvelles stratégies, approches et outils de lutte antivectorielle a été reconnue dans le cadre de la réponse mondiale à la lutte antivectorielle approuvée par l'Assemblée mondiale de la santé en 2017. Parmi les objectifs fixés par accord mutuel entre le GBIF et le TDR figure le travail sur un référentiel de données relatives aux vecteurs, et la conception et l'identification de sources et de contacts pour les campagnes de mobilisation de données afin d'améliorer la couverture des données pour aider la recherche sur la santé humaine. Dans le cadre de cette collaboration, GigaByte publiera un numéro spécial consacré aux data papers sur les vecteurs.

    Les data papers soumis doivent décrire les jeux de données avec les critères suivants :

    • Les données sont clairement pertinentes pour la recherche sur les vecteurs de maladies humaines à transmission vectorielle
    • Le jeu de données contient plus de 5 000 nouveaux enregistrements publiés sur GBIF.org en 2021/22, ainsi que des données et des métadonnées de haute qualité
    • Les données sont placées dans le domaine public sous une désignation CC0 ouverte

    L'appel à manuscrits sera ouvert jusqu'au 28 février 2022.

    Les frais de publication de l'article - normalement 350$ - seront supprimés pour 15 articles, à condition que les publications soient acceptées et répondent aux critères ci-dessus.

     

    Plus d'informations (en anglais) sur cette page.

     

    
    
    
    

    Moustique tigre asiatique (Aedes albopictus), observé en République de Corée. Photo 2021 Jake David MacLennan via iNaturalist Research-grade Observations, sous licence CC BY-NC 4.0.


mardi 9 novembre 2021

  • Appel à propositions pour améliorer l'utilisation dans le cloud des données accessibles par le GBIF

    Le Secrétariat du GBIF recherche des candidatures de personnes ou d'institutions susceptibles d'améliorer la qualité et la réutilisabilité des données disponibles sur GBIF.org dans des environnements de cloud computing.

    Avec un financement via une subvention du programme informatique mondial GEO-Microsoft, le/la contractant(e) sélectionné(e) mettra en œuvre des protocoles d'analyse de la diversité phylogénétique sur l'environnement Microsoft (MS) Azure à l'aide du logiciel Biodiverse, des données d'occurrence du réseau GBIF et des phylogénies d'OpenTree of Life (OToL).

    Le Secrétariat du GBIF dirigera le projet avec le soutien de Shawn Laffan (logiciel Biodiverse | Université de Nouvelle-Galles du Sud) et Emily Jane McTavish (OpenTree of Life | Université de Californie Merced) et en partenariat avec le Groupe de travail sur la diversité phylogénétique (PDTF) de la Commission de la survie des espèces de l'UICN.

     

    Date limite de candidature : 15 novembre 2021

     

     

    Contexte et dimension des travaux

    En mai 2021, le GBIF a commencé à placer des instantanés mensuels des occurrences du GBIF dans le catalogue de données Microsoft Azure. La personne ou l'institution sous-traitée élargira ce travail, d'abord en implémentant le logiciel Biodiverse dans MS Azure, puis en développant et en évaluant la qualité des flux de filtrage pour les données d'occurrence accessibles via le GBIF dans le catalogue de données Microsoft Azure.

    Le sous-ensemble de données filtré sera ensuite associé à la dernière phylogénie Open Tree of Life, produisant des produits de diversité phylogénétique spatialement explicites pour l'analyse de divers clades et zones géographiques. Le PDTF aidera à évaluer la qualité des produits de données résultants.

    L'objectif du projet est de générer des produits de données mensuels automatisés, pouvant être utilisés dans la recherche sur la diversité phylogénétique d'ici la fin de la période de subvention.

    Les tâches principales comprennent :

        Préparer des workflows pour le filtrage des données accessibles via le GBIF
        Évaluer la qualité des données filtrées
        Etablir la correspondance des noms entre les données véhiculées par OToL et GBIF
        Exécuter et évaluer des métriques sur la diversité phylogénétique intégrant les données d'occurrence accessibles via l'OToL et le GBIF à l'aide de Biodiverse
        Rédiger un manuscrit en tant que premier auteur basé sur ce travail, soit dans un article méthodologique ou comme analyse d'un grand clade

    Le candidat sélectionné devra effectuer le travail à distance ou dans son établissement d'accueil. Les candidats doivent démontrer leur capacité à travailler de manière autonome et à rencontrer virtuellement des chefs de projet sur trois continents.

     

    Compétences et expérience souhaitées

    Le titulaire doit posséder des compétences exceptionnelles en bioinformatique, une bonne connaissance des données accessibles via le GBIF et une compréhension de l'informatique "cloud" et des analyses phylogénétiques.

    Les compétences souhaitées incluent :

        Expérience dans l'analyse des données véhiculées par le GBIF
        Connaissance de R, Perl ou Python et des API
        Expérience démontrable du développement de logiciels open source et de flux de travail de traitement de données reproductibles
        Connaissance de la diversité phylogénétique, étayée par d'autres analyses de biodiversité phylogénétiques et spatialement explicites
        Expérience dans les systèmes de calcul distribués ou basés sur le cloud
        Diplôme supérieur dans un domaine pertinent lié à la biodiversité, à l'informatique ou au travail du GBIF, ou expérience équivalente
        Compétence professionnelle complète en anglais
        Expérience démontrée dans la rédaction de publications scientifiques
        Capacité à travailler à distance avec une supervision limitée

     

     

    Rémunération

    Le paiement du contrat s'élèvera à 60 000 USD, la durée de son mandat dépendant de l'expérience de l'entrepreneur et de la réalisation des livrables du projet. Le contrat et les livrables doivent être achevés en un an.

     

    Plus de détails sur cet appel à propositions sur cette page (en anglais)


mercredi 6 octobre 2021

  • Bio-Dem remporte l'édition 2021 du défi GBIF Ebbe Nielsen

    Bio-Dem, une application web open source pour explorer les relations temporelles et spatiales entre la disponibilité des données sur la biodiversité et les dimensions de la démocratie, a remporté le premier prix du défi GBIF Ebbe Nielsen 2021.

    L'équipe internationale, dirigée par Alexander Zizka du Centre allemand de recherche intégrative sur la biodiversité Halle-Jena-Leipzig (iDiv), est bien implantée en Suède. M. Zizka a commencé à travailler sur Bio-Dem lors d'un contrat post-doctoral à l'Université de Göteborg, qui accueille actuellement trois membres de l'équipe Bio-Dem, avec Johannes Klein lié au Gothenburg Global Biodiversity Center (GGBC), Oskar Rydén, doctorant au Département de Sciences politiques et Staffan Lindberg, fondateur du Varieties of Democracy Institute. Daniel Edler est quant à lui lié à l'Université d'Umeå, tandis qu'Alexandre Antonelli, aujourd'hui directeur des sciences aux Jardins botaniques royaux de Kew, a conservé ses liens avec GGBC en tant que fondateur et ancien directeur.

    Deux candidatures se sont partagé le deuxième prix du défi 2021 :

    • Localisation des KBA, un flux de travail automatisé basé sur R développé par l'écologiste colombienne et analyste de données géospatiales Daniela Linero Triana qui exploite les données du GBIF pour identifier les zones clés potentielles pour la biodiversité dans les territoires définis par l'utilisateur, en recherchant des sites où des espèces menacées, migratrices et à aire de répartition restreinte sont identifiées en nombre important.
    • plantR, une application et un flux de travail basés sur R développés par une équipe dirigée par l'écologiste brésilien Renato A. Ferreira de Lima en tant qu'environnement open source unique dans lequel les gestionnaires de données, les taxonomistes et les utilisateurs de données peuvent organiser et combiner des enregistrements de spécimens dans plusieurs collections.
    •  

    Plus di'nformations sur ces projets sur le site du GBIF (en anglais).


  • Annonce des gagnants du Young Researchers Award 2021

    Les gagnants du Young Researchers Award décerné par le GBIF ont été dévoilés durant le 28e Conseil d'Administration du GBIF : il s'agit de Michael Belitz, étudiant en thèse à l'Université de Floride et au Florida Natural History Museum (Etats-Unis), et de Julen Torrens Baile, un étudiant en master de l'Université de Navarre (Espagne).

     

    Un jury d'experts a évalué les contributions et a décidé de récompenser le travail de M. Belitz, qui travaille sur les analyses et flux de données améliorant les prédictions de modélisation des effets du changement climatique sur la temporalité et la fréquence de la reproduction des insectes.

     

    Le jury a également récompensé M. Torrens Baile, proposé comme candidat par la délégation espagnole du GBIF, pour son développement de protocoles - ainsi qu'un algorithme - afin de préparer l'ingestion de données d'occurrences pour améliorer leur qualité. Ces protocoles sont ensuite testés sur des modèles de distribution d'espèces (MDS) pour 12 espèces de poissons d'eau douce considérées comme envahissantes dans la péninsule ibérique.

     

     

    Plus d'informations sur les travaux de Michael Belitz et Julen Torrens Baile sont disponibles en ligne (en anglais).

     


vendredi 24 septembre 2021

  • Ouverture des Prix de la Science Ouverte

    Inscrits dans le deuxième Plan national pour la science ouverte annoncé par la ministre de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation le 6 juillet 2021, des prix récompenseront des initiatives emblématiques en matière de données de la recherche et de logiciel libre de la recherche :

     

     

    Les prix seront remis début février 2022.


  • Lancement du deuxième Plan national pour la science ouverte (2021-2024)

    La ministre de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation a annoncé, le 6 juillet 2021, le 2e Plan national pour la science ouverte qui se déploiera jusqu'en 2024.

     

    Ce plan vise à généraliser les pratiques de science ouverte en France, et à tripler le budget de la science ouverte pour le porter à 15 M€ par an.

    Ce plan répond également à l'ambition de l'Union européenne de doter chaque pays d'un plan national pour la science ouverte.

     

    Le 2e Plan national pour la science ouverte 2012-2024 définit des engagements renouvelés pour construire une science plus efficace, plus transparente et accessible pour les citoyens et les acteurs économiques et sociaux. Il comprend 4 axes majeurs :

    • objectif des 100% de publications en accès ouvert en 2030.
    • création d'une plateforme nationale des données de la recherche, « Recherche Data Gouv », Pour favoriser le partage et l'ouverture des données produites par la recherche française.
    • ouvrir et promouvoir les codes sources produits par la recherche
    • généralisation de l'accès ouvert aux publications

     

    Plus d'informations sur le site du Ministère de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation, et sur le site Ouvrir la Science.

     

     


jeudi 23 septembre 2021

vendredi 3 septembre 2021

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